有很多人问，为啥我要知道这么多蛋白互作的数据库？我来大概总结一下学习掌握这些蛋白互作数据库的用处哈，学会这些分析工具大概有五个方面的用途（你们现在可以拿出本子来记了哈）：
第一，可以在你闲的蛋疼的时候打发时间
第二，可以用类似厌恶疗法来治愈你的密集恐惧症
第三，其实也没什么要紧的，就是大概能用在文章的机制研究里
第四，其实也没什么要紧的，就是大概毕业论文没啥好写了能拿来凑篇幅
第五，其实也没什么要紧的，就是大概写标书时用来蒙蔽评委
每一个个体都要和其他人进行联系才能发挥更大的作用，基因就和人一样，基因之间也是通过基因之间的相互作用完成功能的，因此我们会用到蛋白相互作用数据库。蛋白相互作用的数据库具体有多少不清楚，但是常用的我给大家介绍一下，并分两期给大家逐个介绍一下数据库的使用，走过路过了解一下。
String、iboimap和IID在上一次已经给大家介绍过了，想复习的点这里。
网址：https://thebiogrid.org/
一个蛋白质，化学和遗传相互作用数据库。这个数据库不仅可以预测蛋白之间的相互作用关系还是可以预测影响蛋白的药物是什么，对于研究药物对于基因的影响的还是很有帮助的。我们需要做的就是在检索框中检索我们想要的基因即可。这里我们检索TP53。
检索之后我们的到如下结果。
通过结果我们可以查看相互作用的蛋白，网络、化学物质和PTM位点。下图就是和TP53有关的化学药物。我们点击details还可以看到这个预测具体结果。
检索结果中还提供了PTM位点的结果，有兴趣的也可以去看看。
网址：https://mint.bio.uniroma2.it/
我们之前介绍的那些数据库对于蛋白之间的相互作用的结果要么是来自实验结果要么是来自文本或者数据库的预测。这样的好处是结果多而全但是另外一个不好的就是可能有些结果不准确。如果你只想知道只有实验预测的结果的话，那就可以用MINT数据库了。
我们要做的就是在检索框中输入我们要向检索的基因即可。这里我们检索TP53。
结果分了两部分，一个相互的基因列表另外一个则是相互作用图。下图就是相互作用图。
在结果列表中我们可以看到那些基因是相互作用，作用方式以及结果的出处。如果我们在预测相互作用中有另外一个目标基因。可以在结果过滤中输入查看是否有相互作用。
网址：https://www.ebi.ac.uk/intact/
这个数据库其实除了可以检索基因还可以检索文章中相互作用结果。PMID: 25416956是一篇人类蛋白相互作用的文章。
我们现在检索一下这个文章中的所有结果。只需要在检索框中输入ID号即可。
结果中会给你相互作用的基因及检测到的方式。
数据库提供了下载的选项。那这样的话，不用自己分析数据。就可以得到这个文章中所有的相互作用呢。所以大家有兴趣的可以去是要试一下哈。
其实网上会有很多类似的数据库。大家在预测基因相互作用的时候建议多用几个，这样得到的结果会更加的可信一些。好了。相互作用的数据库就给大家介绍完了，希望对大家有帮助。有时间再和大家介绍点儿别的吧。
联系客服
