元世祖以后诸帝享国皆不长久，更替之际又多争斗，元廷政治遂愈演愈坏。元顺帝继位时，社会已有鼎沸之势，小规模的民变遍及全国。顺帝继位时年幼，朝政由宰相伯颜执掌。对于汉人的反抗，伯颜全用暴力弹压，结果使局势更难收拾。1340年，顺帝联合大臣脱脱将伯颜废黜，自己亲政，以脱脱为宰相。顺帝与脱脱皆有图治之心，其先即是安抚汉人之反侧。在脱脱的主持下，元廷恢复了伯颜废除的科举取士，同时大力打击贪腐，整饬地方吏治，又鼓励农业生产，以改善民生。可惜此时元朝政治已入膏肓，新政难有作为，而天下已乱。1344年，黄河大溃，漫灌数千里，造成饥民无数。因黄河水灾，山东、河北盐场皆没，漕运断绝，大都有饥馑之虞，元廷财政遭到沉重打击。1348年，黄河又溃。脱脱发河南民夫十五万治河，民生扰乱，终激起韩山童、刘福通之起义。
韩山童家世信白莲教，他传教数年，徒众遍及两淮。起事之前韩山童使人埋石人于黄河河道中，并做民谣曰：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”待到河工掘出石人，遂至民心涌动，韩山童乃以白莲教为号召起兵于颍州。韩山童举兵，机事不密。颍州地方官有备，出兵弹压，韩山童遂战死。韩山童的部将刘福通奉其子韩林儿再起，民变之势遂成燎原。当时势力较大的有浙江的方国珍、湖北的徐寿辉、安徽的郭子兴、江苏的张士诚。脱脱亲自率兵征讨，久战无功，乃被政敌排去。元廷又用察罕帖木儿对抗义兵。察罕帖木儿在河北、山东多有胜绩，但元廷已不能控制淮河以南。1355年，刘福通到亳州，拥立韩林儿称帝，号“小明王”，天下义兵多奉其为主。刘福通分兵三路北伐，一支进山东，一支进陕西，他自将兵入洛阳。察罕帖木儿进兵将陕西、山东的两支义兵击溃。刘福通不能自守，只得放弃洛阳退到安丰。1363年，已经降元的张士诚进攻安丰，刘福通遂败死。
韩、刘义兵虽然最终失败，但其十余年间纵横两淮、黄河流域，予元廷统治以沉重打击，尤其是将元廷兵力牵制在北方，使南方的群雄得以壮大。1356年，郭子兴的部将朱元璋攻占南京，自立一军，以南京为根据地向东南发展。南方义军初以徐寿辉最强，其地跨江西、湖北达于四川。1360年，徐寿辉为其部将陈友谅所杀。陈友谅据有湖北、江西，势力甚盛，与下游的朱元璋对抗。1363年，朱元璋与陈友谅大战于鄱阳湖。陈友谅败死，朱元璋遂兼并其地。先时张士诚攻安丰，朱元璋派兵救出韩林儿，仍奉其为主，而自为吴王。1366年，朱元璋使人杀死韩林儿，撇清自己与白莲教的关系，以笼络汉族地主阶级。1367年，朱元璋克苏州，攻灭张士诚。同年又使汤和入浙江，压迫方国珍投降。
朱元璋平定了南方，遂使徐达率兵北伐。徐达先定山东，又平河南，然后北上于1368年攻克大都。元顺帝北走上都。徐达又引兵而西，将据守晋、陕的库库帖木儿击败。同年朱元璋于南京称帝，建国号明，是为明太祖。朱元璋建国之后，屡次举兵征伐北元，又用兵于西南。1371年，朱元璋压服割据四川的明升。1381年，明军入云南，攻灭旧元梁王把匝剌瓦尔密。至此明朝重新统一中国。1388年，明将蓝玉率军北伐，于捕鱼儿海击毁北元主力。北元天元帝脱古思帖木儿于逃亡中被杀，忽必烈传下的蒙元帝系遂绝。
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