晚清时期，西方医学大规模输入中国。以解剖学、生理学、病理学、细菌学、临床诊断学为特征的西医在中国大行其道。
中西医学毕竟属于两种异质医学体系，并存局面必然导致两者间的对峙与冲突。在五四新旧思潮激烈冲突中，知识界批评中医愚昧落后之声日渐高涨，西医界也公开与中医界决裂，医药界形成了泾渭分明的两大对峙阵营。
1929年2月23日（距今87年）至26日，南京政府卫生部召开了第一届中央卫生委员会会议，与会者包括褚民谊、颜福庆、伍连德等当时的医界名流共14人。
会议讨论了余云岫起草的《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》。这一提案除了“一个‘医学外行’次长和一两个参事抱怀疑态度外，其余是满场一致通过”。随后，该提案写入2月25日的会议记录。2月26日，上海《新闻报》率先将此事公诸于众。3月2日，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊，公布“废止中医案”。
1929年为抗议国民政府废止中医案晋京请愿代表团合影
废止中医的原因
民国17年“废止旧医以扫除医事卫生之障碍案”余岩倡议，理由有四：
余云岫
一、今旧医所用者，阴阳五行六气脏腑经脉，皆凭空结撰，全非合实，此宜废止，一也。
二、“其临床独持桡动脉，妄分一部分之血管为寸、关、尺三部，以支配脏腑，穿凿附会，自欺欺人。其源出于纬侯之学，与天文分野，同属无稽，此宜废止，二也。
三、”根本不明，诊断无法，举凡调查死因，堪定病类，预防疾疠，无一能胜其任，强种优生之道，更无闻焉。是其对民族民生之根本大计，完全不能为行政上之利用，此宜废止，三也。
四、“人类文化之演进，以在绝地天通为最大关键，考之历史，彰彰可按。所谓绝地天通者，抗德而崇人事，黜虚玄而尚实际也。(北伐后)方破除迷信，废毁偶像，以谋民众思想之科学化，而旧医乃日持巫祝纬之延以惑民众；政府方以清洁消毒训导社会，使人知微虫细菌为疾病之源，而旧医乃日持其冬伤于寒，春必病温，夏伤于暑，秋心米比疟等说以教病象，阻遏科学化，此宜废止，四也。
故“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不上，卫生行政事业一日不能进展。为民族进化计，为民生改善计，不可不采取断然措施”
中央卫生会议所通过的议案及余岩之提案公布后，立即遭到了以陈存仁、张赞臣为代表的上海中医界的强烈反抗，也引起社会各界的强烈反响。
中医界的反击
中医界反抗废止中医案，一开始便不与西医就中医优劣问题作学理上的讨论，而是逐条批驳余岩等人废止中医之理由，并将中医存废置于政治意识形态层面进行论辩。3月11日，上海医界春秋社等8团体发表通电，指责余岩利用卫生部和中央会议等行政手段，打压中医界，将其废止中医上升到“摧残国粹学术”的高度。他们一再申明，“中医自有中医诊断之法，勘定病别之类，”并非“巫祝谶纬之道”。针对余岩在提案中指责中医“反动”之语，中医界声称中医完全合乎三民主义，是“极端之极端的民生主义”，是“极端之民族主义”。这种驳难，显然已非学理争论，而是意识形态化之政治攻击，是将中医存废问题提升到是否拥护三民主义的政治层面，争取政治上之优势。也正是从这个意义上，中医界反而指责西医界废止中医乃违背三民主义之举，并喊出了“打倒余汪提案，就是打倒帝国主义”等政治性口号。
中医界掀起的全国性抗争活动，引起了全社会的关注，也影响着社会安定与政府威信。在中医界掀起大规模抗争后，处于风头浪尖上卫生部长的薛笃弼，急于化解与中医界的冲突，将这场风波尽快平息。故他一再公开表示并无废止中医之意。他向请愿代表当面表态：“我当一天部长，决不容许这个提案获得实行。”不久，请愿团收到国民政府文官处批示：撤消一切禁锢中医法令。
至此，民国时期立法废除中医的运动宣告失败。
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