先秦时期百家争鸣，各种思想要素先后出现。只要仔细阅读相关文献，就不难发现，当时已经有各种不同且相当丰富的思想要素，其中很多思想上的要素与在西方产生的现代科学方法中的思想要素是如此的相似。
后期墨家拥有通过可重复观察的经验检验知识的思想；名家中公孙龙的“正名”蕴含着探讨证明有效性思想的萌芽；稷下道家在老子的启发下产生出对追问“道”（即世界的背后的规律与基础）的渴望；而荀子又在稷下道家“静因之道”（排除原来固有观念以方便达到更深认识）的基础上，提出了“天人相分”这种肯定人在研究和使用“天”（自然物）中的主动地位的思想。
这些与帮助西方产生现代科学方法的思想要素如此相似，但为什么中国就没有产生出现代意义上的科学方法，更没能产生如同经典力学和经典电磁理论这样准确清晰、极大改变人类文明的理论呢？
因为，这些本来可能组成科学方法的思想要素，在中国建立大一统国家之后不到三百年的时间里，几乎就被分割、修改、消灭得差不多了。
在秦朝的大一统以及汉朝的建立之后，特别是在董仲舒所创造的“新儒家”并且“罢黜百家，独尊儒术”之后，中国古代的思想发展变得单调且自负，再也没能重现诸子百家时代的风气。
曾与孔孟儒学对立的墨家学派销声匿迹，对后世主流思想的影响几乎可以忽略不计；名家有关如何证明论证有效性的思想，在倚靠着皇权进行“正名”的儒家伦理面前成为了不必要的“屠龙之术”；人们不再像稷下道家那样渴求对万物根基的追问，而只是想着如何成为顺应“天道”的“仁义之人”，曾经用于解释事物变化及规律的“阴阳”，也变成了“官方唯一指定”解释万事万物的规范；荀子有关“天人相分”的部分被 “天人感应”所压制，荀子能对后世产生极大影响的思想几乎只有用于解释“天子”权力来源的礼法观念。
两汉确立的“新儒家”传统对中国思想的打击是毁灭性的。且不论几乎失去任何影响力的墨家和名家，单单就道家而言，老子之后所产生的稷下道家、黄老之学、庄子逍遥派三个不同分支，在汉末也就只剩下出世的庄子逍遥派拥有较大的影响力，黄老之学沦落到许多文本失传，需要考古挖掘来补完文献，而拥有入世倾向的稷下道家也一直处在主流思想的边缘。而由于古代帝王的避讳和有权势者的各种修改，先秦诸子原本丰富的思想遭到了不同程度的被改造，在塑造大一统的思想格局进程中失去了原有的多样性。
从此，一切思想皆为统治宣传的目的服务，就像“五四”学者的“科学”一词仅为实现他们的抱负而服务一样。
在先秦诸子昙花一现的萌芽之后，“实现政治上的抱负”几乎成为了一切思想和行动的目的和出发点。缺少“不涉及其他目的，仅仅出于对知识的纯粹追求”，是“科学”一词来到中国发生异变的原因。
明明先秦时期拥有如此之多的思想资源，在有文字传承的三千多年历程里提供了如此之多的经验材料，为何就没有出现近现代科学——这种能产生出强大近现代物质文明的探究方法和理论成果呢？
因为先秦之后，缺少对纯粹知识的向往，也没有自由、多元的人文风气。
所谓“对纯粹知识的向往”，指的是不出于任何其它目的，只是为了能更好的描述和预测万物的变化，而去寻找获取更加普遍适用知识的途径。这与稷下道家的“求道、静观”心理和公孙龙的“正名、明辨”有些类似，尽管两者或多或少的还参杂些许“为自身提出的政治、道德理论提供根基”的动机而使之不够纯粹。可是随着先秦之后大一统时代的到来，政治上的管理成为了压倒一切的“首要大问题”，于是以董仲舒“新儒家”为代表，“一切皆以明确人伦道德、树立礼法规范为最终目的”被深深烙印在了后世的思想传统之上，这与“纯粹知识的向往”背道而驰。
没有“纯粹知识的向往”，人们就几乎不会为了拓展知识而进行经验积累。而“一切皆以明确人伦道德、树立礼法规范为最终目的”则导致，好不容易从生产生活经验中积累的知识，如果无法为“仁义”等人文观念提供依据，就会被主流思想传统轻视为“技术”而无法获得地位。这种过分要求几乎与“真正的知识必然能在《圣经》中找到根据”无异。
这样的直接后果就是，连现在我们常说的“儒医”观念传统，也是到了宋明儒学这一较为晚近的时期才得以最终确立（注：《儒家医学伦理的建立——“医者仁心”与道德病人》，潘大为）。连“治疗疾病的经验”这样与人息息相关的技术知识获得主流思想的认可都如此困难，更不用说其它技术经验了。
先秦之后的传统，本来就缺乏追求知识的动机，又不为因经验积累而获得的技术知识提供应有的地位。这就导致技艺失传的悲剧不断上演，就连知识的积累都困难重重，更不用说知识间的归纳联系了。以地动仪等为代表的技艺失传又进一步“证实”了“古代的优秀和现今的衰落”的思想基调，复古的思潮又进一步加剧了知识积累的困难，深陷如此反复的恶性循环，知识积累的速度愈发缓慢。
关于“自由、多元的人文风气”对于科学的作用的问题，很多人会感到奇怪——科学关人文什么事？其实，只有保证人文思想上的自由从而产生出多元并存的局面，才能防止自然知识的探究过程受到过分的约束，同时为研究提供丰富多彩的思想路径。当人文上的思想变得不可辩驳时，无论它是新柏拉图主义、康德的先天范畴还是“天人合一”，都会对科学理论的突破和发展产生限制，产生与现实实验检验无关的教条约束。这里以中国的《黄帝内经》、“金元四家”和西方中世纪的“物理学”为例。
中国在商代时期就有关于各种生理现象的描述，并且有逐步脱离“鬼怪中邪”这些无法检验真伪的病因解释的趋势，虽然依旧比不上同期的埃及、美索不达米亚和印度，但也是处于世界领先地位了。而从西汉初年马王堆中出土的有关春秋战国时期的简帛医书，更是向我们展示了先秦时期丰富的关于人体的病理解剖知识，其中对于人体大血管——“脉”的观察描述，已经非常接近现代的一些血管解剖学知识；而利用烧热的牛角产生负压等方法进行痔疮摘除手术，更是展现出领先世界同期水平的成果。
然而随着“天人合一”的大一统思想信念的出现，中国古代的人体生理经验知识积累遭受到了灭顶之灾，其中的一大代表现象就是《黄帝内经》的出现。经考证，《黄帝内经》本是在汉代成书，却为了标榜自身的“思想正统性”而谎称来自“黄帝岐伯”的“真传”。为了迎合董仲舒《春秋繁露》中关于“天人感应”的正统观点，《灵枢·邪客》不惜脱离实际事实观察，硬生生地为 “天地”中的事物找到身体上的对应“部位”……如何用“天人合一”和“阴阳学说”解释人体成为了“黄帝岐伯”们的首要任务。
而对于事实的收集和整理，在这个只能运用单一人文规范来证明理论合理性的思维体系之下，却成为了不怎么重要的事情，这导致大量有效的经验知识被“正统思想”拒之门外。这种情况在“金元四家”的身上极为明显。在秦汉之后，虽然有晋代葛洪的《肘后备急方》和隋唐巢元方的《诸病源侯论》这样的收集民间偏方、记录疾病现象特征而几乎没有“阴阳学说”干扰的著作，但是由于缺少有效的检验方法和多元的人文思想支持，其中的迷信和无效成分远多于有效的知识。最终，这一点点最后的曙光也在“金元四家”和宋明理学家的“强强联手”下消灭殆尽。
伴随着“儒医”、“仁术”观念的确立，《黄帝内经》作为绝对不可挑战之真理的地位被确立起来，评价医学理论优劣的最终标准不再是描述与事实的契合程度，而是是否更好的发掘了《黄帝内经》中所蕴含的“绝对真理”。就是这样不可反驳、无法动摇的绝对信念，致使脾胃派的祖师——李杲在从死者百万的汴京鼠疫中无能逃跑之后，依旧大言不惭的攻击疫区的医生因不了解“补土健胃”理论是出于《黄帝内经》的要义，而导致了疫病的横行。这也导致了持有传统医学信念的人，在面对《清史稿》中乾隆在位六十年间动辄“死者六十（文言文，意思是“有十分之六的人死亡”）” “人死无算”的四十六场瘟疫时无动于衷，丝毫不会考虑是否需要依据事实而改变信念、修改理论。
在处于中世纪的西方，教会垄断思想大一统的局面与先秦之后的“儒仕”在思想方面所占有的绝对统治地位如出一辙。教会用新柏拉图主义的“太一流溢学说”解释宇宙的生成，如同“儒仕”用“阴阳相冲”的理论解释宇宙的发生；教会用亚里士多德主义解释“宇宙至高目的”为何让自然与人文世界如此运行，而“儒仕”则用“天人观”解释“天命”运作与纲常伦理的必然；教会利用来自于希伯来的宗教信仰使得人们与自己的信念不可动摇，而“儒仕”也利用来自于“儒释道”的资源为自己提供理论依据……
但在中世纪的中后期，一个重要的转折点出现了。以鼠疫、教会的腐败与伊斯兰势力的崛起为导火索，动摇了西方世界原本牢不可破的人文信念上的教条。如果换作中国，疫病的横行、大臣的腐败、外族的压力都只会被视为自三皇五帝以来道德败坏招致“天命”的惩罚，根本无法动摇“天人观念”在人文上大一统的局面。但是，正是因为这些“儒仕”们习以为常的“导火索”，在西方那些文化人看来彻底改变了对“上帝”的观念，这沉重打击了罗马教会在人文领域的大一统局面。
在这样的背景下，在教会中任职的哥白尼创立了自己的日心说，而不惜否定受亚里士多德支持的地心说。紧接着，宗教改革毁灭了罗马教会对全欧洲人文思想的绝对控制地位——无论是物质上还是权威上；文艺复兴则推动曾被罗马教会视为异端邪说的各种人文思想在欧洲广泛传播。
一时之间，欧洲突然迎来了一场“群魔乱舞”的人文盛宴。不同于曾经无处不在的罗马教廷的宗教权威，中世纪时被压抑下去的炼金术、占星术、卡拉巴秘教、琐罗亚斯德以及《迦勒底神域》、赫尔默斯主义、毕达哥拉斯主义等属于人文领域的神秘学思潮重新焕发生机，有的人像布鲁诺一样崇拜起恒星，有的人则开始认为撒旦是英雄……
在如此多元的人文环境下，伽利略“意外”地开始在斜面上推动他的小球，近现代科学理论和方法开始出现，虽然伽利略最终因为罗马教会对出版物和思想的管制而失去自由，但罗马教会却无法阻止伽利略思想在欧洲开始被人广泛传播。就是这样，在伽利略的基础上，伴随着牛顿力学体系的建立，近现代科学方法与理论在欧洲正式诞生了！
正是人文思想上的多元，才使得人们能将更多的注意力放在观察和解释自然现象上。而多元的人文思想，总会在不经意间启发学者更好的描述和预测事物的变化。就像哥白尼，最早是因自己的美学思想而把恒星放到了中心；“社会学之父”孔德因其在哲学上的实证主义倾向才创造性的提出“把研究物理世界的方法应用于研究社会规律”这一想法，并由此使社会学得以诞生。
综上所述，不论这种思想能否被检验，甚至不要求这种思想能否被语言所表达，只要它能够创造出新的视域，在不经意的时候，这种思想就有可能启发求知者的思路，减少已有成见的干扰，为新知识的产生创造可能性。因此，为了保证“对纯粹知识的向往”的目的能够实现，人文领域不应该出现任何具有不可反驳性的理论学说，人文领域所产生的理论学说不可以拥有比事实经验更高的确实性。如果科学研究上不得不有一条“不可反驳”的根基信念，那便是——“只要能更好的描述、预测万物的变化，或者是提供获取更加普遍适用知识的方法途径，什么样的人文思想都行”。
由此可见，“五四”学者在中国传播的“科学”，是被扭曲过了的科学。“五四”学者把科学作为一面“收拢人心”的旗帜，用于宣传他们所认为正确的行为思想，本身就违反了“对纯粹知识的向往”这个基础的出发动机。而“五四”学者把不同于自身的人文观念斥责为“玄学鬼”并加以孤立消灭的做法，更是与“自由、多元的人文风气”背道而驰。从根本上说，“五四”学者在宣传所谓“科学”时的种种做法，与当年“董仲舒们”用“天人学说”压抑知识产生的原理并无二致。所谓的“五四”学者，大多只是披着一张名为“科学”的新皮的“儒士”罢了。
正是“五四”学者这帮“换皮儒士”，由于只带来了一个徒有其表的“阉割版科学”，没能真正的把科学精神带来中国，才使得现在的中国——神秘学变为伪科学，危害自然科学的正常研究；科学工作者蔑视人文领域，阻碍人文领域的发展；“大师”们的骗局遍地开花；“钱学森之问”悬而未决……
所以，根本不是“只重人文的观念，导致了先秦之后的思想在自然知识探究方面的无进展”，而是“先秦之后的思想，制造了只重人文的观念，结果导致在自然知识探究方面的无进展”。
如果先秦之后确立的以“天人合一、天人感应”等为基础的思想理论传统，蕴含并且产生了关于制造水利设施等与自然相关的知识或技艺，那么，为何不能在学习了相关学说之后，重现建设都江堰这样的水利工程就如同运用牛顿力学重现设计机器的过程一样？
如果说，“五四”学者真正摆脱了他们所唾弃的传统糟粕，并且成功的宣传了科学知识与方法，那么，为何看不到他们对于“纯粹知识”的向往，以及对自由、多元人文环境的营造？“五四”学者只不过是把“科学”打造成“天人合一”等传统权威话语的替代品，用于实现与董仲舒几乎无异的“大一统人文思想”目的。“科学”一词在他们的思想中的地位和效果，实际上与“天人合一”无异。
由此可见，“天人合一”等先秦之后确立的“大一统”化思维传统，根本就是中国古代科学思想萌芽的杀手。另外，如果不把“天人合一”等观念放至在人文范畴内，反而将其作为“科学源头”并赋予其凌驾于科学研究之上的“形而上”地位，那么，这无异于引狼入室、认贼作父，重复着从先秦之后到“五四”时期的悲剧罢了。
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