阮氏和郑氏，这两个同出于清化地区的武人集团，就一直没有停止过相互间的攻伐，以致于这一时期还产生了著名的海云关长城。这里以前是大越与占婆的分界线，现在则成为了南北两个幕府间的前线。
1644年开始，郑氏向偏居北方一隅高平地区的莫氏残余发动了最后的战争。高平小政权原本靠着大明的羽翼幸存下来，如今朱家人自身难保，所以终于在1677年高平陷落。
外国观察家波里（ChristoforoBoli）于1620年代认为，第二代阮主阮福源在其领地三线作战，首先是对付其两位兄弟的内战、然后是南部与占婆的战争、以及与北部郑氏的战争。1611年占人北侵未遂后，阮福源吞并了富安省，迫使很多占人逃亡高棉。此后他打击勾结郑氏的两位兄弟，将其抓获。然后，一场持续40年的阮氏与郑氏的战争爆发了。1624年起，阮福源拒绝将南方的赋税交给北方被郑氏控制的后黎朝，于是引来了郑氏的大举进攻。
（阮福源）
阮氏不断挫败北边郑氏吞并企图的过程，也和南向进一步压缩占人生存空间同步发生。1648年，在一次大胜后，阮氏将三万战俘安置在富安省。他们五十人为一村，被给予了半年的开荒物资。第三个阮主阮福澜预言道，“不出数年，其将自给自足。娶妻生子，二十年后我国兵源充足矣”。
1653，阮氏再次入侵占婆，抓获并斩杀了其国王，在狗笼状的监牢里关押其宗教领袖夫妇。阮氏攻占了芽庄，向南推进到金兰湾。占婆的残存国土，仅剩下4块小小的地区了。1653-57年，阮氏马上北伐，占领义安省的七个县，再次将其居民移民实边。
对于郑氏来说，阮氏在军事上屡屡得手在于几个原因。这一时期小冰河期的无常，相对更有利于依靠外贸的南越，而非农业主导的北越。阮氏因为人口的原因兵力一直不如郑氏，但是却高度具有灵活性，装备先进。西班牙传教士（DomingoNavarrete）写道，他们“是坠吼的”，“纪律严明”。1632-42年，阮氏有4万名发工资的，使用火器、弓箭和枪矛的军队。骑兵有限，然而还有600头战象。大小尺寸的火炮200余门，很多来自葡萄牙人和荷兰人。有战舰230艘，装备火炮。
相对而言，郑氏的常备军规模大得多，然而比较笨重、海军有限。1688年，丹皮尔记载其有7-8万领工资的士兵。还有人估计其总兵力达到14万，包括8000骑兵和300战象。有船220艘，但是更多的是适用于内河而非海上。不管怎么说，北越步兵和冷兵器为主的军队始终无法撼动海云关长城，1672年战争告一段落、陷入江局时，南越还保留着多达4万的驻屯军兵力。
到了1675年，占婆残存的土地上，人民已经几乎全部皈依伊斯兰教。第二年，国王亲自皈依。他们遵从的是逊尼派的沙斐仪教法学派，他们的大地女神和湿婆与伊斯兰教的阿丹（亚当）和夏娃相结合，这种宗教融合的习气也是同一时期西班牙传教士在美洲所大力资瓷的。
阮氏继续南下，1697年在又缩水的占人领土上设立了一个都护府。这个机构负泽安置移民，并且指导占人移风易俗，“变衣裳，除陋习”。不过，阮氏的军队中只招募越人，从内心深处不信任被视为蛮夷的占人。1712年，占人残存的统治者仍然具有其臣民内部的裁判权，但是占人和越人之间的纠纷就要由他和大越官员一起审理了。1728年，这位特首悲惨地死去，引发了占人新一轮叛乱，当然仍然是以失败告终。
此时在大越的西部，国际政治形势也非常负责。阿瑜陀兴起，于1594年攻占了高棉的都城洛韦（longvek）。1601年，泰人再度莱士汹汹，以致于高棉王和臣民商议向大越借兵求助。于是，高棉王子与阮氏公主通婚，阮主于1621年出兵帮助高棉，代价是高棉割让2个地区。然而，不久后的一位高棉统治者在马来商人的吸引下皈依了伊斯兰教，他不久就向荷兰东印度公司宣战，掠夺船只。
高棉的本土佛教势力，异口同声地指责这位改名为易卜拉欣的君主基于穆斯林占族和马来商人过多的权势，认为长此以往，高棉国将不国。易卜拉欣的兄弟更是指责他背弃祖宗。于是，阮氏再度成为被求助出兵的对象。1658年，阮氏攻占高棉首都乌东（Udong），易卜拉欣被抓，此后死于流放。1700年，阮氏共计4次出兵高棉，此时的柬埔寨已经沦为了阮氏与阿瑜陀争霸的缓冲地带。若不是法国人及时赶到，高棉就是下一个占婆。
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