1960年9月，刚果独立三个月之后，蒙博托组织第一次政变的时候，还不到30岁。当时，这个年轻的刚果参谋长显然缺乏经验，把大量的时间花在美国中央情报局的总部里面酗酒，害怕这个美国人张罗出来的政变，会给自己带来不良后果。不过等到1965年蒙博托第二次发动政变的时候，就已经相当成熟了。蒙博托宣布自己的政变是要把刚果从混乱和腐败中解救出来，政客们已经彻底毁掉了这个国家，不能再这么继续下去了。
政变后，蒙博托逮捕了四位前部长，在5万名观众面前绞死了他们，表明蒙博托与旧政权分裂，建立新刚果的决心，震慑了不满蒙博托的反对者。蒙博托对刚果的控制的确非常牢固。1964年起兵反叛的穆雷雷流亡在刚果（布），蒙博托把穆雷雷骗了回来，当众处决。整编进入政府军的原反叛者在刚果东部再次起兵，遭到蒙博托的残酷镇压。即使是白人雇佣兵参与的叛乱，也同样动摇不了蒙博托的统治。经过5年努力，蒙博托基本上完全控制了刚果全国的绝大多数地区。蒙博托一开始的经济政策也有效果。在蒙博托的控制下，刚果的通货膨胀被控制，货币稳定，经济产出增长，政府负债也很低。蒙博托成功地把铜矿业国有化，为政府带来了巨大收入。到1970年，蒙博托控制下的刚果重新恢复了活力，资源富饶的刚果，似乎又有了高速发展的机会。
蒙博托在最初几年的成功，与美国人的帮忙是分不开的。美国人与蒙博托的关系，那是相当不错的。在1960年刚果独立之初的混乱时期，美国人因为担心苏联的介入，就密切介入刚果的局势，为了确保刚果不投入苏联的怀抱，力挺刚果的亲美势力。1963年5月，作为刚果军队总司令的蒙博托访美，美国当时的总统肯尼迪对蒙博托称赞不已，把阻止共产主义在非洲渗透的功劳加到了蒙博托的头上。蒙博托在美国接受了为期六周的军事训练，还得到了美国人赠送的专机，全部机组人员都来自美国空军。即使在1965年的政变之后，蒙博托仍然定期从美国中央情报局拿到补贴，并定期会见中央情报局在刚果的负责人。蒙博托访美也非常频繁。1970年蒙博托访美期间，尼克松总统甚至表示要向蒙博托学习处理经济问题的经验，要学习学习如何平衡政府预算。蒙博托和多个美国总统都有很好的私交。
政治稳定的刚果立刻成了外国投资者眼中的热地。刚果拥有丰富的铜矿、钴矿、工业钻石以及其他矿产，矿业成了刚果经济发展的基础。蒙博托也制定了非常有吸引力的投资政策。美国人也非常帮忙，1970年蒙博托两次访美，尼克松都表示要鼓励美国人到刚果投资。与此同时，矿产的价格也非常好，给刚果带来了巨额收入。以此为基础，蒙博托推动了很多大项目的建设，利奥波德维尔的钢铁厂、刚果河下游印加（Inga）地区的大型水库、从印加到矿业中心加丹加的远距离输电项目，以及众多新的矿产项目和冶炼项目。到1974年，欧美投资人在刚果的投资总额已经达到了20亿美元。刚果的国际地位也有明显提升，以至于穆罕默德?阿里与乔治?摩尔曼的最重量级拳王争霸战都跑到刚果来举办，命名为“丛林伦巴”。
蒙博托也开始创建自己的政党，这个名为人民革命运动（MPR）的政党是刚果境内唯一的合法政党，蒙博托自然是最高领袖，实际上也掌握着这个政党的所有权力。蒙博托也开始有自己的思想体系，最终被人称为蒙博托主义。虽然一直没有明确的定义，但是刚果却通过立法，把蒙博托主义定位为治国思想。蒙博托自己的说法很简单，按照非洲传统，从来不会出现两个酋长，这就是刚果人的统治方式。要按照我们的传统来进行统治，把所有不同的人的能量激情调动起来，就必须使用一党制。
蒙博托对刚果的控制遍及各个方面，控制了政府、政党、经济之后，蒙博托把手伸向意识形态。首先是大规模的更改旧名字。刚果被改成扎伊尔，扎伊尔这个名字来自葡萄牙语，意为浩大的水面。城市的名字也改了很多，首都利奥波德维尔改成金沙萨，矿业城市伊丽莎白维尔改成卢本巴希，斯坦利维尔改成基桑贾尼，加丹加省也改成了示巴省。蒙博托还要求使用基督教名字的扎伊尔人停止使用这些西化的名字，一律使用非洲名字，还特意警告神职人员，为婴儿施洗的时候，如果给孩子起基督教的名字，神父会面临5年监禁。蒙博托为自己选定的名字是Mobutu Sese Seko Kuku Ngbendu Wa Za Banga，按照Ngbendu语的翻译，意思是不知道失败的勇士，拥有忍耐力和不屈不挠的能力，呼唤着火焰，从一个胜利走向另一个胜利。按照Tshiluba语的简单翻译，就是战无不胜的勇士，从未输过的公鸡。蒙博托还禁止扎伊尔男性穿着欧洲服装，自己设计了毛式无领外衣，里面不穿衬衣，不打领带，要求扎伊尔的男性穿着。这个服饰被称为Abacost，成了蒙博托的个人特征。蒙博托同样著名的装束，还有豹皮帽子。
蒙博托给自己弄了一大堆称号，包括国家之父、人们的大救星、超级战士、大战略家。在扎伊尔，歌颂蒙博托的诗歌、舞蹈四处传扬，扎伊尔官员的领章都是蒙博托的肖像。扎伊尔的电视台里面，新闻节目一定要在蒙博托画像前录制，蒙博托曾经居住生活过的地方，都成了全国人民朝圣的地点。在扎伊尔人眼里，蒙博托成了神专门派到扎伊尔拯救苦难的扎伊尔人民的使者，是先知，是救世主。一个前扎伊尔部长的回忆录里面记录了关于蒙博托崇拜的狂热：没有蒙博托，就没有扎伊尔；蒙博托创造了扎伊尔。蒙博托哺育了扎伊尔人民，种植树木，花草；他带来雨水和好天气；没有他的指导，你连厕所都不能去；没有蒙博托，扎伊尔人就什么都不是；蒙博托对任何人都没有责任，所有人都要对蒙博托尽义务。1977年，蒙博托自己对支持的群众讲：“是我造就了你们。”
可惜蒙博托与其他非洲独裁者并没有太多的不同。巨大的财富吸引着蒙博托，很快，为自己和自己的家族积攒财富就成了蒙博托的乐趣。1973年，打着扎伊尔需要经济独立的借口，蒙博托把2000多家外国企业无偿国有化，包括农场、种植园、牧场、工厂、批发商和零售企业。蒙博托把这种做法称作是革命，不过这些应该国有化的企业并没有多少真正的成为国家财产，大部分都分给了蒙博托家族的亲朋好友。蒙博托自己曾经拥有14个种植园，加在一起称为Celza，出产扎伊尔四分之一的可可和橡胶，雇用25000人，其中还包括140名欧洲人，雇员人数在扎伊尔排到第三。除此之外，蒙博托还拥有大面积的牧场。Celza以及其他的蒙博托家族的企业，拥有着扎伊尔境内四分之三的牲畜。不过蒙博托对自己的忠实拥护者也很慷慨，经常把自己的财产送给同盟们，当然，更多的时候是直接把国家财产或者没收的外国企业送人。
蒙博托自然就是扎伊尔最富有的人。在1970年代，大约扎伊尔全国产值的三分之一都和蒙博托的家族有关。扎伊尔的中央银行基本上成了蒙博托个人的钱袋，由他随意支配。蒙博托还是金沙萨银行的最大股东，而很多行业的公司必须在这个银行开户。蒙博托的投资兴趣非常广泛，几乎遍及各个领域，菲亚特、大众、联合利华等外国企业在扎伊尔的分支，也都有蒙博托的股份。通过美国商人，蒙博托甚至对世界钻石市场也有一定的影响力。为扎伊尔创造最多价值的铜矿和钴矿，自然也被蒙博托控制了。
蒙博托每年都要向海外转移大量资产。1977年，蒙博托控制的50多家企业向海外转移的财产就高达3亿美元。从1977年到1979年三年间，蒙博托直接从中央银行提取的金额，就高达1.5亿美元，同时有很多出口产品的收入直接进入蒙博托的个人海外账号，数额无法统计。相信在1970年代末期，蒙博托已经是世界上最富有的人之一，到1980年代，蒙博托的个人财产估计超过50亿美元。
蒙博托在其他国家有很多投资，主要集中在欧洲。比如在法国里维埃拉（Riviera）蒙博托拥有豪华别墅，在葡萄牙的阿尔加维拥有面积800公顷的庄园，在瑞士拥有农庄，在巴黎的福煦大街拥有多处公寓;在布鲁塞尔至少有9个建筑，从办公楼到私人住宅、停车场。此外，蒙博托在西班牙、意大利、科特迪瓦、塞内加尔、摩洛哥，以及巴西都有不少房产。蒙博托自己在扎伊尔的住宅当然也是最豪华的。在金沙萨，蒙博托的住宅里面甚至有私人动物园；一个三层的豪华游艇是蒙博托的最爱，经常请生意伙伴一起到艇上游玩。蒙博托最喜欢的建筑，应该是距离金沙萨700公里之遥的蒙博托家乡巴多利特（Gbadolite）森林深处的行宫。这个建筑群里面，一个超过了15000平方米的大理石建造的豪华建筑是当地的地标，旁边的机场甚至可以降落协和飞机。在这里，蒙博托创建了示范农场，养殖来自瑞士的奶牛、来自委内瑞拉的山羊，这些牲畜都是直接越洋空运到这里来的。每年，蒙博托回到这个行宫住上四五次，每次几天，都是飞来飞去。
蒙博托在里维埃拉的别墅
蒙博托在巴多利特的行宫
蒙博托忙着聚敛个人财富，扎伊尔就不这么幸运了。被蒙博托没收的外国企业，运行都非常不好，很多很快就破产，有不少被遗弃了；残存的一些，也由于管理混乱，难以维持。这些企业很多是行业的骨干，支撑着扎伊尔的经济运行，这些企业运转不好，就开始影响扎伊尔的经济。到1976年，蒙博托不得不停止革命，重新开始吸引外国投资者，可惜应者寥寥。更加糟糕的是，到1970年代中期，世界矿产价格也开始下跌。1974年4月，铜的价格达到了每磅1.4美元的历史最高点，随后开始下跌。1975年，铜价跌到了每磅53美分，到1977年达到了最低点。1975年扎伊尔的出口总值仅仅达到1970年的一半。与此同时，原油的价格却大幅度上涨，粮食价格也不断攀升。忽然间，原本富裕的扎伊尔没有足够的外汇来支付必需品的进口，国内基础物资价格大幅上涨，燃料短缺，政府收入锐减，债务加剧。这些，加上蒙博托没收外国企业后对工、农业的干扰，使得扎伊尔的经济陷入困境。1975年，政府已经无力偿还到期的外债，外债总额也达到了30亿美元。西方银行减免了一些债务，但是扎伊尔政府却再也没有从危机中恢复过来。1977年，扎伊尔政府用于偿还外债的数额已经占到了政府收入的一半。为了解决眼前的危机，扎伊尔政府继续举债，陷入恶性循环，终于，西方银行再也不敢借钱给扎伊尔了。
蒙博托的众多大型项目自然也受到了影响。有一些项目，从一开始就注定了要失败。金沙萨附近的马鲁库（Maluku）地区的钢铁厂，造价2.5亿美元，设计生产能力是每年25万吨，超过扎伊尔国内需求的四倍。1975年项目建成，当年的产量达到了2.5万吨，虽然仅是设计能力的十分之一，却几乎是这个钢铁厂曾经达到的最高产量。到1978年之后，这个钢铁厂的产量就没有超过每年1万吨。这个钢厂很多技术不过关，产出的钢铁品质低，成本却比进口的优质钢材还高。维持运转了10年之后，终于在1986年关门。印加的大型水利项目，以及配套的向加丹加的输电项目，也进行得非常不顺利。这个项目的第一期发电能力是30万千瓦，用于金沙萨地区的供电，其中包括位于马鲁库的钢铁厂。项目的第二期计划向加丹加地区供电。由于加丹加地区铜矿发达，扩建迅速，这应该是一个非常好的项目。印加项目的二期于1973年开始，到1977年建设基本结束，造价2.6亿美元。与此同时，通向加丹加地区的1100英里输电线路工程却非常不顺利，比计划延长了6年，到1982年才建成，最终造价竟然超过10亿美元，超了预算四倍。但是等到输电线路建成，加丹加地区的铜矿已经进入低谷，扩建项目早已停工，印加发出来的电竟然没有去处。于是，印加水坝发电量仅仅达到设计发电量的18%，输电线路也仅仅输送设计能力20%的电力，造成极大浪费。
上行下效，扎伊尔政府的腐败也非常惊人。扎伊尔政府的腐败从上到下，遍及社会的各个阶层。从中央政府开始，就有很多预算放在根本就不存在的项目上，被官员私吞。拖欠教师和医护人员工资实在是家常便饭，上级政府官员和军官冒领工资的情况非常严重。曾经有外国银行统计，认为政府项目里面，超过40%的资金去向不明，而扎伊尔能够按时领到工资的49万公务员里面，实际上有三分之二根本就不存在。军官除了克扣军饷，虚报人数，还可以出卖武器和后勤物资。士兵领不到薪饷，就四处设置路障，盘剥经过的行人商旅。空军索性自己办起了航空公司，客运规模竟然不亚于扎伊尔的国家航空公司。医院里，医疗设备、药品，也大量流入社会。腐败遍及社会各个角落，在扎伊尔，不给好处费，几乎做不了任何事情。蒙博托自己也对政府的腐败提出批评，但是，却仅仅停留在口头批评而已。腐败的政府是蒙博托维系政权的基础，实际上，蒙博托公开宣称，偷一点可以，但是一次不要偷得太多。偷太多了，就会受惩罚的。在党内的大会上，蒙博托要求党员们：要偷就偷聪明点，细水长流。
结果就是，蒙博托统治下的扎伊尔，混乱不堪。医院缺医少药，没有设备，基本上无法运行，医护人员没有收入，也不愿意工作。扎伊尔境内的道路本来就不多，又缺少维护，坑坑洼洼，非常危险。扎伊尔水网发达，水路运输发展条件很好，但是实际上几乎没有水运行业。国内失业率极高，甚至比独立之前还要高。由于通货膨胀，很多人的实际工资水平仅仅达到1960年时候的十分之一。很多国民长期处于饥饿状态，有机构统计首都金沙萨40%的人口有严重的营养不良。农村地区，农业产量非常可怜，仅有1%的土地被耕种。整个国家，仅仅是为了极少数的精英服务，大多数人的生活完全无人过问。为自己找口饭吃，成了大多数扎伊尔人忙碌的事情。
1970年代末期，在国际社会的压力下，蒙博托终于同意改革。扎伊尔的中央银行派来了外国人，掌管关键位置，海关、金融部门的领导位置也由外国人担任。这些外国人的作用，是要避免那些关系通天的扎伊尔公司逃税，监督他们符合外汇监管制度。1978年，一个退休的银行家布鲁门托尔（Blumenthal）开始掌管扎伊尔的中央银行。11月，布鲁门托尔给出了50家企业的名单，禁止名单上的企业涉及任何的进出口行为，直到偿还所有债务和拖欠挪用的所有外汇为止。同时还对另外50家企业展开调查。这两个名单里面几乎绝大多数企业都是蒙博托家族的企业，最严重的两家，都是蒙博托的叔叔里托?马波提（Litho Maboti）的企业。布鲁门托尔的命令起了一些作用，有一些企业偿还了金额，情况看起来比较乐观。蒙博托自己都宣布1979年将是道德化的一年，要打击腐败。实际上，情况远没有这么乐观。1979年，布鲁门托尔就不得不离职。在布鲁门托尔提交的秘密报告中，布鲁门托尔详细描述了国际基金组织和诚实的扎伊尔人一起建立起来的新的严格的金融制度是如何被逐渐破坏的。布鲁门托尔自己也受到了威胁。1979年1月，一伙全副武装的士兵冲进了中央银行布鲁门托尔的办公室，要求为他们的将军提取外汇。
蒙博托维持自己统治的方法也很有趣。在扎伊尔，政府的高层仅是很小的一个圈子，大多数来自蒙博托的家乡和部族。关键位置人员的任命，都是蒙博托亲自决定的。为了防止官员权力过大，蒙博托经常更换官员的位置，还经常利用降职、逮捕等手段降低官员个人的影响力。一个美国记者描述扎伊尔的政府，认为除了蒙博托的家人以外，大约只有80个人能进入领导层。而这80个人里面，一般会有20个在当部长，20个在当大使，还有20个流亡海外，20个被关在监狱里面。大概每隔三个月，这些人就会换一次，是荣是辱，全看蒙博托的个人兴趣。最典型的例子就是卡尔伊邦德（Nguza Karl-i-Bond）。卡尔伊邦德在1974年和1976年两次担任蒙博托的外交部长，曾经非常火，被很多人认定是蒙博托的继承人。1977年，卡尔伊邦德被控卷入叛乱，在虐待后判处死刑，随后被赦免。1979年，卡尔伊邦德却又成了首相，但是到1981年就逃离了扎伊尔，在西方国家四处宣讲蒙博托政府的黑暗，甚至在美国众议院作证揭露蒙博托，还写书抨击蒙博托。尽管如此，1985年，卡尔伊邦德又进入蒙博托的政府，成为驻华盛顿的第一大使，随后第三次当上了外交部长，很快又成为蒙博托的首相。按照蒙博托的说法，既要把朋友放在身边，也要把敌人放在身边：让人们一直流亡是很危险的，会造成很大的麻烦；对付他们最好的方法，就是减少他们的能量，从而毁掉他们。
不过也不是所有蒙博托的批评者都喜欢蒙博托的这个游戏。1980年，15名议员联名发表了长达51页的报告，对蒙博托的统治进行谴责，认为蒙博托个人是造成扎伊尔的各项困难的核心问题，同时要求公开透明的选举。蒙博托把这些人逮捕，流放到偏远的村庄里面。一些人决定放弃对抗，继续为蒙博托服务，但有一些人选择了拒绝合作。1982年，一个前部长西塞凯蒂（Etienne Tshisekedi wa Mulumba）纠集反对者组织了反对党。这些人立刻被控要推翻政府，判处徒刑，不过一年后又被释放。西塞凯蒂随后多次被捕，8年内被捕10次，但是仍然坚持批评蒙博托。不过到了1988年，西塞凯蒂也终于向蒙博托低头，退出了政治。
无论这个政府多么的腐败独裁，站在反苏前线的蒙博托始终得到西方国家的支持，特别是美国的支持。在华盛顿的眼里，蒙博托是暴君，但也是友好的暴君，是西方世界可靠的朋友。西方国家支持蒙博托的借口，是认为在扎伊尔，要么支持蒙博托政府，要么就是一片混乱。所以，当1977年和1978年安哥拉内战影响到扎伊尔的时候，美国联合法国、比利时，以及摩洛哥立刻出兵援助蒙博托。美国人对蒙博托的援助也是非常慷慨的，从1965年蒙博托上台到1988年，美国的援助总额达到8.6亿美元。
蒙博托与白宫也有非常紧密的私人关系，特别是老乔治?布什。早在老布什主掌中央情报局的时候，蒙博托就和他熟识。1982年老布什以副总统身份访问金沙萨时，对蒙博托的政府大加赞扬。1988年老布什当选美国总统，蒙博托很快就飞到华盛顿与老朋友重聚，成为第一个访问老布什的非洲领导人。两个人站在白宫的南草坪上，老布什发表讲话：“扎伊尔是美国人的老朋友之一，扎伊尔的总统蒙博托是我们最有价值的朋友之一，我们对此非常骄傲，非常高兴，欢迎你的到来。”
