根据史书的记载，光绪皇帝是在38岁时病逝的：
《清史稿 本纪 卷二十四》：壬申，上疾甚。懿旨，醇亲王载沣之子溥仪在宫中教养，复命载沣监国为摄政王。癸酉，上疾大渐，崩於瀛台涵元殿，年三十有八。
光绪4岁登基为帝，在位34年，他的亲生父亲是醇亲王爱新觉罗·奕譞，奕譞也是咸丰皇帝同父异母的弟弟，他的亲生母亲是叶赫那拉·婉贞，婉贞就是慈禧皇太后的亲妹妹，同治皇帝19岁去世后，没有儿子，于是慈禧皇太后立爱新觉罗·载湉为帝，也就是清德宗，年号光绪。
1908年十月，光绪开始生病，慈禧太后下旨，让醇亲王载沣的儿子溥仪领在皇宫中教养，同时任命载沣为摄政王，载沣就是光绪皇帝同父异母的弟弟，溥仪算起来是光绪的侄子，到十月二十一日，光绪帝就因病去世了，在瀛台宫涵元殿去世。
以史书的记载来看，光绪就是病死的。
但是历史并不是这么简单的，光绪皇帝的死一直有争议的，在2008年，清光绪帝死因专题研究课题组根据现代化的刑侦手段与科技设备，对光绪皇帝的死因进行了一系列的分析，并将研究报告编成一本书，名字叫《清光绪帝死因鉴证》，这是一本权威著作。
报告显示光绪皇帝是死于砒霜中毒，从光绪的头发中检测出砷含量严重超标，砷的化合物三氧化二砷就是砒霜，光绪皇帝当然不可能自己服毒自杀，那么是谁毒杀了光绪呢？
最大的嫌疑人当然就是慈禧太后了，光绪皇帝生病的时候，慈禧太后也生病了，而且在光绪去世后的20多个小时，差不多就是一天时间，慈禧也去世了，慈禧死的时候是74岁，正常死亡，慈禧这个死亡时间也巧合了，不得不让人怀疑。
怀疑慈禧是最大嫌疑人，主要有以下原因：
一、慈禧与光绪政见不知，有作案动机。
慈禧从26岁那年发动辛酉政变诛杀咸丰皇帝任命的顾命八大臣夺取清朝实际政权后，直到1908年去世，掌控清朝长达48年，慈禧一直就是清朝的幕后掌控人。
慈禧有着超乎寻常的权力欲望，咸丰皇帝一死，慈禧就要求垂帘听政，慈禧这种违背祖制的行为只是为了自己能够参政，慈禧不惜发动政变废除顾命八大臣，这一切就是为了掌控政权，即使是慈禧的亲生儿子同治皇帝在位时期，慈禧仍然是垂帘听政。
直到同治皇帝17岁时，慈禧才被迫让同治亲政，即使同治亲政，慈禧仍然时不时干涉朝政，比如慈禧授意同治皇帝要修缮圆明园，恭亲王奕訢等大臣反对，同治准备把这些反对的大臣全部革职，然后慈禧又出面当好人了，制止了同治的决定，这等于是把自己亲儿子给戏耍了，但仅仅2年之后，同治就因病去世了。
慈禧对待自己的亲儿子亲政尚且如此，权力欲望都如此强烈，更不要说光绪这个侄儿了，慈禧为了控制光绪，做了几个动作：
1、让亲信醇亲王奕譞上书，建议光绪亲政后，慈禧太后要进行“训政”，什么叫训政？就是国事、奏章先送到慈禧这里，请一个懿旨，然后再送给光绪皇帝批阅，这不就是赤裸裸地干政吗？只是把垂帘听政的名字改成了训政，慈禧想要控制朝政的心思一点也没变。
2、慈禧把自己亲弟弟的女儿叶赫那拉·静芬嫁给了光绪做皇后，静芬就是后来的隆裕太后，溥仪当皇帝后，就是隆裕太后垂帘听政，很讽刺的是，慈禧临死前说女人与太监不能干政，一面让自己的亲侄女垂帘听政。
慈禧做的这些事，都是为了更好地控制光绪皇帝，虽然光绪皇帝16岁开始亲政，实际上慈禧太后仍然在训政，你让光绪如何亲政？这就是慈禧太后的把戏，因为政见不和，慈禧干了一些事：
1、阻止戊戌变法。
由光绪皇帝及部分维新派人士发起的戊戌变法，是一项志在通过变法图强的政治改革，但是，仅仅持续了103天，就因为慈禧太后的强力阻止而失败，慈禧直接否定了戊戌变法，等于是否定了光绪皇帝的政见，两人政见严重不和。
2、囚禁光绪皇帝。
慈禧太后直接下令抓捕维新派人士，杀死了谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀戊戌六君子，还把变法的总领导光绪皇帝给囚禁了，慈禧囚禁光绪的行为，直接让两人的关系破裂，而且没有复原的可能。
3、准备替换光绪皇帝。
戊戌变法失败后，慈禧知道与光绪之间的关系无法修复，于是着手准备替换光绪，慈禧太后为首的清朝廷下了一份懿旨，然后立端郡王载漪的儿子溥儁为大阿哥，准备取代光绪，但由于内外的强烈反对，这件事没有成功。
慈禧都准备废除光绪皇帝了，两人的关系可以说起到了尽头，不可能再有修复，所以慈禧暗中派人毒杀光绪皇帝是有可能的，存在作案动机。
二、慈禧掌控后宫与朝政，有作案条件。
前面讲过了，从咸丰皇帝去世后，慈禧废除杀顾命八大臣开始，慈禧就是清朝实际上的最高统治者，她掌控了朝廷内外，慈禧控制欲望也非常强烈，但凡有不服从自己的人，无论是谁，都遭到了残酷对待。
比如珍妃，忤逆了慈禧，慈禧就把珍妃投入井中杀害，对待政治对手，慈禧更是心狠手辣，慈禧要求垂帘听政，顾命八大臣不同意，慈禧就发动政权，废除了八大臣，为首的三人都被慈禧杀害，还包括镇压戊戌变法，杀害戊戌六君子，慈禧的这种手段证明了她打击政敌是毫不手软的，无论是王公贵族，还是朝臣百姓都是如此。
慈禧又掌控了皇宫之中所有的权利，想要下毒害死光绪皇帝，那是有条件的，包括为皇帝提供饮食的御膳房，外人下毒也许很难，但慈禧要下毒那不是什么难事，谁都知道皇宫之中是慈禧说了算，而且慈禧还能控制太医。
以至于后来光绪都不相信中医及宫中太医，请了个西医屈桂庭来看病，屈桂庭在自己的书中曾说光绪临死前肚子疼，在床上乱滚，面黑，这些都是中毒的症状，与后来用现代利手段侦查的结果一致。
所以说光绪皇帝死于中毒，是可以确定的，而慈禧太后掌控后宫与朝政，有作案条件，但是仍然没有证据。
三、慈禧不希望自己死后，光绪还活着。
光绪生病期间，慈禧也病了，当时光绪38岁，慈禧74岁，以清朝的寿命来说，38岁还是壮年，如果慈禧去世，光绪还活着，那样光绪皇帝就没有任何肘制了，可以放手大胆地变法，并废除慈禧所有的政治制度。
这显然是慈禧不愿意看到的，不仅仅慈禧不愿意看到，还有很多慈禧的一大帮心腹大臣也不愿意看到，比如袁世凯，摄政王载沣等人，载沣还是光绪的弟弟呢，但是政见是完全不同的，载沣完全倒向慈禧，以及慈禧身边那一大帮守旧的清朝贵族们，他们联合打压了戊戌变法，都是不希望光绪还活着继续执政的。
所以慈禧有废除光绪的举动，废除不了后，慈禧在临死前就把溥仪接到皇宫中，又找了个二岁的小皇帝，然后让隆裕太后垂帘听政，重复自己的政治制度，包括慈禧接溥仪入宫的这个动作就有嫌疑，光绪一生病，慈禧就把溥仪接到宫中居住，这么巧合，慈禧这是在为光绪后事做准备，她怎么就知道光绪一病就会去世呢？有点不打自招的意思。
虽然慈禧有作案动机，有作案条件，有作案嫌疑，但是直到现在为止，并没有找到慈禧杀害光绪的作案证据，以现代法律来讲，没有证据最多就是个嫌疑人，光绪毕竟被毒死都已经过去100多年，谁也无法提供准确的证据，但这事怎么看都是八九不离十了。
也有人认为是袁世凯和李莲英毒杀了光绪，几乎没有这个可能，袁世凯是个外臣，皇宫都不能轻易进去，李莲英只是慈禧身边的总管太监，即使与他有关，那也是执行慈禧的命令，就算他们两人有参与，那是幕后的慈禧指挥的，当然这只是猜测。
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