具体地说，西方医学对流行病的认识基于细菌学和免疫学。它把研究对象进行分解、分析，然后寻找致病原和抗体，发明疫苗，这样做确实客观而有成效。上个世纪60年代，西方科学家骄傲地宣布：'现在该是合上传染病书本的时候了。'可是到20世纪末，世界卫生组织报告说，近20年来，新出现的和卷土重来的传染病至少有30种，仅1995年，全世界死于传染病的人数高达1700万人。而真正使我们民众亲历恐慌的则是先前的HIV，和现在的SARS。医学专家的恐慌则源于他们的对手微生物具有极强的进化优势。据称，发现青霉素仅一二年，第一批耐药生物便出现了。从那时起，西方医学就陷入了一场生物学领域的'军备竞赛'。医学专家不无忧虑地说：'一旦所有的致病微生物对抗生素都产生了抗药性，我们将怎么办？……那将是公共卫生领域的一场灾难。'无论如何，人类无法根绝病毒的存在，西方医学与病毒敌对的对抗态度，使他们面临的将是一场无休无止的战役。
而中医学的伟大之处就在于它始终谋求和探索与万事万物（包括西方所言的病毒）的共存之道。它没有把目光聚焦在小小的必须用显微镜或更精密的仪器才能认知的所谓'病毒'上，而是更宏观地从生命和环境统一观、生命活动的动态观看待宇宙万物。
首先，在它的词汇里不强调对抗，而是调整人体的自组织能力或者说自康复能力，让机体自组织能力去杀敌。因为人从出生到死，一直是在各种各样数不清的细菌、病毒的包围中生活着，人并不是靠每天吃药杀死病毒细菌活下来的。而是人体自身有消灭入侵者的能力。如果感染上了病，一定是生理状况出了偏差，降低了消灭入侵者的能力。因此，对病原体的认识并不重要，重要的是根据病原体进入人体后邪气与正气斗争所表现的证候进行辨证论治。药物的作用只是助人体正气一臂之力,消灭病毒细菌等,是生理机能恢复正常后由人体自身机能自行进行的，这也就是几千年来中医没有细菌学却能治疗传染病的原因。科技部中医药战略地位课题组成员林中鹏教授对此通俗地解释说：'人体基因有3亿多条，SARS病毒目前可知的只有上万个，这些基因自身产生的抗体，足可以摧毁病毒。'
其次，中医对瘟疫的产生的认识也不同于西方医学单纯的病毒探讨，而是从生态大系统出发对疫病流行的时间、气象规律进行探讨和总结。在它看来，新兴病毒的出现是人类扰乱了病毒巢穴的结果。比如，爱滋病毒已存在了数百年，是人类社会环境的变化，才使得它得以猖獗。三千年来，被医家奉为经典的《黄帝内经》用了很大的篇幅，讲述着一个令人惊奇的、神秘而复杂的理论--五运六气学说。它是中医理论中最为玄妙的部分，是世界历史上最早的天文气象医学。它认为天文、地理、气象、节候等自然生态环境变化有一定的规律，且会影响人体生命，造成疾病，并告诉医生如何认识、利用这些规律预防和治愈疾病。'五运六气的总思想是天气决定地气，天地合气又决定人的健康和疾病特征的决定思想'。这是中医理论中最为玄妙的部分，许多研究者认为它是有关灾变的时空预测学，而这种关于灾变产生的时空预测学正逐渐引起世界的关注。
北京中医研究院的傅景华研究员认为'非典'属于中医的温疠范畴，与其它时令性疾病一样，'非典'是宇宙节律性周期变化过程中的一种正常现象。在分析今年'非典'瘟疫的发生与发展时，他说：'从运气上讲，2003年为中国农历癸未年，这一年五运所属为火运不及，上半年是太阴湿土司天，其中第二步气（从春分-清明-谷雨-立夏）为少阴君火主气，同时少阴君火为客气，大火当令，火气太过则瘟疫流行，南方气运早至，所以先时发病。到第三步气（从小满-小暑），也就是6～7月间，风热渐起，湿气大盛，此病会渐渐隐匿。'这段话完全是《黄帝内经素问·六元正纪大论》'癸未之纪，太阴湿土司天……二之气，大火正，其病温厉大行，远近咸若（无论远近都有此难）'一句的翻版，如今看来，它简直具有预言般的魔力。
癸未之纪的易流行大疫的考据如下：六个60年前，1642年（壬午），'时疫盛行，道馑相籍。'（《伤暑全书》卷下附刻《疫证治案》），同年吴又可作《温疫论》，指出：'疫者，感天地之疠气，在岁运有多寡，在方隅有厚薄，在四时有盛衰，此气之来，无论老少强弱，触之者即病。'（《温疫论·原病》）显然是有感而发。第二年，也就是1643年（癸未），'自二月至九月，京师大疫，传染甚剧'（《明史》卷二十八《五行志》）。60年后的1703年春天，'灵州、琼州大疫。五月，景州大疫，人死无算。六月，曲阜、巨野大疫，东昌疫。八月，文登大疫，民死几半。'（《清史稿》卷四十《灾异志》）第二年（甲申），'春，南乐疫。河间、献县大疫，人死无算。六月，荷泽疫。秋，章邱、东昌、清州大疫；福山大疫，人死无算；昌乐疫，羌州、宁海、潍县大疫'。（同上）。1763年（癸未），'嘉兴、湖州、松江、太仓、苏州诸州府，月内小儿，有口噤不乳，两腮肿硬，名谓螳螂子'（唐千顷《大生要旨》卷五）。第二年，'益都天花流行'。又60年1823年，'春，泰州大疫，秋，临榆大疫'（《清史稿》卷四十《灾异志》），同年白喉流行。奉天、直隶、江苏、河南、湖北水灾……看来，癸未之纪确实多灾多难。此次非典，当属火疫，为火克金，金虚而肺气不肃降，无力生肾水，水不上乘以制心火，水火不济，遂成火疫燎原之势，阴津亏乏，而至危重。
实际还不只这些，《黄帝内经素问·六元正纪大论》对癸未、癸丑岁进一步描述：'上太阴土，中少徵火运，下太阳水，寒化雨化胜复同，邪气化度也，灾九宫，雨化五，火化二，寒化一，正化度也。'即，这一年上半年为太阴湿土司天，下半年为太阳寒水在泉，中运为少征火运，其灾祸发生在南方（灾九宫，九为南方之数）；洪水泛滥在中原（雨化五，五是中央之数）；酷热发生在西南、东南（火化二，二为西南之数）；石家庄以北以寒凉（寒化一，一为北方之数）。从我们已经看到的事实表明，今年是癸未之纪特征典型的一年，总体说来，今年年运主雨多、夏热、冬寒，易灾害流行。全年的疾病表现为寒湿，《黄帝内经素问》指出这一年的治疗原则当为：上半年用苦温之剂以化湿，用咸温之剂以化火，下半年用甘热之剂以化寒。食物的选择与药性相同。《黄帝内经素问·刺法论》又说：'天地叠移，三年化疫'，即五运六气是天地重叠移变，三年之内，与民为病。去岁壬午刚柔失守，故去年（壬午）、今年（癸未）、明年（甲申）均需注意提防。
这是世界历史上最早的天文气象医学。中医一直强调自然界的气化异常，会导致微生物间的生克规律的混乱，失去相对稳定性，最终导致瘟疫爆发流行。近代以来，多次世界流行性感冒的流行与太阳黑子活动的关系已得到证实和解释，并为预测流感流行提供了参数，同时也为其它疾病流行规律的研究提供了思路。1926年，L.Rogoer氏提出霍乱流行与大气的绝对湿度有关；1951年，郁维氏对上海1946－1950年霍乱流行的研究证实了L.Rogoer氏的观点。那之后，又有人研究，木运盛衰的年份，肝病流行，如丁卯年（1987）的上海甲肝流行；火运太过之年，呼吸系统疾病，肝病、痢疾的发病会相对增多。如1956年为农历丙申年，这一年气运为少阳相火司天，三之气的主气、客气也是少阳相火，引发了'乙型脑炎'流行，名医蒲辅周根据当年北京气候偏湿的特点，用白虎汤加用祛湿之药，疗效达90%。四之气为阳明燥金，其病随之消退。
总之，中国的'天人合一'之学相信有一种普遍存在的宇宙法则统一支配着天体的运行、季节的变化、人间事物及人体生命。只有二三百年的历史的现代医学，目前还难以全面评价并认识具有几千年历史渊源的中医文化。
但无论如何，近百年来中医面对西方医学的强大攻势一直处于衰落的低谷，因此，它以岁气、地气、邪气、正气的消长互动为原理的中医瘟疫理论还有待于进一步的挖掘。
当西方媒体预言引发'非典'的冠状病毒将伴随人类二十年时，大多数人对新兴病毒开始抱有过度的恐怖感，并对人类的未来表示担忧。从长远看，疫苗是遏止流行病的唯一办法，但爱滋病毒发现以来已经有20年的历史了，迄今仍未有疫苗可以帮助那些染病的人，找寻SARS的解药也许也是一个漫长的历程。在西医探寻病原并努力发明疫苗的同时，中医也在尽自己的职责，因此，任何偏见都不应取代人类对生命的热爱与执着。
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