在后世中，明孝陵的意义并不仅于钟山山麓的那座地下宫殿。通过后世的大量时间来看，明孝陵本身是一个特别的政治符号，并因此产生了很多特别的历史事件。当我们去回望这些历史页面时，明孝陵就像一面镜子,映出了不同时代的内涵。
中国历代皇陵中，明陵可能是保存最为完好的一批。一方面，明朝是最后一个汉人王朝，明陵的防盗设施也较为完善，在改朝换代的混乱中得到了较好的保存；另一方面，清王朝对于明朝帝陵的策略也使得明陵得到了维护。而在所有明朝陵寝中，明孝陵得到的重视是最多的。
对于明王朝自身而言，明孝陵是正统地位的象征，因此明王朝中的诸多大事件都伴随有祭祀孝陵的行为。明人章潢于《图书编》中记载了靖难之役中朱棣破南京后的一件往事：“诸王上表劝进。燕王命驾将入城，学士杨荣迎驾前日：'殿下先入城耶，先谒孝陵耶？’燕王悟，遂谒孝陵。”尽管朱棣在两次辞帝位后终究“勉为其难”地接受了大臣上表劝进的言辞，但依旧要借助拜祭父亲的明孝陵来掩盖建文帝的合法性与表现自己的政治正确性。而两百余年之后的明朝末期，崇祯自缢于北京，当时的明朝旧臣便商议在南京拥立新主。此时具有继位可能性的人极多，而关于即位的争论直到福王朱由崧祭拜孝陵才停止。当然，福王虽然祭祀了孝陵，却没有继承朱元璋的胆识与魄力。也因此，南明崩溃的速度让人惊诧。可以说，孝陵在明朝一直象征着最终的政治正统性。
而八旗子弟进入山海关后，孝陵又多了很多其他的政治寓意。从现有的文献和研究可以表明，明孝陵是明朝遗民表达旧有认同的最好借力，民国学者王焕镳在其著作中指出：“明亡，遗民系心故国，无所放其意，则望陵凭吊，欲以创巨痛深之蕴诉之九渊，冀后之人有因以喻其心者。若顾炎武之七谒、屈大均三谒，尤志士所深悲云。”这种现实情况和江南一带实际上的民怨使得清王朝不得不重视明孝陵这一具有抗议性的政治符号。
顺治元年(1644年) 六月，当时实际的清朝统治者多尔衮“遣官祭先师孔子”，在此之后便派遣大学士冯铨“祭故明太祖及诸帝”，开始了真正意义上的笼络江南士子民心的行为。祭文称:“兹者流寇李自成，颠覆明室，国祚已终。予驱除逆寇，定鼎燕都。惟明乘一代之运，以有天下，历数转移，如四时递禅，非独有明为然，乃天地之定数也。至于宗庙之主，迁置别所，自古以来，厥有成例。第念曾为一代天下主，罔宜轻亵，兹以移置之故，遣官祀告，迁于别所。”从内容来看，这不仅仅是一篇普通的祭祀，而是借此表示清代明是“奉天承运”，符合上天气运的合法替代。在此之后，明太祖的神牌就被移入了“历代帝王庙”，成为了新王朝承认的历史观之一。而这些行为，都发生在祭祀明孝陵之后。
然而，顺治年间的明孝陵与明太祖地位并没有显著超过其他帝王。被列入帝王庙的明太祖只是伏羲，神农，少昊，颛顼，高阳，高辛，唐尧，有虞，夏禹，商汤，周武王，汉高祖、光武帝，唐太宗，宋太祖，辽太祖，金太祖、金世宗，元太祖、元世祖，明太祖这21位中的一个，孝陵亦只是清王朝标注出的历代帝王陵寝”群落中的四十分之一。康熙即位后，为了彻底解决江南一带人心不稳的问题，孝陵才从历代帝王陵寝中突出，成为特别的政治符号。
康熙帝在自己六次著名的南巡中，曾经五次前往明孝陵谒陵。与顺治年间具有“宣告性”的祭祀文不同的是，康熙祭祀更注重吸取兴衰的经验教训对朱元璋的惺惺相惜。总的来说，康熙年间已经没有明显的武装反抗力量，但人心上对于清朝的回避仍是一个大问题。也因此，清王朝统治者的主要思考内容从征服和民族转变为王朝治理，也不再把明太祖看成是征服者的祖先，而是不同时代的伟大君主。在这种情形之下，康熙帝在于明孝陵相关的吉思中更注意总结明朝灭亡的教训、借鉴和对于朱元璋的惺惺相惜。
康熙于《过金陵论》感慨：“岁在甲子，冬十一月，朕省方南来，驻跸江宁，将登钟山，酹酒于明太祖之陵。道出故宫，荆榛满目。昔者凤阙之嵬峨，今则颓垣断壁矣。昔者玉河之湾环，今则荒沟废岸矣。路旁老民，跪而进曰: 若为建极殿，若为乾清宫。阶磌陛级，犹得想见其华构焉。”
并在第三次拜谒明孝陵时称赞“帝天锡勇智，奋起布衣，统一寰区，周详制作，鸿谟伟烈，前代莫伦。朕曩岁时巡，躬修醑荐，仰其遗辙，不囿成规。兹因阅视河防，省方南迈，园林如故，睇松柏以兴思; 功德犹存，稽典章而可范。溯怀弥切，奠酹重申，灵其鉴兹，尚期歆享。”
这充分体现出康熙帝在学习中原思想的以史为鉴并真正开始认为自己是中原王朝的继承者之一。无论他的实际想法为何，但这些确实解构了明孝陵在过往“明朝遗尘”的政治作用，并让明孝陵成为自己政治理念和伟大志向的最好传播之所。
康熙四十六年（1707年），53岁的康熙皇帝第五次也是人生中最后一次来到孝陵。康熙先遣大学士马齐“祭明太祖陵”，然后亲自“乘步辇，由东石桥至大门下辇，由东门升殿，行礼毕，回行宫”。如果说早期的祭祀还有抚慰江南人士的政治诉求，那这时的祭祀就真的包含有理解欲继承明太祖志向的含义。
除了祭祀之外，清王朝采取的措施包括了下旨寻访明朝宗室后裔为明孝陵守陵。然而这一想法直到雍正年间才得以实现。而这些政策在乾隆年间也得以继承。然而与康熙不同的是，雍正与乾隆年间的行为是一种“高姿态的政治工程”，最大的目的是为了在毫不危及自己的现实统治安排的情况下显示自己的宽仁盛德。雍正元年，雍正发出了据称为康熙的遗旨道，“明太祖崛起布衣，统一方夏，经文纬武，为汉唐宋诸君之所未及，其后嗣亦未有如前代荒淫暴虐亡国之迹，欲大廓成例，访其支派一人，量授官职，以奉春秋陈荐，仍令世袭。朕伏读之下，仰见我圣祖仁皇帝海涵天覆，大度深仁，远迈百王，超轶万古。”这充分体现了雍正是想把明孝陵作为表现父亲远超历代帝王的政治工具。
回看孝陵历史，我们能偶遇太多的历史瞬间。其他帝王陵寝的遭遇和孝陵相比，都少了太多厚重的历史意味。孝陵是很多人的政治工具，被用来展现自己的政治正确与价值。但同时，孝陵也是中原文化的最后象征，是每一个试图去学习中原文化的统治者必须尊重的最后宏篇。
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