明代末期，蒙古分裂为数十个部落，其中以察哈尔部最强。察哈尔部的林丹汗继位後，控制了大漠南北的多个部落，实际上成为蒙古各部的盟主。而与女真人临近的科尔沁、喀尔喀等部，已时常卷入建州女真与其他各部女真的战争。万历二十一年（1593年），科尔沁部台吉明安等人与女真叶赫、乌拉、辉发等部联合入侵建州，被努尔哈赤击败。次年，明安遣使与努尔哈赤通好。万历四十年（1612年），努尔哈赤娶明安之女为妃。之後，科尔沁、扎鲁特等部多次与努尔哈赤家族联姻。
万历四十四年（1616年）努尔哈赤统一女真各部，建立後金，使蒙古各部感到威胁。於是林丹汗与明朝结盟，联手遏制努尔哈赤的扩张。努尔哈赤则利用各部落、氏族之间的矛盾，采取招抚、利诱、通婚、胁迫等手段，以分化蒙古各部，孤立林丹汗。天命四年（1619年），後金在辽河大败喀尔喀蒙古军，俘获喀尔喀、扎鲁特的多位头领以及明安之子桑噶尔。次年，後金将扎鲁特部头领色本释放，并让色本立誓：“若不感恩图报，殃及臣身。”天命六年（1621年），后金攻克明军驻守的沈阳，进而攻打辽阳。喀尔喀部乘机偷袭沈阳，试图营救被俘的斋桑诺颜，但被後金击败。於是喀尔喀部以人质、牲畜赎回斋桑。不久，喀尔喀部台吉古尔布什、莽古勒等率六百户投奔後金，努尔哈赤将其女嫁予古尔布什。此後，对林丹汗心怀不满的一部分喀尔喀、扎鲁特台吉投靠努尔哈赤。天命九年（1624年），科尔沁部首领奥巴向努尔哈赤称臣，首先归附後金。次年，林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年），後金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。
天聪元年（1627年），柰曼、敖汉二部归附後金。次年，喀喇沁部归附，皇太极发兵征察哈尔。之後，扎鲁特部归附後金。天聪四年（1630年），四子部落、阿噜科尔沁部归附。天聪六年（1632年）翁牛特部归附。四月，皇太极再征察哈尔，令喀喇沁、扎鲁特、敖汉、柰曼、翁牛特、巴林、科尔沁等部前来会师。但蒙古各部多不愿与察哈尔交战，兵马“多寡不齐，迟速亦异”，有的“仅以一旅从征”。五月，後金进军至归化城，林丹汗南渡黄河，逃往鄂尔多斯。後金俘获察哈尔数千人。次年，茂明安部、乌喇特部归附。天聪八年（1634年），林丹汗病死于大草滩，察哈尔、克什克腾部众相继归降。次年（1635年）四月，林丹汗之子额哲出降，献元代传国玺“制诰之寳”，察哈尔部灭亡。鄂尔多斯部、归化城土默特一并归降。天聪十年（1636年）四月，漠南蒙古各部王公台吉来盛京朝觐，奉皇太极为蒙古大汗。皇太极改国号为大清，改元崇德。置蒙古衙门统管蒙古事务，并派员前往归附的蒙古各部“查户口、编牛录、会外藩、审罪犯、颁法律、禁奸盗”。
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