​《万历十五年》剖析的是1587年，但是黄仁宇要展示的是整个中国历史的全貌。他要告诉读者的是，为什么从明代起，中国落后于世界。黄仁宇的答案是，“中国的悲剧乃是其在地方组织及技术上的设备尚未具备规模之际，先已有大帝国之统一，因之上下之间当中缺乏一段有效的中间阶段，全靠专制君主以他们人身上的机断弥补”。大一统体制一方面简单有效地维持了社会的稳定，另一方面却也限制了社会变化发展的空间。传统政治体制的弱点在于组织简单，效率低下，是既缺乏弹性又欠实力，只重道德的表面，而缺乏务实地解决具体问题的能力，表面上看起来如同庞然大物，实际上不堪一击。因此黄仁宇认为，中国问题的关键是引入西方的“数目字上的管理”，“道德非万能，不能代替技术，尤不可代替法律”。