在整个17世纪，荷兰东印度公司与英国东印度公司一直在与中国澳门地区的葡萄牙人以及马尼拉的西班牙人争夺与中国人贸易的商机。1644年清兵入关以及先前的大规模的农民起义，都使得中国的内陆特别是东南沿海地区的经济与对外贸易遭到严重破坏。在清朝建立以后不久，又在1678年至1682年爆发了“三藩之乱”。
直到1683年，康熙皇帝才最后平定了叛乱。从那时起，清帝国进入了一个全面繁荣和平的时代。此时，清朝加开广州以北 的福州、厦门、宁波为通商口岸，于是荷兰人与英国人都从中得益。荷兰东印度公司并没 有像英国东印度公司那样与中国人建立常规的贸易联系。英国人经过多年的尝试，终于在 1701年在广州初步建立了与中国人的贸易联系。荷兰东印度公司在1662年至1690年一直努 力地想在中国大陆建立多个有利可图的商站，但是这种努力失败了。于是，荷兰人只能每 年从浙江、福建和广东各省驶往巴达维亚的中国人的平底船上获得中国的商品，或与中国澳门地区的葡萄牙人交易。
在科恩指挥荷兰舰队纵横南中国海域的17世纪20年代，他鼓励中国的商人、手工业者以及移民到巴达维亚垦殖。他的后继的历任总督也能够比较宽容地 对待中国人。但是到了1690年，中国人在当地的数量已经大大增加，于是引起了巴达维亚 殖民地当局的警觉，他们开始严厉地对待中国人并且限制来自中国的移民。 由于巴达维亚当局与“17绅士”的看法不同，直到1728年至1734年，荷兰人才通过广州 与中国人建立了直接的和固定的贸易联系。荷兰人从中国进口的货物主要有茶叶、丝绸和 瓷器。荷兰的船只有时被称为“茶船”，荷兰人则用刻有东印度公司“VOA”印章的银币购买 中国的货物。
还有一些人想在中国设立荷兰东印度公司中国分公司，订购茶叶以及外销瓷器。最普通的中国出口瓷器就是被称为“粉彩”的食用瓷器皿。出口到欧洲 市场的外销瓷器还要根据欧洲的王室、贵族家族甚至一般平民的要求的图案制作生产。在 博克塞的《荷兰东印度公司的战争与和平》一书中有一幅配图，是一件当 时中国的外销瓷，上面描绘了一名天主教方济各会士的不雅场景，很可能这件瓷器是根据 一名热忱的加尔文派教士的要求定制的。 无论是荷兰人、英国人、法国人、奥斯坦德人、斯堪的纳维亚人或者是西班牙人，在 广州与中国人进行直接交易的时候都使用白银。另一方面，荷兰人在巴达维亚采购中国平 底船上的货物的时候，可以用胡椒以物易物。
1734年，荷兰人正式开始在巴达维亚与广州之间进行直接的贸易。尽管荷兰人与中国人建立贸易联系的时间处在荷兰东印度公司的黄金时代，但是这一时期英国人主宰了广州的对外贸易，并且在以后很长一段时间里一直处 于主导地位。值得注意的是，在英国于1784年公布“折抵法案”以前，泽兰省一直在从当地将中国的茶叶走私进入英国，这是荷兰的投资者从事的一种与中国贸易有关的副业。 占领马六甲以及封锁海峡 1633年以后，荷兰人加紧了对于马六甲的封锁与围困， 使得葡萄牙人在马六甲的处境变得越来越困难，因为荷兰人对这个港口的封锁越来越紧， 葡萄牙的船必须克服重重困难才能进出港口，马六甲的贸易更是陷于瘫痪状态。
果阿的葡属印度政府虽然了解马六甲在战略地位上的重要性，可是无力援助。当时马六甲食品匮乏，给养不济。荷兰驻巴达维亚总督迪曼断定出击的时机已到。1640年6月，一支由1400 人组成的远征军开抵马六甲，与一支规模相当的由柔佛王国派来的同盟军会合，他们严密地包围了马六甲，经过6个月的战斗，葡萄牙人虽英勇抵抗，但一年后即1641年1月14日马 六甲城及要塞终于被荷兰军队攻克。荷兰军队也付出了上千人阵亡的代价。当时，亚洲各 地的葡萄牙人不相信马六甲坚固的要塞真的会被攻陷，有谣言说该船的陷落是因为葡萄牙 总督科蒂尼奥接受了敌人的贿赂。
他本人在要塞陷落后不久去世。荷兰人在占领了马六甲以后，致力于与当地人修复关系并恢复与邻近地区的贸易， 因此他们要求当地的葡萄牙人居民留下，参加城市的管理，只要他们宣誓效忠荷兰人即可。但是，一部分富有的葡萄牙人，特别是葡萄牙的神职人员还是选择离开，他们最后大部分都去了印度果阿和南方的科罗曼德尔海岸。只有一些葡萄牙人与马来人结婚所生的混血儿后裔选择留下。 从那时起，荷兰人就以马六甲为中心，伏击和拦截往返于果阿和中国澳门地区之间的穿越海峡的葡萄牙船只，使得果阿与中国澳门地区之间的贸易和军事联系变得困难重重。 如1642年6月20日，一艘从果阿驶往澳门的船只在马六甲以北的海域被荷兰人截获，有价值6732荷兰盾的货物落入荷兰人手中。
1643年6月，一艘由科钦驶往中国澳门地区的葡萄牙船只又在马六甲附近被荷兰人截获。随着马六甲的沦陷，东亚的要冲落入荷兰人手中， 葡萄牙人在澳门这个孤零零的殖民地变得比以往任何时候都更加孤立无援。葡萄牙人则拼 命反抗，1643年5月，他们也扣押了一艘驶往印度西海岸的荷兰船只，没收了价值435439 余荷兰盾的波斯丝绸，由此迫使荷兰人改变了其对葡萄牙船只的处理办法。葡萄牙人还利 用英国人的船只运载货物。1644年，至少有3艘英国船只从苏拉特和果阿经马六甲驶往澳 门和马尼拉，并从马尼拉折回。
以至马六甲的荷兰总督抱怨说：“利用这种走私，果阿和澳门的葡萄牙人想要什么都能够得到。”1644年11月10日，荷属印度的 正选议员梅祖依以及葡萄牙的果阿总督梅内塞斯在果阿签订条约，葡萄牙人释放扣押的荷 兰的船只和船员，荷兰人则释放1643年2月22日以后所有的葡萄牙人俘虏并归还货物。条 约于1645年1月25日在果阿公布，双方正式休战。在此期间，中国澳门地 区与果阿之间的航运有所恢复。不过，荷兰人对于过往的船只仍然做出了限制，如第六款 规定葡萄牙人不得染指荷兰人与原住统治者订立的有垄断条约的地区，第七款规定葡萄牙船只须在荷兰人事先知道的情况下才可以去马六甲等港口。葡萄牙船只经过马六甲海峡必须付通行费，如1646年1月，有8艘碇泊在马六甲的船只每船交中国黄金4条，王家船只免交。
由此，从中国澳门地区到马六甲再到果阿的船只有所增加，根据张廷茂教授对于1645 —1651年往返于中国澳门地区与马六甲之间的葡萄牙船只数量的统计，从中国澳门地区至马六甲共有18艘，从马六甲至澳门共有17艘。不过这些船只载货严重不足，无法恢复到以前的水平。由于荷兰人的封锁和拦截，自17世纪20年代后期，葡萄牙人统治下的中国澳门地区与 日本长崎的贸易一直在下降，在过去的大半个世纪里，澳门一直依赖于与长崎的贸易维持 其繁荣地位，现在这种贸易越来越岌岌可危。其固然是因为日本幕府以怀疑的态度看待在葡萄牙势力扶植下的天主教会势力的壮大，另一方面也是因为在日本的荷兰人利用这一形势来削弱和破坏葡萄牙人在日本残存的利益。
早在17世纪初年荷兰人已经致力于与日本人建立贸易关系。1598年，有22艘荷兰船只驶往远东，1600年4月19日，其中有一艘由雅各布·奎克内克舰长率领的“仁慈号”，由英国人威廉·亚当斯引航，该船因为被风暴吹离航线，驶抵日本九州的丰后国，虽然当地的葡萄牙人和耶稣会士 极不情愿荷兰人的到来，但是荷兰人还是成功地在当地逗留了一段时间。由于船长病重， 所以由亚当斯作为代表去大阪觐见了德川家康，这次觐见对于荷兰人以后在日本的立足有 重要的影响。德川家康第一次知道欧洲除了“南蛮”以外还有荷兰人与英国人，而且后者信奉不同于天主教的新教。
日本人允许荷兰人在当地定居下来，亚当斯也被 授予大名的头衔，并且在靠近横须贺的一个地方被赐予一块小小的封地。1601年，当另一 支荷兰舰队回到自己祖国的时候，他们把听到的关于荷兰人在日本的消息向鹿特丹当局做了报告。另外，有一艘荷兰的舰船在加里曼丹岛遇到了一艘日本的“朱印船”，后者的葡萄牙领航员也告诉他们在日本已经有荷兰人居住下来的消息。在日本的亚当斯一直希望德川家康让他离开日本回到欧洲，但是一直没有获得准许。
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