自萨尔浒之战后，万历三大征胜利为明军带来的光环被彻底剥开，不光东北部的辽东镇长期处于女真入侵的阴影之下。明王朝北部的宣府、大同诸镇也需要面对蒙古的威胁。
万历三大征之一：援朝抗倭
从崇祯元年的辽东锦州军卒因欠饷而兵变到祖大寿因袁崇焕下狱而带兵出走，从内陆部队与农民军打活仗，再到左良玉对杨嗣昌命令的不闻不问，都可以看出在农民军肆虐各府县之际，明军大多以观望为主，不肯用心交战。
明末辽东形势图
而之所以会形成这种局面，与明王朝后期的财政崩盘是分不开的，而财政崩盘的原因又不仅仅在于财政本身。
失控一：卫所制失灵
明太祖建国后，面对北方蒙古残余势力的威胁，在边境部署大量的军队。同时为防止藩镇割据，仿唐代府兵制，在全国各地设立卫所并划给土地，让士兵分为屯、守两部分。一旦遇到战事，便从各个卫所集结部队，交由武将指挥，战事结束之后，武将返回朝廷，士兵解散回各个卫所。以此来防止武将长时间掌握部队，从而防止其培养私人势力。
同时根据各个边境对敌任务不同，陆续设置了辽东、蓟州、宣府、大同等九大边镇，统称九边。并且，在这九个边镇都设置了镇守总兵官来负责军事事务。并且统辖有各自的营兵，这些营兵不在承担屯垦任务，只需要一心一意的做好训练工作，在发生战事的时候投入战斗即可。
九大边镇
而随着明王朝军政方面的逐步腐化，卫所无力向朝廷上交屯田粮食，出兵作战更不能胜任。因此，明王朝的国防安全完全交由各镇的总兵及指挥的营兵来负责。但在传统重文抑武思维下指导下的明王朝显然是不会允许各镇的总兵独操大权，在文臣与内臣的层层管束之下，带来的并不是明王朝边镇部队战斗力的强化，相反的是边镇的不断腐朽与堕落。
到了崇祯时期，崇祯皇帝为了加强军队的战斗力，大幅提高了武将的地位和再次启用内臣监军。希望借此来加强明军的战斗力。但事与愿违，换来的却是军队的进一步崩溃和武将的不听指挥。
失控二：辽东镇的毛文龙、祖大寿
崇祯登基后，大胆启用获得宁远大捷的袁崇焕，希望袁崇焕能够稳定辽东的局势。
袁崇焕主持辽东之后，便上疏请派遣部臣清理东江粮饷，而毛文龙厌恶文臣的监督，上疏反驳。毛文龙部并非朝廷所派出，而是在毛文龙形成一定实力后追认的东江总兵。因此，一般明军部队存在的兵将不识的情况在毛文龙部并不存在。相反，其都统一于毛文龙的领导指挥之下，也只有毛文龙能将其使之如臂。
皮岛位置
而且，毛文龙部有自筹饷银的权力，但其自筹饷银的方式却是与朝廷的敌人女真进行贸易，通过向女真交付粮食、铁器等急需物资来换取东北的特产人参貂皮等。
结合毛文龙部的种种情况，朝廷在经过了一番商讨后，决定派出山东登莱道王廷试前往东江点验兵马。在这之前，毛文龙跟朝廷说自己有精锐兵马二十万，但王廷试到达东江后只确定了两万八千人。
此时的毛文龙已经没有机会再向朝廷进行申诉了，崇祯二年六月，袁崇焕航海至皮岛，斩杀毛文龙，分割其部众，使得天下震动。
在毛文龙死后，虽然袁崇焕努力整顿，希望恢复朝廷对于辽东镇的绝对控制。但是此时的辽东镇已经具备了一定的地方自主性了。
此时，作为当时辽东最具有影响力的祖大寿在执行时朝廷命令时常常打折扣。武将权威的扩大不仅降低了文臣督抚对于军队的约束能力，同时也影响了朝廷对于边镇军队的指挥权。
尤其是在松山之战时，祖大寿在锦州被围，洪承畴率兵救援又被围在松山，在失去了祖大寿这个主心骨，以及洪承畴带走了大部分主力之后，方一藻则是无兵可调，也无将听令。最后只能任由松山大战惨败。从而，彻底失去了辽东镇的机动作战兵力。
失控三：其他边镇的衰落
因崇祯年间，边患主要集中在与后金的交战中。其他边镇面临的压力相对于辽东镇来说较小，同时朝廷投入的资源也没有辽东镇那么庞巨。自从万历年间的封贡以来，宣府、大同、蓟镇等北方和西北边镇进入了一个长期的和平阶段。长期的和平自然就会导致这些边镇对于边防的懈怠。这种懈怠不光是武备上的懈怠，同时还有地方将领的失职等。
武备削弱。
各城半不堪，兵多不整，火器不全。
当女真击败蒙古各部，并将其大部收归己有之后，这些边镇显然无法承担起应对女真部从其防区进攻的责任。一旦女真大举进犯，这些仅有2人防守的碉楼莫说起到防守的作用，就连向边镇示警的作用也很难起到。因此，女真才能如入无人之境般多次从宣大等地入寇京城。明王朝虽然多次下令整修边备，但都无果而终。
将领能力退化。崇祯八年后金入侵山西时，几乎没有有抵抗，任由后金军驰骋；同时，利用女真人已经撤走，损失不知多少来夸张自己的功劳。
后金绕开山海关入侵北京
吃空饷。明军吃空饷、克扣军饷已然是公开的秘密。因为这些空饷不完全会进入将领的腰包，有些可能会被将领用来豢养家丁。因家丁作为将领的核心战斗力量，家丁得到良好的待遇有助于军队作战能力的提高，所以一些文官对于武将克扣普通军士的粮饷用来供给家丁往往是睁一只眼闭一只眼。
失控四：内陆观望
相较于边镇军队还时常面临外敌压力，故能保持一定水平的战斗力。明末内陆军队因为无外敌压力，国家也不重视。故而存在大量空额，即使是一些尚有兵额的卫所，军队也大多老弱不堪战。因此在明末流民四起的情况下，各个地方的军队无力承担对流民的作战任务。
在朝廷严令进剿的敦促下，只能选择观望。军纪堕落的另一种表现是杀良冒功，即以无辜群众的人头冒充农民军的人头，来上报战果。因为战斗力不如农民军，故而不敢与农民军交战，一旦遇到督促，则会将屠刀挥向平民以此来应付差事。
明代末年，由于政府运行效率的下降、官员的贪污受贿、宗室人口增加导致财政支出增加等原因，导致面临巨大的财政压力，因此，其军费方面的支出增长空间受到挤压。但由于对外抵抗女真部与对内镇压农民起义的双重压力，军费的支出需求却在不断的上涨。在这内忧外患之中，财政支出越来越无法满足各地，尤其是边镇防御的需求。
自此，军队的核心思路不在打仗上，而在怎么赚钱做生意上。面对朝廷的军事部署命令，不再会认真执行，只会觉得是影响发财的阻碍。诸如孔有德等叛将不断出现，甚至还为女真带去了其急需的火炮技术。
从上表可以看出，宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、固原各镇自国初开始兵额基本上在不断的下降。然而，与之相反的是这些边镇的开支却在不断的上升。以固原镇为例，万历年间京运年例为63721两银，而崇祯元年的见额则增加到了为145823两银。但官军的总数却下降了46377名，下降了几乎一半的军额。也就是说万历年间，每年仅需支付0.7两银子的军饷给一位士兵，但到了崇祯时期则需要3.3两银。其中的增长幅度显然不能用通货膨胀来解释。并且固原镇与其他边镇不同，其本身自万历直至崇祯时期并没有要紧的作战任务，而供养每一位士兵的费用却大幅攀升。
而即便是发放到各镇的军饷，往往也因为缺乏监督，导致发放的错位。常见的情况有两种：
一种是让一名士兵领取多份饷额，以此来达到高薪豢养一批精锐士兵，从而完成作战任务的目的。这样的士兵，在明代被普遍称为家丁。因其长年跟随在豢养他们的武将身边，军饷由将领从其他士兵或空饷额中支付。故而相对于遥远的朝廷来说，他们更愿意听命于将领。但花费明王朝大量军饷所打造出来的精锐家丁部队非但不能服从朝廷的指挥，反而可能随着将领的投敌而叛变。
另一种则是将领以军饷的发放为牟利手段，在军饷发放前，由将领实现借支钱粮给士兵。通过这样的手段，士兵长期处于对将领的欠债之中。即使有士兵上告，地方政府不过是照惯例由抚道下发府厅追究，由府厅移回各营追究。
因此，从财政的角度来看，明王朝虽然付出了巨额军饷在边关上，但由于军饷的发放并不以实际的军队数额为基础，而是以将领上报的表册为发放依据。在这个过程中，国家本身缺乏相应的监督手段，而高额军饷的肆意发放也更让地方将领们豢养家丁或中饱私囊，国家不再具备有效的控制手段。
因长期军事实践导致的种种制度上的变化，与明王朝的惯有的军事组织制度之间形成了制度性的障碍。妨碍了国家对军队的命令下达，以及监督执行。其中比较严重的问题就是明代长久以来的重文抑武的指导方针与军事指挥体系的重叠。
弊病一：重文抑武
在重文抑武的指导方针下，不光军事决策上主要依靠文官，尤其是军事文官。并且在日常的管理中也以文官为尊。和平时期这样的管理方式自然无可厚非，但一旦遭遇高强度的战争时期显然这套体制就显得捉襟见肘了。
武官十分压抑
重文抑武还使得文武地位差距的过于悬殊，武将为了争取平等的地位纷纷弃武学文。到了大规模战争到来之时，武将大多贪生怕死，不肯服从朝廷的命令，一味的希望通过观望来逃避责任。因此重文抑武带来了武将军事能力的退化以及地位的大幅下降，相应的国家也失去了通过控制武将来控制军队的能力。
弊病二：官多兵少
军事指挥体系的重叠主要在于明末由于边事的繁重而之前的卫所部队往往腐朽不能承担作战任务，亦或者是原来一省之力或一镇之力可以应对，但随着满洲的实力增强或农民军的流窜，一省之力无法应对时，需要调动两省乃至三省的力量来应对。
因此，明王朝解决这方面问题的办法便是在原有的官制基础上再添新官或者再练新军。从而导致了原有的体制与新增体制共同存在的情况，虽然新增的体制在一定时间内会增加军队的战斗力，同时加强对军队的掌控。
但长期以来，则会让将领不知道服从谁的命令。以登莱为例，登莱镇水陆十营共计兵不过一万一千，而设十将官、十中军，每名中军应下辖士兵一万名，而登莱镇统共只有兵一万一千人，显然是官多兵少。
产生这类问题的原因便在于旧兵不敷使用之后，朝廷便新设营兵，新增军官。但为了防止旧的军官不满，因此保留其职务的同时又新设军官。这样导致了空有大量将官、中军、千总等的存在，却没有相应的所辖士兵，人浮于事反而增加了指挥调动的难度。
弊病三：指挥混乱
而官制的增加，给指挥的调动增加的困难更大。主要在于不断新设的巡抚、总督乃至督师职务导致了事权不一。比如，杨嗣昌作为负责管辖山海关和永平府的巡抚，其下辖的四路一半只有负责民事的抚臣而无负责军事的镇臣。这就导致了一旦发生紧急军情，杨嗣昌不知道与何人商议军情，也不知道一旦遭到攻击，由谁负责支援。同时，关外的九城并没有统一到杨嗣昌的麾下。以至于他对自己的权责也理解不清。
这样下来，一位武将头上往往顶着几名上级文官。一旦遇到战事，便可能由于督抚不和造成军事指挥的混乱，地方将领无所适从。亦或者是将领们出于畏战的心态，选择对自己有利的命令执行。同时，还有部分城池存在管理盲点，一旦遇到军情不知如何处理。不能将现有的军事力量统一调配使用，进而导致军事的溃败。
自从万历四十六年抚顺游击李永芳投降努尔哈赤获得厚赏以来，投降女真成为了明代辽东地区边将的一个新选择。而女真为了管理从明王朝夺取的辽东地区以及加强自身实力的考虑，开始重用降将，再加上明与女真在辽东地区的攻守态势，导致许多明军将领开始主动叛逃至女真一方。
从上图可以看出，皇太极时期女真对于明朝降将十分重用。并且，为了鼓励明朝将领投降，对于那些主动归降的将领毫不吝惜爵位。即使是战败被围后投降的明军将领亦有封赏。在这种情况下，明军对外作战的积极性便有所下降。即使与清军交战大多也不会抱着必死的决心。只要投降清军便能享受到更高的爵位待遇。
因此在辽东地区，明军逐步失去了战略主动权，军队大多消极避战。
崇祯皇帝并不是昏君，自即位之初便锐意边事，希望能够通过向各个边镇派遣宦官监军的方式消除地方总兵的跋扈、贪腐等顽疾。这些措施在初期取得了一定的成效，宦官们以其独有的认真精神督修了崇祯年间大部分的边防工事，往往会亲临一线逐一清点各个炮楼或碉堡的修建情况并汇编成册上交皇帝，通过他们的明察暗访有效的遏制了明末军队遇敌即溃逃的风气。
但好景不长，随着这些口含天宪的宦官们发现由于自己天子近臣的身份可以换来更多权力以及更多的财富，情况发生了变化，大量宦官开始运用自己的权力压榨武将和地方督抚。
而崇祯皇帝希望通过提高武人地位来换取武人忠心的方式也无法有效执行。原因有二：
一是在于皇帝虽然提高了武将的地位，但就整个社会风气来看依旧是重文轻武，武将的社会地位不如文官高；
二是由于社会秩序的逐渐崩溃，武将们发现朝廷已经不再具有足够的威望，即使不服从朝廷的命令也不会受到严重的处罚。因此，诸如左良玉、刘泽清这类的跋扈武将他们不再理会朝廷的指示，对于地方督抚的命令更是充耳不闻。决定他们动向的不再是朝廷的命令，而是如何运动对其个人实力发展更加有利。
总而言之，明亡前后国家军事控制力逐渐弱化的原因主要在于三个方面：
一是财政的崩溃。面对不断膨胀的军饷明王朝无力支付，只能采取拖欠的手段。这样不但极大的伤害了军心，还为地方将领自筹军饷提供了借口。而当地方将领获得了部分财政自主权之后，国家便失去了控制武将的缰绳。
二是大规模的启用宦官监军。虽然内臣监军的使用起到了一定的积极作用，但内臣监军实力的不断膨胀破坏了原有的以文制武的体系，又随着文武官员的意见将其废止后，从而使得地方武将获得了空前的自主权。
三是朝廷对武将过于优容。由于需要诸如左良玉、刘泽清之类的战将来控制地方，因此对其军纪方面就不做要求。相应的，武将不仅仅因为这种优容而跋扈，同时也会产生天下一旦大定，可能会被秋后算账的担心。
所以，明武将与明王朝越来越离心离德。
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