联合舰队全军覆没不能怪山本五十六，就像赔光了南方集团军群老本的曼施坦因，仍然被推为一代名将一样，山本五十六虽然没能带领联合舰队取得最后胜利，但他仍然带给美军不小的惊吓，说他打仗厉害不为过。
山本五十六手里的联合舰队在1941年12月到1942年5月期间实力最强，由于5月初爆发了珊瑚海海战，联合舰队的主力航母翔鹤号、瑞鹤号不是人员和舰载机损失惨重，就是航母装备严重受损，轻型航母祥凤号还被击沉了，此时联合舰队的航空兵实力相比开战之初大幅缩水，因为它最现代化的两艘航母无法参战了，这意味着南云的机动舰队失去了130多架舰载机。
（翔鹤号航母）
在这种情况下，山本五十六还坚持发动中途岛海战，期望夺取中途岛，在日本本土和美国夏威夷群岛之间建立一条警戒线，避免杜立特式空袭再度出现，也正是这个决定将联合舰队的四大主力航母飞龙、苍老、赤城、加贺送上了不归路，这确实是山本军事生涯的一个污点。
（燃烧的赤城号）
在中途岛海战失败后，山本五十六曾对联合舰队高级军官训话说：“不要再责怪南云中将了，航母没了还能再造”，这种态度说明，山本还没有认识到日本造船业的能力不足。由于截止到1941年年末偷袭珍珠港之前，日本已经在陆地上奋战了将近4年，它有限的工业能力都集中到了与陆军相关的生产领域（日本工人的工资涨了2倍，物价却上涨了至少12倍，可见它的生产力达到了极限超负荷状态），与海军相关的 船舶建造工业并没有得到长足发展，想在短期内弥补中途岛海战的损失是不可能的。
（改装中的加贺号）
但山本在中途岛海战后仍然有信心坚持下去，这是因为他深信自己在东南亚和南太平洋开拓的土地，足以确保日本本土在几年内处于安全状态，毕竟日军最前沿已经进入所罗门群岛，美军的反攻之路会十分漫长，他和他背后的日本应该有充足的时间应对。此外，根据南云机动舰队的战报，日军在中途岛海战的尾声击毁了2艘美军航母（约克城号被两次袭击，日军误认为自己摧毁了两艘美军航母），剩余的主力航母也只有2艘，相比之下联合舰队还拥有2艘最先进的鹤级航母，虽然丧失了优势，但也不算劣势。
因此在1942年的7月，山本非常积极的巩固在南太平洋的防御，中岛海战结束仅仅几天日军就登陆了所罗门群岛最南端的瓜岛，而他本人则驻扎在南太平洋大都市拉包尔，大有亲自保卫南太平洋、拱卫本土安全的气势。
可让山本没想到的是，美军在瓜岛方向的反击会如此猛烈，不到7个月日军航空兵就流干了血，损失了24艘战舰、893架飞机，尤其是珍贵的2362名飞行员，参加珍珠港偷袭的飞行员所剩无几，这些损失几乎让日军丧失了抵抗力。
瓜岛战役结束2个多月山本就被击毙、一年半后联合舰队就被迫退到1100公里外的特鲁克，在南太平洋阻挡美军的计划彻底落空，这与日军的空中力量衰竭有直接关系。
山本的失败并非他本人能力不足，而是日本的国力实在无法支撑残酷的消耗战，山本的中途岛构想、南太平洋战略都是十分精明的，败就败在日军实力的补充赶不上消耗，毕竟联合舰队在全军覆没之前，拼掉了相当可观的美军力量，美军的胜利完全是综合国力的胜利。
（美国护航航母下水）
日本发动太平洋战争后整整苦战了将近4年，在这期间也认识到了航母的重要性和战列舰已经过时的事实，于是国内生产资料开始向航母生产倾斜，但也只是建造了15艘航母而已，这其中新建的只有5艘（3艘云龙级、1艘大凤级、1艘海鹰级），其余10艘都是在现有军舰和邮轮基础上改装而成的，有的甚至只完工了40%到80%，凭这点产能怎么可能与美国战斗呢？山本也是巧妇难为无米之炊啊。
（建造中的日军航母）
关于山本，最有争议的还是中途岛海战，在两艘主力航母缺席的情况下，贸然发动毕其功于一役的战役不是明智之举，但站在日本海军的立场来看是可以放手一搏的，毕竟开战半年以来主要战场都在南太平洋，美军没有可能突然加强在北太平洋中途岛海域的力量（谁也想不到情报战的可怕）。而且山本还是留了后手的，他让对海上航空作战轻车熟路的南云忠一打头阵，就是想避免直接的舰队决战，避免一开始就压上所有的本钱。
（佯攻阿留申的龙骧号航母）
南云带领4艘航母、266架舰载机本以为可以轻松攻占弹丸之地中途岛，但面对早有准备的美海军和岸防部队，南云的失败几乎毫无悬念，但这不是山本的错，我们也不能事后诸葛亮。有人说山本分兵佯攻阿留申是个错误，负责进攻阿留申的“细萱戌子郎”中将分走了约100架舰载机，这部分力量加入南云舰队，肯定能改写历史。但站在当时来看，日军佯攻阿留申也是一道保险，且机动舰队也没有带上二线航母作战的习惯，山本的兵力分配不算失误。
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