庄子是一位诗性哲学家，他以浪漫诗人的情怀，十分明确地提出了探索世界存在的本原和本质的问题，他在中国人文文化史上第一次提出自然不可分割的整体思想。
在《应帝王》篇中，他讲了一个寓言故事：南海之帝名叫“儵”，北海之帝名叫“忽”，中央之帝名叫“浑沌”。儵与忽相遇于浑沌之地，浑沌对它们很友善，儵和忽想报答浑沌的恩德，说人都有七窍，用来视、听、饮食和呼吸，可是浑沌都没有，我们不妨给它凿开七窍。于是它们每天为浑沌凿开一窍，第七天七窍俱有，但浑沌却死掉了。
庄子用这个故事告诉人们，自然是一个整体，是不能加以分割和破坏的。人作为自然的一部分，应当维护自然的这种整体性。而“浑沌”作为自然的代号，人们对它的认识却是远远不够的。它是人们认识自然的源泉，但是人们不应按照自己的意志去肢解它，强加给它一些原本不属于它的东西（器官），而应该从整体上去研究它。
庄子由此提出了“齐一”的思想，主张从自然整体方面去思考问题。他在《齐物论》中讲了一个寓言故事，有位叫狙公的老者养了一群猴子，每天用芋头去喂养它们，原先早上发给它们三个芋头，晚上发给它们四个芋头，猴子们十分愤怒，于是老者改变方式，早上发四个，晚上发三个，猴子们非常高兴，这就是所谓“朝三暮四”的故事。庄子用这个寓言嘲讽世俗，世人大多囿于眼前的利益，而不从整体的自然角度去看问题，从而就产生了错觉和偏差。
如果仅仅发生错觉和偏差，还不算什么大问题，但是这种偏差却往往能酿造出人类本身的灾难。比如，我们为了自身的发展，掠夺性地向自然去索取，以至于环境恶化、灾难性气候给人类以惩戒式的示警。
如何去观察我们所处的宇宙与自然，庄子提出“以道观之”的命题，主张从大道的高度去观察自然和人自身。他在《达生》篇中讲了这样一个故事：有一位善于驾车的人，名叫东野稷，在鲁庄公面前表演驾车技巧。只见他驾技娴熟，出神入化。鲁庄公认为巧手刺绣也不过如此，于是要求东野稷连续转了100圈。这时候恰好遇到一位叫颜阖的经过这里，他就向鲁庄公说，车野稷的马快不行了。过了没大一会，东野稷的马跌倒了，鲁庄公觉得很奇怪，问颜阖原因，颜阖回答说马力已经用尽了，东野稷还在那里让它快跑，自然会将它累死。
这个故事正是从事物的限度说明事物反向转化的道理。东野稷的马训练有素，然而最后却跌倒了，为什么，就是因为驭马的人不懂得“物极必反”的道理，超限度地使用它。这种“反向转化”的思想对人类生存有着重要的指导意义，它告诉人们事物不但发展着、变化着，而且是向一定的方向发展变化着，从宏观趋势上看，当它向着一定的方向发展变化达到一定限度时，就会反转过来，朝着相反的方向发展变化。
我们对自然环境的治理，对一种事的限制，或是对一种事物的提倡，都要讲究限度，既不能无限度地限制，也不能无限度地提倡。
庄子的宇宙观，更体现在他对“泰初”理论的发明上。《天地》篇中说：“泰初有无，无有无名。一之所起，有一而未形，物得以生，谓之德。未形者有分，且然无间，谓之命；留动而生物，物成生理，谓之形；形体保神，各有仪则，谓之性。性修反德，德至同于初。同乃虚，虚乃大。”
什么是“泰初”？“泰初”就是宇宙最初的时候。大意是说，宇宙原初什么也没有，没有有形的事物，也没有有形事物的名称，但它确实是一种存在，是浑然为一的存在，所以说它是一；说它是一，也就是说它没有形象，因为有了形象就有了分界和边境，而有了分界和边境也就不可能再是一了。
“一”在不停地流动，流动之中产生了物，物产生出来便有纹理，物的纹理就称为“形”。有生之物的形体之中都有精神，不同的生物中不同个体，其精神的档次是不同的，有智有愚有灵有钝，因为它们常有各自档次的色彩，所以称为“性”。性有不同，所以作为人就必须进行精神修养，让自己的精神到较高档次，即“德”的档次，也就与宇宙原物状态融为一体了，所以说“德至同于初”。与宇宙原物状态融为一体，也就进入了一切虚空的境界，这一切虚空的境界就是“大”。
“宇宙之初”，也就是庄子一再提出的“大道”理论，所谓“反德”，也就是回归大道。《庄子》中，“反”字有88次出现，其中用于归返之义的占了半数以上，可视为老子《道德经》中“反者道之动”一说的发扬光大。《大宗师》中讲“反复终始，不知端”“反其真”，《在宥》中讲“今夫百昌，皆生于土，而反于土”，《秋水》中“谨采而勿失，是谓反其真”等等。
与“反”的概念相呼应的是“归”，《老子》五千言中，“归”字出现了11次，典型的措辞有“归根”“复归”两种，《庄子》中则出现了33次，如《山木》中“复归于朴”，《知北游》中“欲复归根”等等，都是讲人与自然的和谐与自然的复归。
庄子主张人与自然的和谐，这不仅表现为爱护自然、保护自然，而且含有向自然学习的内容，这比“天人合一”更富有哲学的理论思维。
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