太深奥？高大上？带你看看结构文章套路有哪些

一直被吐槽，你们解析蛋白结构的都做的是什么鬼啊，发表的蚊帐看不懂，听报告听不懂

，能不能说些人话（老板在哪，出来和他们撂个五块钱的我去搬板凳了）。

前几天，老板扔了一篇近期发表在PLOS Pathogens的蚊帐“The crystal structure of KSHV ORF57 reveals dimeric active sites important for protein stability and function”说看看人家的手法，多是生化实验。那必须赶紧撸了来看，anyway，仍旧是“自古深情留不住，还是套路得人心”啊，那今天咱们来唠唠人话呗，纯套路

。

蚊帐管他好不好，先拿高大上的结构图来震慑一下呗，所以，大多结构文章在前面的Figure里就甩出了你看不懂的蛋白各个功能域示意图、拓扑图丫、解析的蛋白晶体结构图丫，外加放几个解析蛋白结构的一些重要数据Table。图看不懂，加上几个表格里一长串数值。

怎么样，内心估计是，呵呵

。好了，理个思路，蚊帐主要解析了卡波氏肉瘤病毒ORF57单体和二聚体的结构，ORF57蛋白的稳定有利于促进病毒的复制，而它的稳定性是通过蛋白结构二聚得以实现，所以就研究了二聚的详细机制。

结构解析出来了，我们就对这个有很多螺旋、片层的三维结构做一个分析，发现蛋白N端有一个长臂（一般描述的时候都是看着像啥就啥吧，也别形容的太low）包裹了另一个单体的核心区域，而且两个单体的核心区域是反向平行的形成相互作用。猜想，N端长臂和核心区域的相互作用介导了ORF57的二聚。

（左是蛋白表面电势图，红色是带负电氨基酸区域，蓝色是带正电氨基酸区域）。看到→_→右边cartoon图的interface没，重点啊，敲黑板，机制就从这着手了！

蚊帐开始对ARM进行缺失，interface间的氨基酸进行突变，看看蛋白是不是不二聚了。

这个科研狗都看得懂了， 缺失ARM domain做不同构建后跑了一个WB(细胞用交联剂DSS做了处理)，可以看到不同缺失构建对蛋白单体和二聚的分子量大小影响，缺失后成单体了，以及对其核定位是否受到影响。

突变Interface上的氨基酸，（这里插个高能小知识：全长蛋白的截短以及突变AA的选择性，老板上回作报告时语重心长的告诉在座研究细胞及机制的小伙伴：你们对目的基因做截短的时候，最好能综合考虑下我们蛋白的二级结构（helix/sheet），不要随便一刀切这，一刀切那，切的没活性白瞎了，直白不

我听了反正跑偏了。对于相互作用界面突变AA的选择上，我们一般有几个原则：1.做序列比对，选择较保守的AA突变（一般是盐桥、组氨酸H、精氨酸R等）；2.疏水相互作用的AA（甘氨酸G→A、色氨酸W→A、酪氨酸Y→A等）；3.带电AA可以尝试突变成相反电荷AA（D→R）。此处应有。

文章对interface上的AA进行突变后，又用WB和荧光共聚焦验证了活性和核定位。

然后这个蛋白有个锌指结构域，又研究了锌指结构域对蛋白表达和稳定性的影响，继续突变锌指结构域的氨基酸，发现Zinc binding motif破坏后会影响蛋白的二聚及稳定性（Q-PCR.、WB、荧光共聚焦）。

主线就这样走完了，然后就得出重要结论，首次解析了ORF57单体和二聚体的结构，揭示了ORF57的稳定性和二聚化的分子机制，为卡波氏肉瘤病毒相关肿瘤治疗提供了新的潜在靶点。好了，今天就策到这里，6分多的文章就出炉了。I’m not teaching,but share!

华丽丽的分割线

李莫愁博士：非常感谢小宇宙为我们分享了他们的研究方向，希望对大家有帮助，总感觉这些东西放在毕业论文里面非常地高大上，但很遗憾的是，医院系统做这块研究的还真心不多，上一次我们收到一个医生求助要帮忙做结构解析，是在......5年前了。

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