一. 股权转让涉及的税收
法人股权转让，涉及到企业所得税和印花税；个人股权转让，涉及到个人所得税和印花税。
因为法人企业是季度预缴，年终汇算清缴，所以股权转让的时候不涉及代扣代缴税。个人股权转让，则支付价款的一方有代扣代缴的义务，也就是先向税务局进行纳税申报，然后再进行工商登记。
二. 企业转让股权的稽查案例
1. 案例一
经检查，发现你公司2016年12月与东莞市XX投资有限公司、东莞市XX物业投资有限公司签订《股权转让协议》，将持有的东莞市志XX投资发展有限公司20%的股份作价为115,000,000元进行转让。根据从东莞市市场监督管理局调取的相关资料，你公司以2,000,000元购买取得东莞市志XX投资发展有限公司20%的股份。
你公司转让东莞市志XX投资发展有限公司20%的股份的股权转让事项，未如实申报相应的企业所得税及印花税。
《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条第一款的规定，你公司转让股权少报收入、少缴应纳税款的行为是偷税，造成少缴企业所得税28,235,625元、印花税57,500元，其中印花税根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十六条的规定已超过5年追溯期不再处罚。
对少缴的企业所得税处少缴税款百分之五十的罚款，罚款14,117,812.50元。
在这个案例中因为印花税的按季度或按月缴纳的，到稽查的时点过了五年，也未被税务局认定为偷税，所以对印花税不再追溯处罚。
2. 案例二
经我局检查，你公司在2018年4月16日签订的《X州市XX气体有限公司股权转让合同》和《X州市XX气体有限公司〈股权转让合同〉之补充协议》，未按合同所载金额申报缴纳印花税。你公司上述行为违反了《中华人民共和国印花税暂行条例》（国务院令〔1998〕11号）第一条和第七条的规定，应补缴印花税572.50元（1,145,000×0.05%=572.50）。处以少缴税款百分之五十的罚款286.25元。
该案例在税务稽查的时候没有五年期，所以有对少缴纳的印花税有罚款。
3. 案例三
你公司于2014年8月与广XX医疗产业投资中心（有限合伙）书立产权转移书据一份，金额：133,185,853.81元；2016年1月与广XX医疗产业投资中心（有限合伙）书立产权转移书据一份，金额：8,755,000.00元；2017年9月与广XX医疗产业投资中心（有限合伙）书立产权转移书据一份，金额：28,800,000.00元；这三份产权转移书据未申报缴纳印花税。
你公司于2014年8月与广XX医疗产业投资中心（有限合伙）、X州XX医院三方签订了《投资协议》、2015年2月签订了《补充协议》，协议约定X州XX园建设开发有限公司向广XX医疗产业投资中心（有限合伙）转让持有X州XX医院34,079,900.00元的注册资金；转让价款总额133185853.81元，并于2014年11月13日在XX市民政局办理了股权变更。
对你公司在账薄上少列股权转让收入，少缴印花税、企业所得税的行为，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条第一款的规定，定性为偷税，处以少缴税款百分之五十的罚款，即罚款2,455,362.25元。
三. 个人转让股权的稽查案例
XX于2021年11月24日转让持有的深圳市XX有限公司100%股权，存在未缴纳税款情形。限你于2023年09月19日前，向国家税务总局深圳市福田区税务局缴纳相关股权转让所得个人所得税应补税额378,636,377.03元，并从税款滞纳之日起至缴纳或解缴之日止，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，与税款一并缴纳。
逾期未缴纳的，税务机关将依照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定进行处理。
查询工商信息，2021年11月26日，XX将其股权转让给，深圳市XX实业发展有限公司，XX将其持有的深圳市XX股有限公司100%股权悉数转让。
深圳福田税务局，下发了《税务事项通知书（责令限期缴纳通知书）》，其背后的原因为什么补税，不得而知。
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