不少人都有这样一个疑问，近代日本与中国针对西方列强的威胁，都开始学习西方的先进的技术，并由统治阶级发起了改革，在中国表现为洋务运动，戊戌变法，在日本则表现为明治维新，但为何结局差的却如此之大呢？
明治天皇
其一是两国的制度有着本质的不同，中国自秦始皇起就已经是中央集权的郡县制了，而日本则一直是分封制。在中国，中央集权是如此之强以至于任何可能危及统治的因素都被扼杀在了摇篮里。而在日本，作为实际最高统治领袖的将军所领导的幕府，对分布在日本的各个大名，其控制力并没有很大。如果一个大名没有履行其管理职责（特别是在德川幕府早期），将可能受到转封至更小的封地，在原有封地中削减部分封地，勒令其传位于其继承人等处分。但是，除惩罚或彻底没收封地的方式外，没有任何先例表明幕府会部分或完全地承担大名领地的行政事务。
幕府更多的是起一个示范和带头作用，无论是政策和制度，在日本各地都会得到效仿，但不可否认的是，大名确实在一定程度上拥有真正的自主性，在他自己的领地内行使着类似将军的权力。他们有着自己的军队并且大名的家臣也和幕府官员一样，担任相仿的职位，履行类似的职责。因此当幕府面对美国武力的威胁而开放港口时，一些对幕府行动感到失望，认为将军无法再保卫日本的大名确实有可能也有实力反对他继续统治。
黑船事件后，美国打开日本国门
由于实施分封制，对德川幕府来说，它的权力来自于对藩国土地的重新分配。经过三代将军的努力，到1650年，全国所收2600万石的稻米中，将军本人控制约420万石再加上他的嫡系控制的260万石，占了全国25%以上。还有36%（约930万石）的土地由德川家族及其旁系家族和德川家臣所领。剩余不到40%的土地留给了那些在关原之战胜利后才归附的100多位外样大名，即那些最有可能挑战将军地位的人。
同时，维持谱代大名和外样大名的势力均衡，并不单单依靠调整他们的封地大小，外样大名尽管持有的封地平均而言显著高出谱代大名的封地，但其封地均远离政权中心，而且被排除在将军政府的官僚体系之外。将军最近的亲戚按规定不能在幕府做官，但是他们的封地位于中心地区，占据较好的战略地位。与此相反，谱代大名各家的封地很少有超过10万石的，但却垄断了幕府的高级行政官职。此举的初衷是为了将谱代大名的利益同德川幕府政权维持捆绑在一起。但是当外样大名与亲藩大名随着势力的增长而希望对于国家政策发声时，这一制度的缺点便体现出来。
德川家康根据战后群雄对自己的忠诚度，将全日本的大名按地位高地分为三类：亲藩大名、谱代大名、外样大名。
“安庆大狱”便是一个很好的例子，以外样大名岛津齐彬与亲藩大名德川齐昭为首的一桥派因为对幕府迫于美国武力威胁而签订的不平等条约《日美亲善条约》的不满，希望通过将德川齐昭儿子庆喜安排为将军继承人替换掉仅仅11岁的继承人纪伊家藩主庆福，从而能进入幕府决策圈中发表意见。但在许多谱代大名看来，这些动作分明是试图从“责任官员”手中夺取权力，把它交给那些根据传统只能扮演咨询人角色或根本无权过问幕府政治的人。这些谱代大名为此不分地为高低，共同保卫传统的做法和纪伊家的将军继承权。并最终以井伊直弼为首的谱代大名胜利而告终，将军的继承人维持原样，同时各个参与到一桥派的人都受到了惩罚。但从这里我们已经看到，日本统治阶级内部的矛盾在幕府签订不平等条约这一措施的刺激下已经越来越大，而事实上最终推翻幕府的也正是以外样大名藩地萨摩长州为首的势力。
1854年，日美签订第一个不平等条约《神奈川条约》
其二是虽然德川幕府初期也引入了朱熹的新儒家社会伦理，即君君臣臣父父子子，用于维持一个稳定的社会。但儒学在日本被采纳的同时，也带来了种种怪异的结果，哲学的内容是历史。而儒家思想也是根据中国历史提出的，当日本幕府尝试采纳儒家思想时，制度与意识形态之间的潜在矛盾就已经产生了，当日本面临内忧外患的境地，知识分子反思国家的种种缺陷时，儒家思想不仅没有发挥出维持稳定的作用，还成为了一些志士攻击幕府的依据。例如，儒家强调天人合一，强调君权受命于天，上天要求君主励精图治。若君主失职，上天也会剥夺其君权，其前兆往往为各种灾难。但在日本，却需要面对天皇与将军的角色问题，其中一种解释是天皇在与将军的关系中代表着天，授权将军统治日本（但也可能收回天命）。而这种解释却有着一种隐患，后来对幕府进行攻击的水户尊皇主义者，就起源于这类儒家学说。
德川家康
水户尊皇主义将日本神道传统与儒家思想协调起来。水户哲学的核心要素是大义名分的概念，大义就是每个人需要履行对天皇的职责，即是作为统治者又是作为道德楷模的责任。正如藤田幽谷所说的那样：“如果将军敬畏皇室，所有的封建藩主就会尊敬将军，如果封建藩主尊敬将军，大臣和官员也会尊重封建藩主。这样一来地位高的人和地位低的人就会相互支持，整个国家就会和谐融洽”在水户学说那里，将军有责任向天皇表示敬畏，向人民表示仁慈，并以此作为其行使君主权力的一个条件，而且因为仁慈还意味着保护人民免于苦难，免于遭受外国侵略，于是尊奉天皇就蕴含着攘除夷狄。到此为止，当幕府首席老中井伊直弼与美国签订了不平等条约，没有保护好它的国家时，水户哲学已经成为了一件攻击德川幕府的有力武器。
同时在中国的儒家理论中，权威和地位均系于才学，至少是根据科举制所测量的才学而言。而在日本，权力的分配是由出身决定的。幕府藩国的儒教学者，无论他如何视自己为有才之人，基本上只有中级甚至下级武士的身份。他确实能够有一定的影响力，但影响力鲜能达到高层。他的武士职责使他乐于接受这一状况。但是，以儒家学说衡量，可以推出这样做是不对的结论，而到了这一地步，儒家对于幕府也成了颠覆性的东西了。在这种情势下，尽管对于一些人来说，儒家是在为反对新生事物做辩护，但对于另一些人来说，儒家成为一套改革性观念体系中的组成要素。
至此我们可以看到，无论是德川幕府内部的统治阶级还是德川幕府引入的适应于日本的儒家学说，都蕴含着推翻幕府统治的种子，而这些种子都在美国派遣佩里将军率领舰队武力胁迫日本签订不平等条约的刺激下加速发育起来。
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