故事发生在1866年，法国人阿罗纳克斯，一位博物学家，应邀赴美参加一项科学考察活动。其时，海上出了个怪物，在全世界闹得沸沸扬扬。科考活动结束之后，博物学家正准备束装就道，返回法国，却接到美国海军部的邀请，于是改弦更张，登上了一艘驱逐舰，参与“把那个怪物从海洋中清除出去 ”的活动。
经过千辛万苦，“怪物”未被清除，驱逐舰反被“怪物”重创，博物学家和他的仆人以及为清除“怪物”被特意请到驱逐舰上来的一名捕鲸手尼德·兰，都成了“怪物”的俘虏!“怪物”非他，原来是一艘尚不为世人所知的潜水艇，名“鹦鹉螺”号。
潜艇对俘虏倒也优待；只是，为了保守自己的秘密，潜艇艇长尼魔从此。永远不许他们离开。阿罗纳克斯一行别无选择，只能跟着潜水艇周游各大洋。
他们在印度洋的珠场和鲨鱼展开过搏斗，捕鲸手尼德·兰手刃了一条凶恶的巨鲨；他们在红海里追捕过一条濒于绝种的儒艮，儒艮肉当晚就被端上了餐桌；他们在大西洋里和章鱼进行过血战，一名船员惨死；这些场面，都十分惊心动魄。
这量带着他们环游世界的鹦鹉螺号部件来自世界各地，龙骨是在克勒索铸造；推进器主轴由伦敦庞尼公司锻造和加工；船体钢板由利物浦的利尔德工厂出品；螺旋桨由格拉斯哥的斯科特工厂制造；潜艇上的储水舱由巴黎嘉伊公司生产；它的主机由普鲁士克鲁普工厂制造；船首冲角是在瑞典的摩达拉工厂制造的；精密仪器来自纽约的哈提兄弟公司；等等。
乘着这艘神奇、集当时世界最先进技术于一身的潜艇，博物学家他们在黑流中前进，经过瓦尼科罗岛，穿过托雷斯海峡，从印度洋到红海，在从阿拉伯隧道出来到希腊群岛，然后再花费了四十八小时穿越了地中海到达维哥湾，看一看那消失在历史尘土中的大陆。最后在南极经历了一场与缺氧生死搏斗的战争后才得以脱身，从合恩角到亚马逊河最后到墨西哥湾，遇到恐怖的大漩涡，博物学家和他的朋友们才得以趁机逃出。
在这段历程中最令博物学家惊讶的是船长尼摩的见识面之广，他的海底收藏房要比世界上任何一间博物馆都要好，都要多，而且无论是对雪茄的讲究还是行为的正当礼貌，都显示出尼摩船长是位受过高等教育的上流人物，然而当他面对着陆地上的同类时却丝毫没有怜悯，仇恨的火光似乎能在他双眼喷出！
十个月之后，这三个人终于在极其险恶的情况下逃脱，博物学家才得以把这件海底秘密公诸于世
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