明代李梴所著的《医学入门》中曰：“五脏穿凿论曰：心与胆相通，肝与大肠相通，脾与小肠相通，肺与膀胱相通，肾与三焦相通，肾与命门相通，此合一之妙也”。 这与我们一般常用的脏腑表里相合（心与小肠、肝与胆、脾与胃、肺与大肠、肾与膀胱、心包与三焦）有所不同。所谓“穿”者，在《辞海》中释为“刺孔、凿通”之义，而“凿”在《辞海》中释为“隧道”之义，可见“穿”和“凿”可以理解为“相通”的意思。而五脏穿凿即是指五脏别有相通之处，但非简单的诸如肝胆之类的脏腑相表里，而是对脏与腑关系更深层次的总结，这就须多方求索才能得其要领。下文将其内容进一步阐释。
1.心与胆
经脉相连：如《灵枢·经别》中曰：“足少阳之正…上贯心”，且内景相贯通，如《唐容川医学全书·中西汇通医经精义》中曰：“盖胆附于肝，肝系着脊，上循肺系，连及于心”。又，心与胆同司耳窍，心寄窍于耳、胆之经脉络于耳。
五行相生：胆为甲木，心为丁火，木火相生。
时序相接：《脾胃论》中曰：“胆者，少阳春生之气”。厥阴尽而生一阳，即少阳也。肝主春，实胆气之升也；心主夏，阳盛之极。倘无春之始则无夏之盛，无胆之温则无心之热，前后相承，不可分割。
君相火续：君相一气，心为君火，胆藏相火，虽为二火实则一气，皆为人之元气所生，只是功用不同而已。心火温煦推动，如离照当空；胆火潜伏蛰藏，象震卦之阳爻在下，待时而发，以接君火之不续。
共主神志：心主神明，《素问· 灵兰秘典论》曰：“心者，君主之官，神明出焉”。人的精神意识及思维活动皆由心所主宰，而胆主决断，如《素问· 灵兰秘典论》中曰：“胆者，中正之官，决断出焉”。病理上，心气虚弱，可累及于胆；胆气虚弱，亦可波及于心，可见心悸恍惚、夜不成寐、闻声则惊、独处则怕、神倦少气、忧恐不安等失神症状，可以用安神定志丸、酸枣仁汤治疗。心火郁热，可引起木火同燃，胆火亦旺；胆郁化火，灼津成痰，亦可上扰心神，可见心烦口渴、彻夜不寐而无倦意、时易躁急、舌红面赤等精神亢奋症，可以选用朱砂安神丸、温胆汤等方纠正（肝）胆和心火过旺而达到治疗目的。
助土运化 ：心属火、脾属土，两者为火土相生之脏，清代何梦瑶在《医碥》中曰：“脾之所以能运化水谷者…得心火以温之”。胆内藏精汁，借肝之疏泄，下输于肠，以协助消化。当心阳虚衰，火不暖土，则中焦寒积，脾气不升则肝胆气不升，胃气不降则胆汁不降，症见痞满纳差、便溏、口淡，治以吴茱萸汤；胆气郁结，横逆犯土，则症见喜呕、默默不欲饮食，上焦不通，胃气不降，则心火不降，则症见心烦、胸胁苦满，治以和解剂代表方小柴胡汤。
2.肝与大肠
功能相关：肝与大肠虽无经脉相连络，但肝内膈膜下走血室、前连膀胱、后连大肠，内景相通。肝为乙木，大肠为庚金，金能制木，乙庚合化，相制而相合也。厥阴为阖，阳明亦为阖，厥阴肝阖气血，使气血入于五脏而储藏；阳明大肠阖糟粕，使糟粕下行而排出。
病变相及 ：肝主疏泄，大肠又为传导之官。肝病可及于大肠，如《素问·至真要大论》曰：“厥阴司天，风淫所胜则…冷泄腹胀，溏泄瘕”。《血证论》中曰：“设肝之清阳不升，则不能疏泄水谷，渗泻中满之证在所不免”。张仲景在《伤寒论》中将“下利”附于厥阴篇亦是此义。如第371条：“热利下重者，白头翁汤主之”。第374条：“下利，谵语者，有燥矢也，宜小承气汤”。这些条文言及的症状皆为肝失疏泄导致大肠传导失职。而阳明病篇第252条“伤寒六七日，目中不了了，睛不和…宜大承气汤”。即是燥热太过，伤津耗血导致气血不能濡养眼睛的表现，而肝又开窍于目。可见大肠病亦可及于肝。
3.脾与小肠
脏腑相连： 脾与小肠在经脉虽无直接连接，但手太阳小肠经，沿食管，通过膈肌到胃，小肠经又与足阳明胃经的下巨虚脉气相通，所谓大肠小肠皆属于胃。脾与胃又为表里，可算是间接相连。而《唐容川医学全书·中西汇通医经精义》中曰：“脾居连网之上，小肠通体皆与连网相附，连网中有微丝管相通”。这可算内景隧道直接相通了。
共主运化：《素问·灵兰秘典论》曰：“小肠者，受盛之官，化物出焉”。小肠接受胃所传递的经胃初步消化的食物，须在小肠内停留比较长的时间，以利于消化。脾主运化是指食入胃后，经过胃的初步腐熟，下送小肠，泌别清浊，其中精微部分，通过脾气散精以布于全身，可见脾与小肠对食物消化是功用互助的，即小肠重点在化，脾重点在运。小肠又主液，可将代谢后的水液渗入膀胱为尿，若小肠失职，则影响脾的运化，导致小便不利。
4.肺与膀胱
共建藩篱 ：《素问·痿论》曰：“肺主身之皮毛”。《素问·咳论》亦曰：“皮毛者，肺之合也”。肺通过宣发作用，将卫气和气血津液输布全身，温养肌腠皮毛，以维持皮毛分泌汗液，润泽皮肤，调节呼吸和抵御外邪的功能。当肺气虚弱，不能输精于皮毛，则皮毛因水谷精微提供不足而憔悴枯槁，因卫外之气不足，肌表不固，则易受外邪侵袭而常患感冒等症。足太阳为巨阳，足太阳膀胱经亦主人身之表，为一身之藩篱。故肺与膀胱经往往同时受邪，如太阳麻黄汤证无汗而喘、小青龙汤证咳而微喘、桂枝加厚朴杏子汤证微喘，都是二者皆病。
共主水液：《素问·经脉别论》中曰：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱”。明言肺气肃降可通调水道，使水液经三焦敷布，下输膀胱，再经膀胱排除体外。古人有提壶揭盖法，如《侣山堂类辩》中曰：“盖外窍通而内窍通，上窍通而下窍即利矣”。即肺之宣肃失常，不能通调水道，则膀胱气化不利，体内的水液就会因之而停留，生痰成饮，或泛溢肌肤而为水肿，应用宣肺肃肺法。若肺中之阳气虚，不能宣布水液精微于皮毛，水液直驱膀胱，则膀胱不约为尿多，或尿崩，如《素问·咳论》中曰：“膀胱咳状，咳而遗溺”。《金匮要略》曰：“肺痿…必遗尿，小便数，所以然者，以上虚不能制下故也”。此为肺中虚冷，应用温肺摄纳，不可单言补肾。
5.肾与三焦
形质相合：《灵枢·本脏》中曰：“肾合三焦膀胱”。《本草问答》中亦曰：“然三焦之根在肾”。以有形来论肾位于下焦，三焦即人身上下内外相连之油膜，发源于肾。如《血证论》中曰：“肾系下生连网油膜，是为下焦，中生板油是为中焦，上生膈膜是为上焦，其根源出于肾”。
通行元气：《难经·六十六难》中曰：“三焦者，元气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑”。《难经·三十一难》曰：“三焦…气之所始终也”。《血证论》曰：“肾者水脏，水中含阳，化生元气”。可见，元气根于肾，由先天之精所化，但元气必须经三焦而分布于全身，由脏腑外达腠理肌肤，人体的各脏腑组织器官因得到元气的激发，才能发挥其各自不同的功能。
主持气化：《素问·灵兰秘典论》中曰：“三焦者，决渎之官，水道出焉”。在水液的代谢过程中，三焦是始终的通路，能使气化为津液，从腠理皮毛排出为汗，从膀胱排出为尿，但三焦的气化作用必须依赖肾阳的气化作用才能实现，若肾阳不足，气化无力，三焦水道为之闭塞，则为小便不利，水液储溜为水肿，常用补肾阳的方法获愈。
6.肾与命门
部位相关： 历代医家对命门的部位说法不一。大概可归为四种，左肾右命门说，如《难经·三十六难》曰：“肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门”。两肾总号命门说，如明代虞抟的《医学正传》曰：“愚意当以两肾总号为命门”。两肾之间为命门说，如明代赵献可的《医贯》曰：“左边一肾，属阴水。右边一肾，属阳水。各开一寸五分，中间是命门所居之宫”。肾间动气说，如明代孙一奎的《医旨绪余》曰：“命门乃两肾中间之动气”。可见命门的部位皆离不开肾。
息息相通：《难经·三十六难》曰：“命门者…男子以藏精，女子以系胞”。《难经·八难》指出命门为“五脏六腑之本，十二经脉之根”。而《中藏经》曰：“肾者，精神之舍，性命之根”。《理虚元鉴》曰：“盖肾之为脏，合水火二气，以为五脏六腑之根”。可见命门的功能与肾息息相通。古代医家之所以提出命门是强调先天之本肾（元阴元阳）的重要性。若肾气充足，真阳旺盛，命门火壮，则身体健壮，邪不易侵；若肾阳不足，命火衰减，温煦失职，百病由生；若肾阴不足，命火过旺，阴不制阳，阳灼津液则阴虚内热。论治命门之法，不论阳衰或火旺，皆从肾脏着手，或补肾阴或温肾阳，如左归丸、右归丸、大补阴煎、还少丹等方剂皆可选用。
综上所述，脏腑之间纵横交织，五脏穿凿论再次体现了这种关联，它是古人通过临床观察的经验总结，而其基础源于五脏六腑各自的生理功能和病理改变，不是空穴来风的牵强配合，在临床中运用往往能取得意想不到的效果。所以我们应加以理解和运用，发挥其更大的价值。
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