生物进化论的漏洞是什么?

我可以断言:这个问题下列举的的“漏洞”，99%都不只是因为了解得还不够多、不够新。

目前进化论已经是一个相当成熟的理论，而且看来近几十年还没有反例出现的可能。但是除了专业前沿的极少数研究者，大多数人对生物进化知识的了解都还停留在30-50年前的成果，而这些疑问的绝大多数都在这半个世纪中得到了解答。

比如有人疑问为何低等的细菌和高等动物同时存在于现代。这是因为生物进化是“适者生存”，而不是“高者生存”，低等也有低等的优势——比如体型小、能耗低、繁殖快。所以在高等生物钻不进去、看不上、忍受不了的边边角角，仍然有低等生物生活的空间。

比如有人问人类进化的缺失环节。实际上它已经在上世纪90年代在非洲发现了。而且不仅是化石，还包括通过DNA分析绘制了人类的进化树、确定了我们智人与各种猿猴猿人和其他人类亚种分化的时间、确定了进化发生的地点与环境动力、甚至确定了人类文化的起源。建议可以去B站看看纪录片《人类的旅程》或搜索“人类 进化”，其中有详细解释。

再比如质疑恐龙为什么没进化出智力的。近些年新发现的几个事实是——其实我们哺乳类比恐龙出现得更早，进化的时间更长；有些种类的恐龙其实很聪明，智力已经达到猿猴的水平；智慧进化的路上，我们的祖先灵长类并非唯一的候选人，甚至不是种子选手，只是在最后一关我们智人抢先了一步，把别人（包括且不限于海豚、虎鲸、章鱼等，甚至包括我们的表兄弟尼安德特人等）挤下去了。——说白了就是我们走了狗屎运而已。

又比如眼睛的产生。这个疑问大约是60年前提出来的，目前已经有完整的证据链了。包括生物的各个进化阶段的眼睛——不完整，但都能用；包括不同类型眼睛的进化过程；包括这些进化过程的基因演化过程等。实际上眼睛的进化过程反而是目前进化论用来反驳神创论的经典案例了。