转录因子和靶基因系列（二）按类检索转录因子ChIP-seq数据

上一次我们介绍了CistromeMap知识库（http://cistrome.org/db/#/），收录了14000多套人和小鼠的ChIP-seq数据，包含800多个转录因子（简称TF）。在这里能查询哪些TF已经有了ChIP-seq数据，质量如何，TF结合位点的motif，TF调控的靶基因，以及有着相似结合特征的TF（可能是co-factor）。这是世界上最全的ChIP-seq数据库了。

今天介绍一个类似的数据库factorbook，不是脸书，是因子书~

虽然不如CistromeMap收录的那么齐全，它也有自己独特的地方，那就是分类浏览TF。您可以选择您关注的功能或结构类型，看看这一类型的TF在哪些细胞里有ChIP-seq数据。同时它还整合了组蛋白修饰数据和核小体定位数据，查看该TF附近的组蛋白修饰和核小体分布。

例如，我选择p53-like transcription factors，下面就列出了NFkB、STAT1、STAT2、STAT3，分别在一些免疫细胞、Hela-S3、K562、MCF10A等细胞里有ChIP-seq数据。

单击STAT1打开新页面，有像wikipedia一样全面的STAT1的功能介绍。

接下来是STAT1结合位点附近组蛋白修饰的分布峰图，初步推测该转录因子结合到启动子区，还是增强子区域。

另外，还能看到STAT1结合位点附近的核小体分布情况，STAT1来了，是不是挤跑了中间那个核小体？STAT1附近的核小体分布实在不敢恭维，想看漂亮的核小体分布图，请移驾电脑前，在factorbook中查询CTCF，那叫一个经典。

最经典的TF结合位点的motif，这个数据库当然也少不了。

遗憾的是，这里只给出该motif跟您检索的这个TF的motif是否一致，没有告诉我们其他motif对应哪个TF。想知道？请翻看CistromeMap的介绍。

factorbook最可爱的地方在于，它给出了其他组蛋白修饰和转录因子在该TF结合位点附近分布的热图。从中可以看出有STAT1结合的地方，E2F1和YY1也喜欢过来凑热闹，由此，你是不是想到了什么？脑中顿时构思出一幅调控机制的cartoon图。