Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（850K芯片），为研究者提供了一个可靠且经济高效的甲基化分析平台。并为FFPE样本的检测改进了protocol，以获得更可靠和稳定的结果。广泛应用于干细胞研究、肿瘤和其他复杂疾病研究，是目前最适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。
一、Illumina 850K芯片有哪些技术特点？
1.全面的基因组覆盖范围：检测>853,000个CpG位点，全面覆盖CpG岛、启动子、编码区、开放染色质和增强子，此外还包括CpG岛外的CpG位点，已知DMR位点，脱氧核糖核酸酶超敏位点以及miRNA启动子区域；
2.高质量的数据：同时采用Infinium I及II探针设计，使检测范围最大化；
3.分辨率高：单碱基分辨率，可以直接检测到发生甲基化的确切位点；
4.可重复性高： 自身技术重复相关性R2 > 0.98，850K vs 450K交集探针间相关性R2 > 0.98；
5.起始模板量低：仅需 250ng，大大节约了样品量；
6.检测样本类型更广：不仅可以检测全血、细胞、新鲜/新鲜冷冻的组织、而且也可检测FFPE样本。
二、 Illumina 850K芯片样本要求？
1.样品类型：组织、细胞、基因组DNA；
2.样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净，不得有其它个体或其它物种的DNA污染；
3.样品总量：每个样品总量推荐600 ng以上 ；
4.样品溶剂：溶解在TE中；
5.样品运输： DNA低温运输（-20℃），在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
三. 850K芯片能不能用来检测羟甲基化？
可以，一份样本需要分成两份处理，其中一份用高钌酸钾处理后，再用亚硫酸盐处理。
BS转化后可获得5mC和5hmC，而KRu04处理之后获得5mC，两者之间做差就可以得到5hmC。
四. 850k、WGBS、RRBS和DNA甲基化捕获测序有什么区别？
五. 什么情况下选择做850K芯片？
1.物种是人；
2.需要甲基化分析分辨率达到单碱基水平。
六. DNA甲基化芯片数据可以进行哪些方向的分析研究？
DNA甲基化数据用于科研研究，主要有两种常见数据分析方向：
1.常规组间差异比较，通过比较组见甲基化的差异程度来寻找组间差异甲基化位点，通常适合样本量比较少的组间分析。配合生物统计学p_value统计，筛选组间具有显著性差异的甲基化位点；
2.全基因组关联分析（EWAS）研究，适合大样本群体（500对以上），通过表型数据与芯片位点数据的关联分析，寻找和特定表型相关的关联位点。
七. DNA甲基化与多组学研究的关系？
DNA甲基化数据表观遗传研究范畴，现有研究发现，DNA甲基化对基因转录调控有影响，特别是基因启动子区域高甲基化将抑制基因表达，最新的研究也发现，基因body区，高甲基化激活基因转录。因此，将DNA甲基化与转录组学结合起来进行研究，可解释DNA甲基化变化对基因转录的影响，进而对细胞功能的影响。基因组SNP多态性位点附近如果存在甲基化位点，该位点可能会影响DNA甲基化状态。通过将SNP与甲基化结合起来，通过mQTL分析，可找到与某基因甲基化水平显著相关的SNP位点，进而可以通过SNP-甲基化-表型的角度进行研究。
八. 高通量甲基化芯片检测后，如何筛选候选差异位点进行后续研究？
850K芯片能一次性检测86 w多个CpG位点，在通常情况下，实验组与对照组分析结果会得到成千，上万的差异。在这么多位点中，筛选后续重点验证的位点可有以下几种方式：
1.根据注释信息，优先选择研究领域中的已知基因，如果这些基因的不同区域有差异甲基化位点出现，优先选择；
2.根据差异位点所在基因的GO与KEGG功能富集结果，筛选跟本研究领域相关的信号通路基因，根据这部分结果筛选差异位点；
3.通过以上两种方式，筛选到的差异位点，优先选择位于Island区域，启动子区域，body区也可以考虑，同一个区域中有多个差异位点最理想；
基于以上的结果，选择差异β值大的位点进行后续的验证工作。
九. DNA甲基化后续验证工作需要注意哪些问题？
1.验证方法：现有研究结果中，以焦磷酸测序方法进行验证的相对较多；
2.样本选择：通过DNA甲基化芯片筛选到的位点，首先对做芯片的样本进行验证，结果吻合后再扩大样本进行验证。
十. DNA甲基化高通量研究，样本多少比较合理？
1.细胞样本，3个以上；
2.临床组织样本5例以上；
3.血液类样本10例以上；
4.EWAS研究500例以上。
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