蒙古部落没有归属于黄金家族的林丹汗，却投降了满清，主要缘于黄金家族在林丹汗的时候已完全没落，而当时的满清刚刚兴起，既有亲和力又有战斗力，在努尔哈赤和皇太极两代汗王的努力下，林丹汗的部众最终都归了后金。
实际上，林丹汗所统领的蒙古部众并不是蒙古的全部，而是漠南蒙古，那么漠南蒙古是怎么来的呢？这又要从元朝末年开始说起了。
元朝在中原的统治被明朝推翻后，蒙古汗庭的权威就日益衰落，蒙古草原很快就回到了成吉思汗建国之前群雄割据、长期混战的局面。
在明太祖朱元璋时期，蓝玉发动捕鱼儿海战役后，整个元廷实际上已名存实亡，到了朱棣时期，北元演变成了鞑靼，后来朱棣发动五次北伐，将鞑靼打残，蒙古草原上的瓦剌乘机兴起，不但在土木堡之变中俘虏了明英宗，也曾一度统一整个蒙古草原。不过瓦剌在也先去世后，很快就四分五裂，逐渐形成了准噶尔、和硕特、杜尔伯特和土尔扈特四部，是为“卫拉特四部”，这部分蒙古便是漠西蒙古。
在15世纪末到16世纪初，蒙古族女强人满都海哈屯和达延汗巴图蒙克曾在形式上统一过除漠西蒙古外的蒙古各部，为了巩固成果，巴图蒙克把所辖区域各部分成了左右两翼，每翼3个万户，其中的左翼三万户包括了哈尔万户、兀良哈万户（并非明朝的朵颜兀良哈三卫）和喀尔喀万户；右翼三万户包括鄂尔多斯万户、蒙郭勒津万户（后改为土默特万户）和永谢布万户，大汗王庭设在察哈尔万户境内。后来哈儿、兀良哈、鄂尔多斯、蒙郭勒津和永谢布这五个万户内迁，形成了漠南蒙古，喀尔喀万户留在故地，形成了漠北蒙古，也叫喀尔喀蒙古。
不过蒙古的统一并没有长久地维持下去，察哈尔蒙古王庭的大汗到后来也是一代不如一代，到1592年布延可汗继位的时候，所管辖的区域仅限于察哈尔万户之内。1604年，布延去世，他的长孙林丹巴图尔继位，也就是林丹汗，他刚极为的时候手上大约有十多万部众，在漠南蒙古中实力最强。到1615年的时候，经过大约10年的内部治理，林丹汗的实力进一步提升，开始大举骚扰明朝边境，并取得了不少军事上的胜利，震动了整个漠南，此后早已疏远的土默特万户和鄂尔多斯万户开始恢复对汗庭的朝贡，甚至连漠南五部之外的科尔沁也口头表示服从于汗庭，林丹汗似乎又恢复了蒙古王庭的威望。
但是就在林丹汗“崛起”的时候，后金的努尔哈赤却成了他最大的对手。
明朝初年的时候，东北的女真分为建州女真、海西女真和野人女真三个部分，其中建州女真属明朝管辖，用以对付海西和野人女真。到明朝末年努尔哈赤统一建州女真后，女真开始强大了起来。公元1593年12月，努尔哈赤与海西女真组织的“九部联军”展开大战，结果“九部联军”被努尔哈赤击败，阵亡4000余人，叶赫部贝勒布寨被杀，乌拉部贝勒布占泰被俘，而“九部联军”中就包括了蒙古科尔沁部。科尔沁部加入“九部联军”反对努尔哈赤，主要是害怕努尔哈赤吞并海西女真后，会掐断科尔沁部与明朝的贸易通道。不过对于获胜的努尔哈赤来说，此时的科尔沁蒙古并不与他的领土接壤，便采取了“远交近攻”的方略，把俘虏的科尔沁人全部释放，还赠予了布帛，此后后金乃至清朝对蒙古各部的征服，也就由此开始了。
PS：科尔沁蒙古在蒙古汗庭六部之外，由成吉思汗二弟合撒儿一系发展而来，属蒙古汗庭的旁系。
▲16世纪末东部蒙古地区形势略图，何俊宏绘（参考自《中国史稿地图集》下册，中国社会科学院主编，中国地图出版社1990年版）
在“九部联军”战败后，虽然努尔哈赤对科尔沁表示出了极大的友好，但科尔沁首领翁果只是表面上领情，背地里与海西女真仍来往频繁，此后还时常介入建州与海西女真之间的冲突。1608年，努尔哈赤率军攻打海西乌拉部，科尔沁出兵增援乌拉，再次被努尔哈赤击败。在海西女真大部被努尔哈赤兼并后，建州女真开始与科尔沁接壤，为了从蒙古人哪里获得重要的战略资源马匹，努尔哈赤加紧了对科尔沁、内喀尔喀联盟等蒙古部落的笼络，此后蒙古人对后金的态度便出现了分化。
1612年，科尔沁部的重要头目明安将女儿嫁给了努尔哈赤，此后科尔沁与后金之间就开始了频繁的联姻，努尔哈赤借着联姻收编了不少蒙古部众，到后金建国前夕，建州女真编制的蒙古牛录达76个之多，为努尔哈赤创立八旗提供了有利条件，努尔哈赤公然与蒙古各部来往自然就激怒了林丹汗，在林丹汗看来，随着努尔哈赤与蒙古各部关系的日益加深，会有越来越多的蒙古部落被努尔哈赤收编，自己的实力就会被逐渐削弱，这当然是林丹汗所不能容忍的了。
1617年，为联合蒙古对付后金，明朝天启皇帝同意与察哈尔部开放互市，在得到了明朝的支持后，林丹汗也雄心万丈，开始放开拳脚对付后金了。
1617年七月，努尔哈赤在获得了萨尔浒大战的胜利后，开始进攻开原和铁岭，林丹汗派内喀尔喀联盟的宰塞率兵一万增援明军，可以此战努尔哈赤行动异常迅速，蒙古人的援军还在路上的时候，努尔哈赤就已攻陷了开原和铁岭，随后以逸待劳，击败了宰塞的部队，宰塞和他的两个儿子都成了俘虏。
宰塞是内喀尔喀联盟盟主卓里克图洪巴图鲁的继承人，他的被俘导致内喀尔喀联盟惊恐不已，而此时内喀尔喀早与努尔哈赤多有往来，甚至很多人都与努尔哈赤结成了亲家。既然是亲家就好说话，努尔哈赤也很想拉拢内喀尔喀联盟以壮大实力，便没有杀掉宰塞父子，而是将其软禁起来以便与内喀尔喀讨价还价。结果很快就如努尔哈赤所愿，一个月后，内喀尔喀联盟谴使求和，又过了一个月，内喀尔喀就与后金会盟，约定共同对付明朝。
内喀尔喀归附后金，使林丹汗大为震惊，于是林丹汗积极备战，打算找机会与努尔哈赤一决雌雄。不过林丹汗的军事能力确实与努尔哈赤相去甚远，1622年广宁大战之时，林丹汗率军增援明军，却被努尔哈赤杀了个大败。主力的失败就导致察哈尔内部出现了撕裂，乌鲁特部就在广宁之战后归附了后金。
林丹汗不但在武力上无法与努尔哈赤对抗，在政治上也出现了重大失误，尤其在宗教问题上更是做出了非常幼稚的举动。当时蒙古地区流行的是藏传佛教，也称“喇嘛教”，而大部分蒙古人信奉的是“喇嘛教”中的格鲁派（黄教），当时格鲁派在“喇嘛教”中处绝对主导地位，其领袖享有罗马教皇一般的特权，掌控了西藏教廷，当时蒙古各部的首领如果没有西藏教廷赐予的封号，其首领地位就不会被承认。但面对这一现实，林丹汗却改宗了宁玛派(红教），这就直接导致了信奉格鲁派的漠南右翼三万户和漠北喀尔喀蒙古的敌视。
这点努尔哈赤也是看在了眼里，便装出了一幅非常信奉格鲁派的样子，不但邀请格鲁派的高僧到首都赫图阿拉讲经布道，还在领地内建了不少格鲁派的寺庙，此举博得了蒙古各部的好感。
1623年，为进一步加强对蒙古的控制，努尔哈赤对内喀尔喀不中还不服从自己的扎鲁特部发动了进攻，扎鲁特不敌努尔哈赤，向林丹汗求援，但林丹汗却拒增援扎鲁特部，因为这个时候他要集中兵马对付蒙古诸部中与努尔哈赤走的最近的科尔沁部。虽然打击科尔沁部本身没错，但是我们都知道不去救援扎鲁特部，对于服从于林丹汗的蒙古部落来说无疑是个重大打击，这就意味着今后如果努尔哈赤来攻，他们也同样不会得到救援，要么被努尔哈赤灭掉，要么投降努尔哈赤，林丹汗此举就加剧了蒙古汗庭的瓦解。
1624年，摄于林丹汗的巨大压力，科尔沁部与后金会盟，约定共同对付林丹汗。1625年，林丹汗远征科尔沁部，却被努尔哈赤派出的援军击败。1626年，努尔哈赤兵败宁远城，内喀尔喀联盟随即倒向了明朝，努尔哈赤闻讯大怒，出兵内喀尔喀联盟，连续击败了乌齐叶特部，接着连破扎鲁特、巴林等部。如果这个时候林丹汗能不计之前内喀尔喀与后金联盟的前嫌，联手内喀尔喀对付后金，那么林丹汗将很可能重新联合蒙古诸部一致对抗后金，重拾蒙古汗庭的威望，但他不但没有联合内喀尔喀，反而把逃入察哈尔境内的内喀尔喀部众吞并，这就使蒙古汗庭威信扫地。
1626年9月30日，努尔哈赤病逝，不久之后皇太极继位。在努尔哈赤时期，后金成功地将科尔沁和内喀尔喀联盟从蒙古诸部中分离了出来，变成了后金的势力，而英明神武的皇太极继位后，继续对察哈尔展开了分化瓦解的策略。
皇太极谴使察哈尔部，希望双方能罢兵言好，而此时的察哈尔诸部经过连年与后金的战争，人丁牲畜损失极大，很多察哈尔王公也希望能与后金讲和，以腾出战略空间来休养生息，但林丹汗却意气用事，断然拒绝了和谈。林丹汗拒绝和谈的结果，就是察哈尔八大部中厌战的乌鲁特、奈曼和敖汉三部投靠了后金，阿剌克绰特部独立，连隶属大汗本部的浩齐特部都有不少人逃到了漠北的喀尔喀蒙古，林丹汗很快就陷入了四面楚歌的境地。
面对如此危局，林丹汗仍一味依靠武力解决问题，没有想到要用政治手段来联合能够联合的势力。他留下多罗特部牵制后金，自己亲率大部分察哈尔部众西征，打算在收服了永谢布、土默特、鄂尔多斯等部后，再集结兵力对抗后金。而就在他西征的时候，又与明朝因停止互市而撕破了脸，最后竟然出兵攻打漠北喀尔喀，由此林丹汗不但在蒙古内部到处都是敌人，就连外部的明朝、后金也都成了敌人，林丹汗成了各方势力都一致声讨的对象。
就在林丹汗搞起各种骚操作的时候，皇太极也没闲着，从1628年2月到9月连续三次对察哈尔发动猛攻，歼灭了察哈尔留守本部的部队，占据了整个辽东。到1632年，皇太极又攻略了林丹汗在漠南蒙古西部的根据地，在与林丹汗最后的决战中将其击败，林丹汗自此陷入了绝境。
与皇太极决战失败后，林丹汗的部众被迫躲进了毛乌素沙漠，饥寒交迫之下，部众纷纷出走。到1634年的时候，众叛亲离的林丹汗最终病死于甘肃大草滩，此后漠南蒙古就全部归附了后金，蒙古汗庭也就此终结。
总的来说，林丹汗虽然有复兴蒙古帝国的大志，但他却与崇祯类似，都是志大才疏之人，既没有多强的军事能力，在政治上也非常幼稚。军事上林丹汗屡屡败给了努尔哈赤和皇太极，一次又一次军事上的失败不但使察哈尔损失了大量的人丁和牲畜，也瓦解了蒙古诸部对汗庭的信心。在政治上，林丹汗不懂得团结蒙古诸部的重要性，他所做的决定往往都是出于个人喜怒，甚至在其他部落遭受后金威胁的时候，不但不出兵帮助，反而乘机吞并，使蒙古汗庭的威望日渐，最终名誉扫地，蒙古各部也逐渐倒向了后金，最终落了个众叛亲离的悲惨下场。
总之，蒙古部落没有归附于顶着黄金家族光环的林丹汗，反而投靠了后金，根本原因就在于林丹汗完全不是努尔哈赤和皇太极的对手。
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