作天人解，通四圣心
1752年(乾隆十七年，壬申)，黄元御在往返于南下北上的繁忙医事之中，始终没有放下《四圣心源》的构思和撰写。十月，终于作完《天人解》之卷，续成《四圣心源》全书。
《四圣心源》是黄元御论述内外感伤之作，也是他根据祖国医学典籍的基本原理，系统地阐述其临床见解和治法、方药的代表作。黄元御在《四圣心源自叙》中说：“作《四圣心源》，解内外百病，原始要终，以继先圣之业。”阳湖张琦为此书写的《后序》里评价说：“余既刊《素灵微蕴》、《伤寒悬解》、《长沙药解》，而《四圣心源》为诸书之会极，乃复校而刊之。粗举源流正变，以引伸其说。世之为医者，能读黄氏书，则推脉义而得诊法，究药解而正物性，伤寒无夭折之民，杂病无膏肓之叹。上可得黄岐秦张之精，次可通叙和思邈之说，下可除河间丹溪之弊。”《四圣心源》共十卷，卷一至卷三阐述阴阳五行、藏府经脉、气血精卫、六气脉法等中医基础理论；卷四至卷十，则分述内、外、妇、七窍诸科杂病辩证论治。此书包括理法方药，阐明四圣微旨，“说理精当，实为医家善本”。黄元御从1749年二月创辟《四圣心源》纲要开始，在颠沛流离中始终没有停止对此书的研思，1751年春随驾武林之后，立即回清江河院署中摊卷撰述，到1752年十月完成全书，前后达四年之久。本书的写成，初步实现了他对先圣之业，一火薪传的愿望。
《四圣心源》充分反映出黄元御的学术思想特征和医学实践经验。他的学术思想源于“四圣”，对脏府病理、生理的认识，重视脾胃中气的升降合宜。他指出：“人与天地相参也。阴阳肇基，爰有祖气，祖气者，人之太极也。”“祖气之内，含抱阴阳，阴阳之间，是谓中气。中者，土也，土分戊己，中气左旋，则为己土，中气右转，则为戊土。戊土为胃，已土为脾。”他认为脏气的升降功能都取决于中气，因此，主张“中气之治”。
他认为湿、寒是诸多病证发病和病机的重要因素，因此治疗方面着眼于“中土”，制方常以泄水补火，扶阳抑阴为大法。他指出：“四维之病，悉因于中气。中气者，和济水火之机，升降金木之轴，道家谓之黄婆。”“胃主降浊，脾主升清，湿则中气不运，升降反作，清阳下陷，浊阴上逆，人之衰老病死，莫不由此。以故，医家之药，首在中气。中气在二土之交，土生于火而火死于水，火盛则土燥，水盛则土湿。泻水补火，扶阳抑阴，使中气轮转，清浊复位，却病延年之法，莫妙于此矣。”
《四圣心源》续成后，黄元御回顾此书的写作过程，从1749年二月开始，到1752年完稿，前后四年的时间内，没有按排过专门的撰著时间，也没有著述出一套完整的书稿来。虽然以往多是穷愁的境遇，但可惜的是放走了一些闲暇的时间。尽管皇帝赐以“妙悟岐黄”称誉，十分器重自己，但是自己却不能依赖皇恩不思进取。自己能在医学研究上做出有益贡献的时间已经有限了，应该严格要求自己，抓紧时间，完成对“四圣”典籍的注释和阐述。
新书八部，尊经自成一家言
昌邑黄坤载先生，学究天人，湛深《易》理，其精微之蕴，托医术以自见。著《伤寒悬解》、《金匮悬解》、《伤寒说意》、《长沙药解》、《玉楸药解》、《四圣心源》、《四圣悬枢》、《素灵微蕴》等书，凡八种，一扫积蒙，妙析玄解，自仲景以后，罕有伦比。其宗旨言：中皇转运，冲气布濩，水木宜升，金火宜降而已。顾复初《重刻黄氏遗书序》
删削医著，扶阳抑阴
1753年(乾隆十八年，癸酉)，黄元御四十九岁。他考虑到“良时非多”，决心集中精力将研思的旧章完成，对写出的书草修改定稿。春节过后，他和门人毕维新从故乡赶回北京，投入紧张的撰著天地。这一年，他完成了五部医著的撰写或修改，心里十分得意，认为自己的得天之厚是俗人所不能理解的。
二月初，黄元御着手注释仲景在《伤寒论》和《金匮玉函要略》中用过的方药。仲景字长沙，故此书名为《长沙药解》。书中选取仲景书中常用药物162种。以药为经，以方为纬，于每药之下，先说明它的气味归经，性能功用；再摘录《伤寒》、《金匮》用过这味药物的处方和这个处方所治的病证，逐一作出注释。注释的内容，既考证《神农本草经》中的依据，又指明前贤论述中的得失，简明精当，条分缕析，是一部辩章药性，继承和宏扬仲景药法的重要著作。
《长沙药解》不仅对仲景所用方药系统注释，而且论药释证，探寻机理，以明其用。《长沙药解》的研思，使他对“误药粗工”倍感愤慨。在《长沙药解自序》中写道：“停笔怆怀，中宵而叹，公孙悼倍偏枯之药，以起死人，其药不灵，何则?人已死也。然以治偏枯，则其药灵。偏枯者，半死半生也，偏枯之人而使之不枯，是半死之人而使之不死也，则公孙悼之药能起死人也可。今以起死人之药而治偏枯，其药也不灵，非药之不灵，人之不解也。噫!前古圣人，尝草木而作经，后古圣人，依感复而立法，欲以生人，而后世乃以之杀人，由其不解人理，不解物性也。”他怀着解释药性挽救病人的信念，又时值“仲春之初，东郊气转，北陆寒收”的宜人环境，在其多年颖悟的基础上，竟在当月之内完成了这部阐述制方用药“颇为详悉”的方药著作。
五月，删定《伤寒悬解》。
七月，笔削《金匮悬解》。
八月，修温疫痘疹，到九月十七日改完《四圣悬枢》。
九月下旬，润色《四圣心源》。
九月已届晚秋。常言道：一场春雨一层暖，一阵秋雨一层寒。黄元御在《四圣心源自叙》中写当时的景况和心情说：“维时霖雨初晴，商飙徐发，落木飘零，黄叶满阶。玉楸子处萧凉之虚馆，坐寂寞之闲床，起他乡之遥恨，生故国之绵思。悲哉!清秋之气也，黯然远客之心矣，爰取《心源》故本，加之润色。”从春到秋，他是在繁忙紧张地著述中渡过的，八个月的时间内，定稿五部著作。现在秋时将尽，寒冬临近，天气渐冷，心生凉意，怎不让人产生思乡之情?
在远离家乡的北京，居萧凉寂寞的虚馆，是不是也有慰藉之处呢?事情总是既相反又相成的。黄元御看一看书案上修改好的五部书稿，计五十五卷之多，真有“等身”之感。所以，心里欣然自慰。他在《自叙》中陈述了自己的满意之情：“嗟乎!往者虞卿违赵而著《春秋》，屈原去楚而作《离骚》，古人论述，往往失地远客，成于羁愁郁闷之中。及乎书竣业就，乃心独喜，然后知当时之失意，皆为后此之得意无穷也。向使虞卿终相赵国，屈原永宦楚邦，则《离骚》不作，《春秋》莫著，迄于今，其人已朽，其书不传，两人之得意，不如失意也。当世安乐之人，其得天者诚厚，然隙驷不留，尺波电谢，生存而处华屋，零落而归山丘，身与夕露同晞，名与朝华并灭，荆棘狐兔之中，樵牧歌吟之下，其为安乐者焉在!窃以为天之厚安乐之人，不如其厚羁愁之士，丈夫得失之际，非俗人之所知也。”他面对今年取得的著述成就，对照前几年著述荒疏的岁月，决心集中精力，抓紧时间完成自己为使四圣之业，“一火薪传”的著述。
黄元御在撰述和删修自己的巨著中，十分注重天人相应的哲学观点和扶阳抑阴的医学理论。徐树铭在《昌邑黄先生医书八种序》里说：“八种之书，昔远词文，义闳体博，末学粗工，卒难寻求。昧者未睹玄微，略循枝叶，辄疑黄氏意主扶阳，不无偏胜。不知黄氏之言曰：足太阴以湿土主令，足阳明从燥金化气，是以阳明之燥，不敌太阴之湿。及其病也，胃阳衰而脾阴旺，湿居八九。胃主降浊，脾主升清，湿则中气不运，升降反作，清阳下陷，浊阴上逆。人之衰老病死，莫不由此。此故医家之药，首在中气。中气在二土之交，土生于火而火化于水，火盛则土燥，水盛则土湿。泻水补火，抑阴扶阳，使中气轮转，清浊复位，却病延年，莫妙如此。此黄氏之微言也，神而明之，讵有偏胜患乎!”黄元御扶阳抑阴的方药指导思想，也是他医疗实践经验的结晶。他总结道：“阳性动而阴性止，动则运而止郁，阳盛而生病者千百之一，阴盛而生病者尽人皆是。”
