六部在形成定制以前，有一个漫长发展的过程。其尚书省在汉朝的时候叫尚书台。而中书省和门下省确实在三国时候形成的，三者 的目的在与分割相权。在发展的过程中，权力和组织形式是各有变化的，隋唐以后差不多形成定制。
在汉光武帝刘秀统治之下，有尚书台，其下设置三公、吏部曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，差不多就是六部的前身。而在西晋以后出现了吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，这六曹属于尚书省。南北朝时期也有六部，相对完善。
到了隋朝初年的时候，六部分为吏部、礼部、兵部、度支、都官及工部。可见当时的户部叫度支；而都官被叫做刑部。此后，六部名称确立。
明朝时期，废中书省，权分六部，六部直接对皇帝负责。六部各置一名尚书，每位尚书下有左右侍郎各一名，为尚书的副职。
洪武过后，开始定六部具体职掌，并於岁终进行考绩，分其优劣，以行黜陟。洪武十三年后（公元1380年）罢中书省后，即升六部的品秩：尚书则为正二品（建文中曾一度提为正一品，永乐时复旧），侍郎正三品，郎中正五品，员外郎从五品，主事正六品。
明朝时期，六部尚书和侍郎都是主官，由皇帝直接领导。当然最重要的还是吏部，因为各个官员的补授都由他们执行。
清朝天聪年间，仿照明朝设置六部。设置之初基本上都是亲王和贝勒担任要职分管各部的事务。各部各设满洲、蒙古及汉承政、参政、启心郎、额哲库等官员。但在顺治初年，废除了贝勒管理部务，改由并改承政作为尚书，参政为侍郎，理事官为郎中，副理事官为员外郎，额哲库为主事；启心郎未改，直到顺治十五年载。
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