手把手教你绘制漂亮的桑基图及GSEA-KEGG分析图~

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最近在看文献的过程中，发现两种使用频率很高的图，桑基图（Sankey plots）和GSEA-KEGG分析图，今天给大家分享一下这两种图的详细绘制步骤~

一、桑基图的绘制

1.简介

桑基图（Sankey plots），主要用来展示ceRNA网络。有很多工具可以用来绘制桑基图，不过在这里用的是ggplot2包进行绘制。

2.加载需要的R包

3.读入lncRNA-miRNA-mRNA轴数据

4.对数据进行分类排序

注：要将lncRNA、miRNA和mRNA分类排序计数后排成一排

5.通过ggplot绘制桑基图

注：下图即为制桑基图，按照lncRNA、miRNA和mRNA进行分类，然后每个lncRNA或miRNA或mRNA通过排序进行着色，可调节上图脚本中的参数对图形进行美化。

           

二、GSEA-KEGG分析图的绘制

1.简介

GSEA分析是功能分析的一种，而GSEA-KEGG则是用KEGG的基因集进行GSEA分析的，那么GSEA-KEGG是如何分析以及结果图是如何绘制的呢？--请往下看。

2.加载相关的R包

           

3.导入胆管癌差异分析数据，提取显著上调基因分析作图

4.利用bitr函数获取entrez ID

5.构建genelist

注：由于表达谱的基因ID一般是ensemblID，而 gseKEGG接受的ID是entrezID所以构建genelist要将entrezID、ensemblID和logFC合并

6.构建输入genelist数据

注：gseKEGG的输入必须是排序后的geneList

7.gseKEGG分析

8.根据enrichmentScore对GSEA的结果进行排序

9.绘制结果图

10.美化图片-只显示前三个基因集

注：下图为上调基因富集到的前三个得分最高的通路的图，每一种颜色代表一种通路。