1900年6月21日，慈禧一意孤行，召集义和团，以光绪皇帝的名义向十一国宣战，并且向全国各地下旨向北京派兵“勤王”。
早已达成共识的东南各督抚直接“抗旨”，时任两广总督李鸿章直接通电全国:“此乱命也，粤不奉诏”。湖广总督张之洞甚至提出，一旦北京无法保全，则推举李鸿章为大总统，继续与列强和谈。
随后，两江总督刘坤一、山东巡抚袁世凯、闽浙总督许应骙、浙江巡抚刘树棠、广东巡抚德寿、安徽巡抚王之春等纷纷响应，在铁路大臣盛宣怀的牵线搭桥下，各督抚与列强订立条约，另有陕西巡抚端方、四川总督奎俊鼎力支持。
正当身处北京的慈禧和光绪面临列强一锅端的危急时刻，这些本该保家卫国的地方实权督抚们，却与清政府的最高决策进行切割，保证东南各督抚绝不会侵犯列强在华利益。
从理智上来说，东南各督抚的行为虽然可能有些争议，实际上也是无奈之举。
慈禧用义和团“刀枪不入的神话”与列强宣战，可谓滑天下之大稽。如果东南各省真的跟着老太太瞎胡闹，跑去跟列强打，团结一心的时候打不过（之前的两次鸦片战争、甲午战争等等都充分说明了问题），现在居然让一群“神棍”打头阵，结果可想而知。
况且从第一次鸦片战争算起，中国沦为半殖民地已经半个多世纪，西方的势力由沿海渗透到内陆。东南各省兴起买办经济，各地的钱袋子都和列强息息相关，贸然出兵攻打列强，无异自断财路。
在这些或多或少与洋人打过交道，清楚清朝与外国之间巨大差距的地方督抚们看来，军事上打不过，财政上不敢打，民生上更不能打，不跟着北京城内那个瞎指挥的老太太胡闹，无可厚非。
但是，无论理由多么正当，东南各督抚直接违抗朝廷命令的行为，在中国古代显然是被视为抗旨不遵的重罪。可是，他们受到了什么惩罚吗？
完全没有！相反还一个个加官进爵。毫无疑问，至少在那段时间，清政府确实失去了对东南督抚的控制。究其原因，就是因为清政府兵权、财权都控制不住。
咸丰年间，太平天国运动爆发，养尊处优的八旗老爷兵和沉迷于大烟的绿营兵全都不堪一击，加上对外战争的赔款，清政府已经无力应对大规模的平叛战争，便号召各省举办团练，用“民兵组织”对抗太平军。
从此，曾国藩的湘军、左宗棠的楚勇、李鸿章的淮军等地方武装纷纷登上历史舞台。
要知道，朝廷虽然鼓励兴办团练，却没有银两来支付军饷。军队的日常开支都是由各军主帅自己想办法，比如靠着自己的面子向周边各省借饷，比如通过朝廷的授权卖官鬻爵筹钱，比如依靠各地的富商捐献。
但这样不稳定的军饷来源，根本不是供养军队的正常状态。久而久之，清廷在下放军事权的同时，又不得不下放地方财政权，曾国藩、李鸿章他们这时手上真是有兵有钱又有粮！
就这样，湘军、淮军的将士只知主帅而不知朝廷，毕竟对这些“书生＋农民”组成的地方武装来说，有奶就是娘，谁让朝廷不给钱呢。
湘军、淮军击败了太平军、捻军，光复了这些起义军占据的地盘，朝廷也没东西可以赏赐。加上他们辛辛苦苦打下来的土地，又怎么可能拱手让人。于是，团练的将领们摇身一变，成了各地的封疆大吏，尤其是江南半壁，都是这些将领打下来的，自然成了他们的大本营。
曾国藩、左宗棠、李鸿章等自不必说，其他将领也一个个成了各地督抚，同时也是各军“大帅”。钱自己弄，兵自己养，那个名义上的朝廷还能把他们怎么样呢？在他们眼里，大清朝廷、慈禧，不过就是个象征罢了。
慈禧也不是省油的灯，自然晓得清廷和曾国藩等人此消彼长的势力变化，双方各守自家边界，都尽量明面上不红脸，维持着彼此间微妙的平衡关系。即便有像“张文祥刺马”那样的悬案，慈禧明知案件背后有曾国藩的瓜葛，但也尽量保持着和湘军表面上的一团和气。
在东南互保的督抚中，“精神领袖”李鸿章本是淮军创始人。两大支柱：刘坤一是湘军江忠源部将领出身；张之洞虽然出身清流，但在中法战争中力主抗争，前往前线担任两广总督，此后兴办洋务筹建新军，更是稳固了自己手中的兵权。
这就注定了这些爷根本不把朝廷放在眼里，才有了“此乱命也，粤不奉诏”之类的激烈言论。他们是吃定了老太太没本事把他们怎么样。
那慈禧难道不生气吗？当然生气。可是生气又能怎么办呢？老太太自身都难保了！我们都知道，在东南互保之后，义和团面对列强的洋枪洋炮不堪一击，清军也节节败退，八国联军用了不到两个月时间打到北京城下，慈禧带着光绪皇帝仓皇出逃。
万般无奈之中，慈禧指定东南互保的精神领袖李鸿章作为清朝全权代表，与列强议和，东南督抚的“抗旨之罪”也就不了了之了。
但是话又说回来了，慈禧何许人也？真能容许东南督抚永远这么无法无天蹬鼻子上脸吗？当然不行！八国联军侵华时，老太太不过是短暂的屈服罢了。等到事态平息，慈禧腾出手来，当然要把权力夺回来。于是出现了铁良南下改革事件。
早在清廷设立新军，袁世凯担任会办练兵大臣期间，从日本考察回国的铁杆保皇派铁良被任命为练兵处襄办大臣，辅助（实为监视）袁世凯，这是慈禧向东南各督抚夺权的第一步。
次年，铁良受命南下考察江南制造局移厂，这是醉翁之意不在酒，慈禧的目的是让他以考察为名，剥夺东南各督抚的权力。当时，李鸿章、刘坤一已死，督抚们的顶梁柱倒了一大半，继任两江总督的魏光焘无能，被铁良抓住做假账的把柄，江南制造局的财权、人事权被尽数收缴，断了东南督抚的最大财路，而他和张之洞的亲兵武装也被铁良收编解散。
随后，风烛残年的张之洞又被调离湖广，入京担任军机大臣。自此，东南最强的督抚们彻底土崩瓦解，东南互保宣告结束。
因此，东南互保，是清末内忧外患的情况下，各督抚逐渐壮大的必然结果。但这种“独立”也是基于督抚们的个人能力，一旦几个强势人物逝去，清廷必然跨越边界去占东南地方力量的地盘，双方的探底直到袁世凯逼迫隆裕太后和溥仪退位，才终告结束。
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