各省都司之外，在边防要地则单设都司，实行军民合一的统治，如辽东都司，治定辽中卫(今辽宁辽阳);大宁都司，治大宁卫 (今内蒙古宁城);万全都司，治宜府卫(今河北宣化)。在边境海疆的陕西、山西、湖广、福建、四川五省的省城之外，增设行都指挥使司，以辅都司之不及。明朝共置有21个都司、行都司，它们是:浙江都司、辽东都司、山东都司(隶左军都督府)、陕西都司，陕西行都司、四川都司、四川行都司、广西都司、云南都司、贵州都司(隶右军都督府)、河南都司(隶中军都督府)、湖广都司、湖广行都司、福建都司、福建行都司、江西都司、广东都司(隶前军都督府)、大宁都司、万全都司、山西都司、山西行都司(隶后军都督府)。
都指挥使司设都指挥使1人，正二品。都指挥同知2人，从二品。都指挥佥事4人，正三品。经历司经历，正六品。都事，正七品。断事司断事，正六品;副断事，正七品。司狱司司狱，从九品。经历司、断事司、司狱司三个职能机构，分别负责处理来往公文及刑狱之事。地方若有重大军务，须三司合议，并列署名向朝廷汇报。每年由朝廷命官巡抚、巡按对其进行监察，每五年汇总考选。此外还有仓库、草场大使、副使等掾属。都司内部的分工大体是，都指挥使及同知、佥事，以其中一人统领司事，称为掌印;一人负责练兵，一人负责屯田，称为佥书，有的则分管巡捕、军器、漕运、京操、备御等事务。不担负具体职务的则称为带俸。经历、都事则典掌文书，断事处理军队的刑狱。
都司下设卫指挥使司、千户所、百户所。每卫5 600人，分前、后、左、右、中5个千户所。千户所又分为l0个百户所，每百户所 112人。各卫所平时屯守，战时奉命攻守。每逢战时，朝廷临时命将，并非都司指挥作战。
都司卫所本是军事建置，与行政区划无关。但是边境卫所也兼理民事，实际变成地方行政区划。因此，都司卫所有实土、非实土之分。不设府、州、县的地区，卫所兼理民政，为实土卫所，辽东都司全系实土，万全都司大半是实土。
在东北、西北、西南少数民族地区明朝建立了羁廉性都司卫所，如奴儿干都司、乌斯藏都司、朵甘都司。设都指挥、指挥、千户、百户等官，由当地部落首领担任，可以世袭，但须接受朝廷的统一节制。这种因俗为治的政策，有利于当地的发展。
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