蒙古入主中原之后，向中原各地派驻了不少蒙古军队。在元朝时期，这些军队在驻地基本上不从事生产，完全靠财政供养，属于特权阶级，但战斗力退化也很快，并没有蒙古早期那么强。到中后期，元朝稍微大规模的军事行动，也基本上是依靠汉军的，只是将领多数仍然是蒙古贵族子弟充任，汉人官吏基本上是承担辅助功能，比如参谋军事、筹集粮草等等这种任务。
到明朝兴起，徐达率军北伐中原的时候，蒙古军队在北伐主要是三个集团，但军队主体同样已经是汉人为主了，只是将领是蒙古贵族。而元顺帝脱欢铁木儿北逃时所带的基本上都是蒙古贵族及其家属，军队数量并不算太庞大，因为当时北京能够用于作战的军队实际上已经没有多少了，尤其是蒙古人，这时候在北京附近并没有比较大的集团。
跟随元顺帝及其他将领分别退出中原的几个大的军事集团，因为其中汉人比较多，而这些人在逃到蒙古草原之后，并不适应当地的生活方式，所以后来逐步南下向明朝投降了，比如关中地区的一个军事集团，还有河西走廊的军事集团，都是如此。所以北元重返草原之后，能够依靠的主要军事力量，一开始也是汉人为主，汉人逐步逃回中原地区或者南下投降明军之后，北元才又依托原本留在草原的蒙古部落，重建了军事力量。
而且，因为明初的多次北伐，不断扫荡北元的残余势力，穷追不舍，很快就控制了长城线以北原本适合农耕的地区，让蒙古人被迫继续向北撤退，完全变成纯粹的游牧民族，也就是恢复到入主中原之前的状态。因此，北元并不控制长城线以北在当时的技术条件下能够进行农业种植的地区，只能退回草原，继续游牧生活。
原本被元朝派驻内陆各地的蒙古族军队，在明朝兴起时，也基本上分别投降了明军，之后逐步与当地汉人融合，变成了农耕生活方式。尤其是在南方，因为长期远离元朝中央政权，也远离草原，所以在元顺帝北逃的时候完全没有机会、也没有条件一起逃回蒙古草原，只能留在当地。这其中，除了蒙古人，还有一些被元朝从其它地方征调而来的其他民族的军队，也就是蒙古人说的色目人，比如畏吾尔人等，也基本上都在内陆就地逐步融合了。
当然，也有一些地方仍然保持着聚居状态，而且保持了一些本民族的生活习惯和文化风俗，比如湖南就有一些畏吾尔人，还有云南的蒙古族，也是在元朝时期的梁王下属的蒙古军队。而这些民族即使保留了原来的民族文化习俗，在生产方式上也基本上就地变成农耕为主了。但总体来说，这样的情况不太多，大多数蒙古人都逐步与当地汉人相互融合，失去了自己原来的民族特征，变成汉人了。
这和五胡十六国时期的匈奴、鲜卑、羯族、氐族、羌族情况一样，也和辽国时期驻扎在汉地的契丹人一样，和金朝时期的女真人的情况也一样。原本跟随王朝进入中原地区的人是本民族中文化上发展程度比较高的那部分人，但也正因此，他们在王朝衰落和灭亡之后，基本上都没有返回原来的故地，而是留在当地，和汉人相互融合，变成了汉人的一部分。可以说，这是入主中原的少数民族政权普遍的现象。
不过，这并不代表入主中原长达百年的时间，对蒙古就毫无影响，影响当然是非常大的。比如蒙古后来的语言中就包括了大量的汉语词汇的音译，比如汉语中的太子，就被蒙古带回了草原，一个部落的王子们都会被称为台吉，而台吉就是太子的音译。这和辽国时期有令稳、详稳一样，实际上就是中原的令公、相公。
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