生信分析系列二：UniProt数据库使用方法快速入门

通常蛋白质组数据可以覆盖几千到上万个蛋白，而其中的差异蛋白可能也会有几百甚至上千个，虽然筛选到差异蛋白后，我们会通过功能分析从中找出主要影响的通路或者功能变化，缩小目标范围，但是具体要将研究重点放在哪个蛋白上，还需要我们对这些蛋白进行功能和文章的查询，因此蛋白质数据库的灵活使用是组学研究非常必备的技能，可以帮助大家提升查询的效率。

蛋白质组常用数据库——UniProt数据库，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。它由Swiss-Prot、 TrEMBL 和PIR-PSD三大数据库的数据而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质生物功能的信息。一般蛋白质组搜库首选数据库也是UniProt，所以对于通过UniProt库搜库的组学数据，可以在此网站中进行蛋白功能查询。

首先在地址栏中输入网址https://www.uniprot.org/，跳转后页面显示如下，在UniProtKB栏输入蛋白ID或Accession Number以查询蛋白功能。

例如，当我们拿到的是差异蛋白的Accession Number：WIPI4_HUMAN，我们将此ID输入功能栏后回车，界面将跳转如下：

当我们选择显示Entry模式的时候，数据库可以提供的信息包括蛋白功能描述、GO条目、细胞定位、组织特异性表达情况、生理病理情况描述、互作蛋白、Domain、翻译后修饰位点等信息。蛋白的信息描述段落均会标出引用文章，并且可以跳转到PubMed界面进行浏览。

另外，当选择显示Publications模式的时候，数据库可以罗列出蛋白所涉及的所有文章。

以上我们所涉及的是单个蛋白功能的查询方式，当我们拿到的是一个一百多个蛋白的差异列表，我们想对其功能进行快速浏览、筛选的话，应该怎样做呢？UniProt数据库同样具有相对应的批量处理方法。

首先，打开网站后，点击“Retrieve/ID mapping”。

在编辑栏中输入蛋白Accession Number，点击search按钮。编辑栏中也可以识别其他格式的ID号，请参考其中的举例。另外，此界面还提供ID转换功能，支持多种数据库间的ID转换。

界面跳转后，将会显示蛋白对应的基因名、蛋白描述、序列长度等信息，点击“Column”按钮，可以选择希望数据库呈现的信息，比如选择“Function [CC]”、GO以及KEGG等信息，可以使得蛋白功能信息批量呈现。选中所有的蛋白，可以Download到本地，用Excel查看。

 本期UniProt数据库的使用方法就介绍到这里，希望对大家有所帮助！

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