相传天皇氏制干支，伏羲氏作甲历。公元前2697年,黄帝命大挠作甲子，以干支纪年。同时定此年为黄帝元年,甲子为始元。往后每六十年为一甲子，俗称六十花甲。并定一个花甲为一元共六十年，每二十年行一个运，一元共行三个运。三个花甲称为三元共一百八十为一个小周天，并分上元、中元、下元各六十年，共行九运。两个小周天共三百六十年为一个中周天。而三小周天共五百四十年为一个大周天。世间的许多大事的循环都离不开三元九运的制约，短的六十年一个循环，大的一百八十年一个循环，更大的三百六十年一个循环，最大的一般不超过一个大周天一个循环的制约。由黄帝元年开始至今已过去了七十八个花甲，目前正处于第七十九个花甲。也即进入了下元八运。
最近的三元九运年代划分：
上元：
一运坎水 1864年-1883年
二运坤土 1884年-1903年
三运震木 1904年-1923年
中元：
四运巽木 1924年-1943年
五运中土 1944年-1963年
六运乾金 1964年--983年
下元：
七运兑金 1984年-2003年
八运艮土 2004年--2023年
九运离火 2023年-2043年
三元九运学说并非迷信或简单的用于计算纪年了事，三元九运学说是有其天文背景的。上、中、下三元每一元为六十年，这是土、木两星的会合周期。木星绕太阳一周约十二年，称岁星。土星绕太阳一周约三十年，称镇星。其最小公倍数是六十年，也即每六十年土、木两星会合一次。三元共一百八十年，正是太阳系“九星连珠”的周期。此时太阳系的九大行星同处于太阳的一侧，并分布在一个小的扇面形空间，成为太阳系行星大会合，称为“九星连珠”。六十年土木相会与一百八十年“九星连珠”等天文现象，由于天体引力的作用，有可能造成旱、涝、震、人心不稳定等超常自然灾害。我国历史上许多改朝换代都发生于“土木相会”年份或“九星连珠”年份。因此引起统治者的高度关注。
三元九运对世运的预测功能：
1984年至2003年的七运二十年中，由于七赤破军星的作用（后面的紫白九星有更详细的论述），相继发生两次海湾战争、美国“9·11”事件、阿富汗战争、科索沃、车臣战事以及非洲迭起的战乱兵变、恐怖行为、俄国的别斯兰事件、我国八九年秋天的政治风波、中国的非典等。暴力、恐怖、病灾是七运一个显著特色。
2004年至2023年八运二十年刚开始，虽然七运余波未了，中国发生了西藏事件。但八运八白左辅星的作用（后面的紫白九星有更详细的论述）已十分明响，世界金融、房地产业迅猛发展，亚洲国家、中东国家等第三世界国家经济高速发展，迅速进入世界金融业。世界金融中心发生了从美洲大陆向欧亚大陆转移的迹象，到八运末的2023年世界金融中心是否向中、日、韩为中心的亚洲转移？至少，亚洲将成为全球三大金融中心之一。这是因为八运左辅星属土，也是俗称的太白金星当运，与土有关的行业会兴旺发达，如房地产、路桥等。又因土能生金，与金有关的行业也会受益，如金融、股票、钢铁、汽车、金属矿等。
2024年至2043年时运进入下元九运，九运属离火，主旺丁旺财，代表桃花，也代表人际关系。由此可见，九运当头时，色情业会比较旺，同时社会也更加和谐。电力、燃料、石油、照明、光学、太阳能、酒类、热饮、机械加工、制造业、衣帽行、理发、化工、橡胶等行业较旺。另外，火能生土，与土相关的行业还有不错的发展机遇。
三元九运在玄空风水学中的应用更是无处不在，后面将逐步介绍
