1937年11月，国民府军事委员会（以下简称军委会，为最高军事指挥机关）。由南京迁重庆，驻林森路。此后组织机构迭有变化。初在委员长之下设办公厅及第一、二、三厅。1937年，军委会下设6个部，分掌作战、政略、国防工业、国防经济等事宜。1938年2月，参谋本部、军训部及军事参议院改隶军委会。1945年7月，在委员长之下设参谋总长、副参谋总长、委员长侍从室、办公厅、参议室、军令部、军政部、军训部、政治部、铨叙厅、军事参议院、海军总司令部、航空委员会等20多个机构。1946年6月，军委会迁南京后改组为国防部。
办公厅 军委会的日常办事机构，受参谋总长直接指挥。历任主任（厅长）：徐永昌、贺耀祖、商震、贺国光、朱绍良。
参议室 委员长、参谋总长的咨询机构，下辖人事、作战部和总务处。历任主任朱家骅、王世杰。人事部部长钱卓伦，副部长刘泳尧。作战部部长陈诚、副部长林蔚、俞大维。总务处处长尹国祥、秦惜华。
军令部 其前身为参谋本部。抗战之初，军令部改为陆海空军大本营第一部。大本营撤销后，改隶军委会，下辖第一、二、三厅及测总局（后改为第四厅）。分别主办作战情报、参谋人事、教育及测量业务等。1937~1946年历任主要职官：部长徐永昌，次长杨杰、熊斌、林蔚、刘裴、罗卓英、秦德纯。第一厅厅长刘裴、张秉钧；第二厅厅长杨宜诚、郑介民；第三厅厅长李端浩；第四厅厅长晏勋甫。
军事训练部 原为军事训练总监部，1938年2月，改组为军事训练部，隶属于军委会，掌管全国陆军训练、整理、校阅以及军事学校的教育等。先后设有参事室、秘书室、总务厅等。抗日战争期间历任主要职官：部长白崇禧，次长陈继承、刘士毅、黄琪翔、阮肇昌、王俊。
军政部 成立于1928年11月，直隶行政院。1937 年7月以后，该部名义上仍隶属行政院，但实际上直按受军委会指挥。部属机构多次变动，至1945年，设总务厅、军务署、兵工署、人事处等。抗日战争期间历任主要职官：部长何应钦，政务次长钱大钧，总务厅厅长陈启元。
政治部 其前身为军委会政治训练处。1938年2月改为政治部，仍属军委会。职掌军队政治训练、民政组织训练、宣传和政治情报事宜。设有秘书处、总务厅、第一、二、三厅。1944年12月，改为掌理陆海空军部队、学校、机关政治工作等。抗日战争期间历任主要职官：部长陈诚、张治中，副部长黄琪翔、周恩来、张厉生、王东原、梁寒操、袁守谦、何浩若、黄少谷。第一厅厅长贺衷寒、邓文仪；第二厅厅长徐会之；第三厅厅长郭沫若、黄少谷、李俊龙。
军法执行总监部 抗日战争后期建立，负责将级军官违法案件的审理及重大案件的复查，并管理各战区军法执行分监部。下设总务、审判、督察等组。抗日战争期间历任主要职官：总监唐生智、鹿钟麟、何成浚。副总监：谷正伦、王懋功、贺国光、秦德纯、张镇、朱怀冰。
军事参议院 系军事最高咨询、建议和高级军官储备机构。下设秘书、副官室、总务、军事厅。抗日战争期间历任院长：陈调元、李济深、龙云。副院长张钫、王树常、于学忠。
后方勤务总司令部 1936年春，军委会增设首都警卫执行部，下设三组，其第二组专掌国防交通与战时补给计划。1937年8月，该组扩编为后方勤务部，直隶军委会，负责综理全国军队后方勤务。初期，设办公厅和参谋、副官等8处，后又多次调整。1944年10月，设军医署、交通司、粮秣司及参谋、副官、秘书、人事、铁道运输、军邮督察处、军事工作考核委员会、兵站史料编纂委员会和政治部等机构。1945年2月，后方勤务部改组为后方勤务总司令部。抗日战争期间历任部长：俞飞鹏、陈诚（兼）。副部长端木杰、陈劲节。参谋长汤尧。
铨叙厅 成立于抗日战争前，是陆海空军的人事管理机构。下设办公厅和3个处。抗日战争期间历任厅长：林蔚、钱卓伦。
海军总司令部 抗日战争前，海军总司令部统辖的舰船共57艘，排水量为4.4万吨，主要负责沿海巡逻和训练。抗日战争初期，海军舰艇除损失外，大部沉于长江各要隘，以阻止日军沿长江西进。仅保留少量小舰、炮艇驶入四川内陆用于警戒和运输。抗日战争期间，海军总司令部以巩固江防与海军整建为主要任务。其间，海军总司令部曾一度缩编为海军处，隶属军政部。不久又恢复原称，改隶军委会。下辖参谋、军衔、舰械、军需4处。总司令陈绍宽，参谋长陈训泳。
航空委员会 抗战初期，中国空军仅有作战飞机305架，编为9个大队。1938~1940年通过易货方式从苏联补充飞机，空军编为11个大队（含4个苏、美自愿大队）。1941年后，改向美国现款购买，空军实力有所增强。所有空军部队、厂站、学校、医院皆由航空委员会统管。航空委员会下设：参事室和3个厅，厅下设处、科，分管作战、训练、人事、机务、补充等，驻重庆上清寺。抗日战争期间历任主要职官：委员长蒋中正（兼）；委员：蒋中正、宋美龄、孔祥熙、宋子文、何应钦、白崇禧、徐永昌、陈诚、周至柔、贺耀祖、钱大钧；秘书长宋美龄；主任周至柔、钱大钧（代）；办公厅主任陈庆云。
1937年7月，中国空军设前敌总指挥部，周至柔、毛邦初为总指挥、副总指挥。8月，改设第一军区司令部，沈德燮、黄秉衡先后任司令。1938年3月，前敌总指挥部撤销。5月设立空军三路司令部，张廷孟为第一路司令，司令部设在重庆；刘牧群、邢铲非（后）为第二路司令；田曦、王叔铭、徐康良（后）为第三路司令，司令部设在成都。1940年，第一军区司令部改为第四路司令部。1941年5月，在昆明设立第五路司令部。1945 年抗战结束前，第二路司令部撤销，由张廷孟、徐康良、刘国运、晏玉琮分任第一、三、四、五路司令。
宪兵司令部 全国宪兵的领导机关。下设参谋、副官、军需、军医等处、处以下设科。抗日战争期间历任司令：谷正伦、贺国光、张镇。参谋长吴天鹏。
外事局 抗日战争开始后，为接受外国援助而设。机关设室、组，负责训练译员和外事交涉、接待等工作。局长商震，副局长汪世铭。
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