为进一步规范企业年金个人所得税的征收管理，国家税务总局于2009年12月10日下发了《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号），就企业年金的个人所得税处理进行了明确规定。
一、企业年金的内涵
（一）企业年金的定义
企业年金是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险，主要由个人缴费、企业缴费和年金投资收益三部分组成，即企业年金是补充养老保险的一种主要形式。
（二）企业年金的适用条件
企业在实际操作中尤其需要注意的是，可以采取年金计算方法的应为符合《企业年金试行办法》中相关条件的部分，并非所有的补充养老保险都可以采用年金的方法去进行计算缴纳个人所得税。
此外，根据《企业年金试行办法》（中华人民共和国劳动和社会保障部令第20号）第八条“企业缴费每年不超过本企业上年度职工工资总额的十二分之一。企业和职工个人缴费合计一般不超过本企业上年度职工工资总额的六分之一。”
对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
二、企业年金的税务处理
（一）企业年金中个人缴费的个人所得税处理：个人缴费不得在个人当月工资、薪金所得税前扣除
国税函[2009]694号的第一条规定：“企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。”即个人缴费不得在个人当月工资、薪金所得税前扣除。
（二）企业年金中企业缴费部分的个人所得税处理：纳入工薪征个税
国税函[2009]694号的第二条第一款规定：“企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照”工资、薪金所得“项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。”第二款规定：“对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。”
如：假设某企业职工年金账户中每月个人缴费100元、企业缴费400元，其100元的个人缴费不得在工薪所得税前扣除，属于个人税后工薪的缴费；企业缴入其个人账户的400元不并入当月工资、薪金，直接以400元对应个人所得税工资、薪金所得税率表的适用税率计算应扣缴的税款。
（三）企业缴费不能归属个人部分的税务处理：应退还已经扣缴的个人所得税
国税函[2009]694号的第三条规定：“对因年金设置条件导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：
应退税款=企业缴费已纳税款×（1－实际领取企业缴费／已纳税企业缴费的累计额）
参加年金计划的个人在办理退税时，应持居民身份证、企业以前月度申报的含有个人明细信息的《年金企业缴费扣缴个人所得税报告表》复印件、解缴税款的《税收缴款书》复印件等资料，以及由企业出具的个人实际可领取的年金企业缴费额与已缴纳税款的年金企业缴费额的差额证明，向主管税务机关申报，经主管税务机关核实后，予以退税。
（四）不符号条件的补充养老保险的税务处理
国税函[2009]694号第六条规定：企业年金是指企业及其职工按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险。对个人取得本通知规定之外的其他补充养老保险收入，应全额并入当月工资、薪金所得依法征收个人所得税。
（五）有关政策的衔接问题
国税函[2009]694号第五条规定：本通知下发前（2009年12月10日之前），企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：
以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。
例如：张某所在的企业在2008年为其建立了年金，但对于企业为张某所缴纳的年金均未扣缴其个人所得税，2009年12月15日，根据国税函[2009]694号文件规定，企业自查为其补税，则需要按如下方法进行：
张某2008年1月至12月个人所得税应纳税所得额合计72000元，企业为其缴纳年金合计为2880元，缴纳时未扣缴其个人所得税，则先计算张某2008年月平均工资额：72000/12=6000，6000-2000=4000元，应适用个人所得税税率：15%，企业为张某缴纳的2880元应补缴年金个税：（2880×15%-125）=307元。
（六）企业缴费的个人所得税征收环节
国税函[2009]694号的第二条第一款规定：“企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照”工资、薪金所得“项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。因此，企业缴费的个人所得税征收环节是企业缴费环节，即在企业缴费计入个人账户时，由企业作为扣缴义务人依法扣缴税款。
三、企业年金与法定保险和商业保险的区别
（一）与法定保险的区别
无论是法定保险或是年金，都应分为企业为个人缴纳部分与个人实际缴纳部分分别处理。
1、个人实际缴纳部分，法定保险允许在其个人所得税前扣除，而年金则不能在个税前扣除
依据《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条规定，个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除；而国税函[2009]694号文件第二条则规定，个人缴纳年金部分不能在计算个人所得税前进行扣除。
如：王某当月工资4000元，扣除个人实际缴纳的基本养老保险、基本医疗保险费和失业保险费、公积金后余3080元，企业建立了年金制度，个人实际缴纳160元，王某当月领取工资2920元。则依据上述规定，王某虽然当月实际领取工资为2920元，但其当月应纳税所得额应为3080元（2920+160），即个人实际缴纳的160元年金部分不能作税前扣除，需要计入到其王某当月的工资薪金中计算缴纳个人所得税。
2、企业为个人所缴纳的法定保险有免税部分，而企业年金应全额征收个人所得税。
依据《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税，但需要注意的是，对于超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税，即法定保险是有免征部分的；而国税函[2009]694号文件第二条则规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是需要计征个人所得税的，在该文件中同时规定，年金在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
举例说明：接上例，王某当月应纳税所得额为3080元，而王某所在企业为其缴纳年金160元，则王某当月实际应缴纳个人所得税应为：
[（3080-2000）×10%-25]+160×5%=83+8=91元
即：王某当月个人所得税应缴纳91元。
（二）与商业保险的区别
企业为个人建立商业性补充保险或者年金时都应计算缴纳个人所得税，但其计算方法明显不同。
1、商业保险与个人当月工资薪金所得合并适用税率
根据《财政部国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税[2005]94号）相关规定，企业为职工购买商业性补充保险，应在办理投保手续时作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税，即：为职工建立商业补充保险时，企业缴费部分并入个人当月工资薪金所得计算缴纳个人所得税。
2、企业年金单独适用税率
企业年金与普通的补充保险或者其他商业保险不同之处在于其适用税率的选择。
企业年金应视为个人一个月的工资、薪金，这部分工资并不与正常工资、薪金合并，也不扣除任何费用，而是单独按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，因而，年金的特殊算法实际上体现出了国家对于企业建立年金制度的一种鼓励态度。
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