《中华人民共和国企业所得税法》第五十三条规定：企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起六十日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。企业依法清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。可见企业在办理注销税务登记之前，要完成以下所得税申报：一是正常经营期间的所得税汇算清缴，二是清算期间的清算所得税申报。
2009年4月30日，财政部、国家税务总局发布《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第四条强调企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
可见税法已经明文规定，企业清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度，但目前许多地方并未执行上述法规，企业注销时发生的纳税事项，仍要求企业视为在经营期内来履行纳税义务。同时，纳税人也对清算所得税申报概念很模糊，从而导致混淆清算所得与经营期所得，将清算所得跟经营期所得混在一起申报。这给纳税人留下了空子，造成企业在注销环节清算业务所得税的大量流失。2009年12月4日，国家税务总局又发布《关于企业清算所得税有关问题的通知》（国税函[2009]684号）重申了企业清算时，应当以整个清算期间作为一个纳税年度，依法计算清算所得及其应纳所得税。企业应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送企业清算所得税纳税申报表，结清税款。
如何确定清算期
遗憾的是财税[2009]60号文和国税函[2009]684号都没有规定如何确定企业清算期间的开始日和截止日，但国家税务总局2009年7月17日颁布《关于印发〈中华人民共和国企业清算所得税申报表〉的通知》（国税函[2009]388号）中有概括性的规定：清算期间指纳税人实际生产经营终止之日至办理完毕清算事务之日止的期间。这样的规定在实务中也很难把握，但确定清算期应注意以下几点：
1、无论清算跨度长短都视为一个纳税年度，也就是无论实际是长于12个月还是短于12个月都要视为一个纳税年度，以该期间为基准计算确定企业应纳税所得额。
2、企业如果在年度中间终止经营，该年度终止经营前属于正常生产经营年度，此后则属于清算年度。
3、清算开始日实际工作中需要结合《公司法》、《破产法》等有关法律规定进行具体判断。其实清算开始日，也就是经营终止日，实际生产经营终止之日如何确定，在实际操作中具有较强的主观随意性和难以辨认性。我们认为实际生产经营终止之日的确定，应能在主观和客观上具有确定性和辨认性。主观应反应企业经营者股东、股东或相关机构终止企业经营的行动，客观上应具有较强的辨认性。因此，我们认为实际生产经营终止之日具体可能归纳为以下几个时点：（一）纳税人章程规定的经营期限届满或其它解散事由出现之日；（二）纳税人股东会、股东大会或类似机构决议解散之日；（三）纳税人依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销之日；（四）纳税人被人民法院依法予以解散或宣告破产之日；（五）有关法律、行政法规规定清算开始之日；（六）清算组成立之日；（七）纳税人因其他原因解散之日。
4、办理完毕清算事务之日，最终的一项标志性事项就是办理注销税务登记，至此企业作为纳税主体的资格就消亡。因此，所得税清算期间是指纳税人自终止正常的生产经营活动开始清算之日起，至主管税务机关办理注销税务登记止的期间。
此外，国税函[2009]684号还强调该企业未按照规定的期限办理纳税申报或者未按照规定期限缴纳税款的，应根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定加收滞纳金。进入清算期的企业应对清算事项，报主管税务机关备案。
财税[2009]60号规定企业清算的所得税处理，是指企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，对清算所得、清算所得税、股息分配等事项的处理。因此，对上述事项都应报主管税务机关备案。
国家税务总局关于企业清算所得税有关问题的通知
国税函[2009]684号
2009-12-04
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的有关规定，现就企业清算所得税有关问题通知如下：
一、企业清算时，应当以整个清算期间作为一个纳税年度，依法计算清算所得及其应纳所得税。企业应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送企业清算所得税纳税申报表，结清税款。
企业未按照规定的期限办理纳税申报或者未按照规定期限缴纳税款的，应根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定加收滞纳金。
二、进入清算期的企业应对清算事项，报主管税务机关备案。
