今天是第2699期日报。
Nature Reviews Microbiology[IF:88.1]
① 胃肠消化道不同区域的菌群分布有显著差异；② 胃菌群独特多样性低，小肠菌群较为独特，多样性低于结肠，大肠和盲肠的菌群最多，多样性最复杂；③ 肠道生理环境和菌群组成随宿主发育和衰老呈现相关变化；④ 肠道管腔中包括有氧浓度、AMP、免疫因子及粘液密度因素等均影响菌群组成，其中粘液层影响最大；⑤ 肠道菌群生物地理学特征改变与疾病密切相关；⑥ 未来研究更加注重多尺度肠道菌群的组成，以及综合关键生物和环境节点的复杂生态系统的刻画。
The gut microbiota and its biogeography
09-22, doi: 10.1038/s41579-023-00969-0
【主编评语】生物地理学是宏观角度探究不同地域生物种群分布和进化的研究。随着近年来对肠道菌群研究的不断深入，以及转录组和单细胞技术的应用，使得人们已经可以在肠道这个微管环境中进一步明确不同种群在肠道中的分布，因此生物地理学的手段已经在肠道菌群的研究中开展应用。近期一篇发表在Nature Reviews Microbiology上的综述对近年来的肠道生物地理学研究进行了详细的回顾和总结，对于基于肠道生物地理学的肠道菌群与疾病的研究进行了展望。（@Zhonghua）
Nature Reviews Microbiology[IF:88.1]
① 结直肠癌（CRC）患者肠道菌群组成结构、代谢途径等发生明显改变；② 携带pks基因岛序列的大肠杆菌、产肠毒素脆弱拟杆菌和具核梭杆菌是CRC驱动因素的证据最为有力，但尚未有特定细菌被证明能直接导致CRC；③ 基因毒性、宿主免疫调节和致癌信号通路激活可能是微生物驱动CRC的潜在机制，菌群或通过细菌生物膜、菌群的净代谢输出影响CRC发生；④ 未来应深入研究微生物群如何影响CRC的发生和进展，开发基于肠道及瘤内菌群的诊断和治疗手段。
The microbial landscape of colorectal cancer
10-04, doi: 10.1038/s41579-023-00973-4
【主编评语】结直肠癌（CRC）的发病率呈上升趋势，已是全球癌症相关死亡的第二大原因，迫切需要改进预防和治疗策略。肠道内数万亿计的微生物构成了肠道微生物群，已被证实与CRC的发生和进展有密切关系。近日，Nature Reviews Microbiology发表综述文章，总结近期关于CRC患者肠道微生物群整体扰动和特定微生物与CRC之间关联的研究证据，阐述了微生物驱动CRC发生的潜在机制以及复杂微生物群落在CRC发病机制中的可能作用，并展望了针对微生物的CRC预防和治疗策略的临床应用前景。（@芥末）
Nature Reviews Clinical Oncology[IF:78.8]
① 饮食是塑造肠道菌群组成和功能的关键因素；② 靶向PD-1、PD-L1或CTLA 4的免疫检查点抑制剂（ICI）疗法可改善肿瘤诱导的免疫抑制；③ 肠道菌群可提高ICI的治疗效果，并降低ICI治疗的副作用；④ 肠道菌群代谢产物（肌苷、氧化三甲胺、环二腺苷酸、吲哚3-乙酸等）增强抗肿瘤免疫；⑤ 饮食、益生元、益生菌、后生元、粪菌移植、人工菌群等可改善肠道菌群，提高ICI疗效；⑥ 根据患者的肠道菌群特性、全身免疫参数和肿瘤特征进行个性化治疗十分必要。
Towards modulating the gut microbiota to enhance the efficacy of immune-checkpoint inhibitors
07-24, doi: 10.1038/s41571-023-00803-9
【主编评语】免疫检查点抑制剂（ICI）通过改善肿瘤周围的免疫微环境来激活免疫细胞活性，从而达到抗肿瘤的效果。过去十年的研究已经确定肠道菌群是一个潜在的治疗目标，通过调节菌群可能克服对免疫检查点抑制剂的耐药性和/或降低治疗的副作用。然而，肠道菌群具体通过哪些机制调节抗肿瘤免疫仍然不清楚。在Nature Reviews Clinical Oncology上发表的一篇综述文章探讨了饮食和肠道菌群在ICI治疗期间塑造免疫反应的作用，并强调了利用肠道菌群作为癌症患者临床管理的实际工具所面临的挑战。（@EADGBE）
Science[IF:56.9]
① 下丘脑弓状核（ARC）可整合食物营养相关信号，以控制和调节代谢；② 能量不足时，ARC中表达刺鼠相关肽的神经元被激活，被瘦素和胰岛素抑制，促进觅食和食物消耗；③ 能量充足时，表达阿片黑素促皮质激素原的神经元被激活，减少食物摄入并增加能量消耗；④ 不同时间尺度上，这些神经元可感知食物线索、胃肠道的进食信号（肠-脑轴）及更长期的能量相关激素信号；⑤ 此外，这些神经元还根据机体的能量状态调整外周组织的多种行为和其他生理过程。
Integrative neurocircuits that control metabolism and food intake
09-29, doi: 10.1126/science.abl7398
【主编评语】人体代谢系统必须不断调整以适应食物摄入的变化，甚至为预期的营养可用性变化做好准备，而这些过程是由复杂的神经网络调节的。理解潜在神经回路的特性以及如何实现反馈调节对于理解肥胖及其相关病理（如2型糖尿病和心血管疾病）的发展非常重要。一篇发表在Science上的综述文章讨论了我们对支持食物摄入、能量消耗和整体代谢的神经通路的理解，并探讨了这些知识如何为治疗肥胖提供新的治疗靶点。（@EADGBE）
Lancet[IF:168.9]
① 纳入463名参与者（68%女性）随机分配接受低剂量阿米替林（232人）或安慰剂（231人）治疗；② 阿米替林在3个月和6个月时的主要结果优于安慰剂，组间IBS-SSS评分差异显著；③ 主观全面评定发现服用阿米替林患者总体改善症状的可能性几乎是安慰剂组的两倍；④ 参与者的焦虑或抑郁评分无显著差异，说明药物可能通过肠道而不是抗抑郁发挥作用；⑤ 阿米替林的不良反应主要与其已知的抗胆碱能作用有关，除便秘和腹泻外（＜10%），严重的不良反应很少。
Amitriptyline at Low-Dose and Titrated for Irritable Bowel Syndrome as Second-Line Treatment in primary care (ATLANTIS): a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial
10-16, doi: 10.1016/S0140-6736(23)01523-4
【主编评语】当一线治疗（如饮食改变、纤维、泻药、止痉挛或止腹泻药物）不能改善症状时，肠易激综合征（IBS）患者会被建议接受低剂量三环类抗抑郁药作为二线治疗。阿米替林作为一种三环类药物，最初用于治疗抑郁症，但其在治疗IBS中的有效性和安全性还未知。近期发表于Lancet上的一项3期临床试验，发现阿米替林比安慰剂能更有效缓解IBS症状，且根据症状反应和副作用滴定剂量时，阿米替林的安全性和耐受性良好。（@RZN）
New England Journal of Medicine[IF:158.5]
① 开展一项多中心、开放标签、随机的3期临床试验，将未接受KRAS G12C抑制剂治疗的转移性CRC患者分3组；② 中位随访7.8个月后，接受960和240mg的索托拉西布+帕尼单抗组及标准治疗组的中位无进展生存期为5.6、3.9和2.2个月，客观缓解率为26.4、5.7和0%；③ 相比标准治疗组，接受960和240mg的索托拉西布+帕尼单抗组的疾病进展或死亡风险比为0.49和0.58，不良事件发生率为35.8和30.2%；④ 皮肤相关毒性作用和低镁血症是联合治疗最常见的不良事件。
Sotorasib plus Panitumumab in Refractory Colorectal Cancer with Mutated KRAS G12C
10-22, doi: 10.1056/NEJMoa2308795
【主编评语】KRAS G12C是一种突变，发生在约3%至4%的转移性结直肠癌患者中。KRAS G12C抑制剂单药治疗仅能产生中等疗效。KRAS G12C抑制剂索托拉西布与表皮生长因子受体抑制剂帕尼单抗联合使用可能是一种有效的策略。近日，加州杜阿尔特市的希望之城综合癌症中心研究人员在New England Journal of Medicine发表最新研究，开展一项多中心、开放标签、随机的3期临床试验，将未接受KRAS G12C抑制剂治疗的转移性CRC患者分3组，发现索托拉西布+帕尼单抗，对化疗难治性转移性结直肠癌更有益，值得关注。（@九卿臣）
JAMA[IF:120.7]
① 纳入8920例参与者（平均55岁，60%为女性），结肠镜检查确认36例CRC和606例晚期腺瘤；② 粪便多靶点RNA（mt-sRNA）检测成功识别其中的34例CRC和278例晚期腺瘤，灵敏度分别为94%和46%；③ mt-sRNA检测对I/II期和III/IV期CRC的敏感性无显著差别，对直径较大或数量超过10个或远端或高级别不典型增生的腺瘤相对更敏感；④ 与粪便免疫化学相比，mt-sRNA检测对CRC（94% vs. 78%）和晚期腺瘤（46% vs. 29%）的灵敏度明显提高。
Multitarget Stool RNA Test for Colorectal Cancer Screening
10-23, doi: 10.1001/jama.2023.22231
【主编评语】风险人群的早期筛查可识别结直肠癌（CRC）及其癌前病变，从而预防CRC的发生和进展，有助于改善CRC的治疗并降低死亡率。传统的结肠镜检查因其侵入性而影响依从率，而粪便免疫化学检测（FIT）存在灵敏度不足等问题，因此，开发新的无创筛查方法是十分必要的。近日，JAMA发表了CRC-PREVENT三期临床试验的结果，发现在45岁及以上人群中，多靶点粪便RNA检测方法ColoSense能够较好识别CRC和结肠晚期腺瘤，敏感性较FIT显著提高。（@芥末）
JAMA[IF:120.7]
① 纳入4757例GLP-1激动剂「4144例利拉鲁肽(L)和613例司美格鲁肽(S)」和654例纳曲酮-安非他酮（BN）使用者，并随访；② GLP-1激动剂的胆道疾病、胰腺炎、肠梗阻和胃轻瘫发生率比BN高，如S、L和BN胆道疾病发病率（千人年）为11.7、18.6和12.6；③ GLP-1激动剂会增加胰腺炎、肠梗阻和胃轻瘫风险（HR分别为9.09、4.22、3.67），但与胆道疾病风险的关联无统计学意义；④ 敏感性分析表明，上述关联的显著性不受高血脂症和肥胖史影响。
Risk of Gastrointestinal Adverse Events Associated With Glucagon-Like Peptide-1 Receptor Agonists for Weight Loss
10-05, doi: 10.1001/jama.2023.19574
【主编评语】胰高血糖素样肽1（GLP-1）激动剂是用于治疗糖尿病的批准药物，最近也被用于减肥，且糖尿病患者胃肠道不良事件（胆道疾病、 胰腺炎、肠梗阻和胃轻瘫 ）的风险增加。近日，发表在JAMA上的这篇文章，检查了与临床环境中用于减肥的GLP-1激动剂相关的胃肠道不良事件。（@圆圈儿）
Nature[IF:64.8]
① 开发了一种新的计算方法，从微生物组数据中挖掘未知（无参考）的微生物蛋白家族；② 分析近2.7万个宏基因组和宏转录组数据，鉴定出11.7亿个长度超过 35 个氨基酸的新蛋白序列；③ 对这些序列进行聚类，归为10.6万个新的蛋白家族（每个家族包含≥100个成员）（用同样方法从参考基因组中获得的蛋白家族数量是9.3万个）；④ 对这些新的蛋白家族进行了基于其分类学、栖息地、地理分布和基因邻域分布的注释，并预测了部分3D蛋白结构。
Unraveling the functional dark matter through global metagenomics
10-11, doi: 10.1038/s41586-023-06583-7
【主编评语】目前对微生物组蛋白多样性的了解，主要基于已知参考基因组和由这些基因组推导出的蛋白家族，而无法映射到参考数据库的序列则成为被忽视的“功能暗物质”。为了解决这一问题，Nature最新发表的一项研究开发了一种计算方法，以不依赖于参考基因组的方式，从宏基因组和宏转录组数据中鉴定新的蛋白家族，极大地拓宽了已知的微生物蛋白及其功能的多样性。（@mildbreeze）
Science[IF:56.9]
① 开发了一种益生菌引导的CAR-T细胞（ProCAR）平台，用于实体瘤治疗；② 以大肠杆菌Nissle1917为底盘构建工程菌，其能定植于实体瘤并向肿瘤核心释放合成抗原ProTag（包含结合肿瘤胞外基质的HBD以及可被工程化CAR-T识别的GFP），从而将肿瘤标记为CAR-T细胞的攻击目标；③ 进一步构建了能共同释放趋化因子的多功能工程菌，增强CAR-T细胞对肿瘤的浸润和治疗反应；④ 在大肠癌、乳腺癌等多种小鼠肿瘤模型中证实了ProCAR的安全有效性。
Probiotic-guided CAR-T cells for solid tumor targeting
10-12, doi: 10.1126/science.add7034
【主编评语】嵌合抗原受体（CAR）-T 细胞治疗等肿瘤抗原靶向疗法在癌症治疗方面很有潜力，但如何找到在异质性实体瘤上特异且均匀表达的合适的抗原靶点，是该疗法面临的一个核心挑战。在Science最新发表的这项研究中，哥伦比亚大学的研究者开发了一种益生菌引导的CAR-T细胞（ProCAR）平台，用工程益生菌特异性定植在肿瘤内，并释放合成抗原来标记肿瘤组织，为CAR-T细胞识别并杀伤肿瘤提供了“精准制导”，从而帮助克服CAR-T细胞疗法用于实体瘤治疗的瓶颈。该方法在小鼠模型中展现出良好的治疗效果，具有临床转化潜力。（@mildbreeze）
Science[IF:56.9]
① 构建基于成年人类小肠类器官和CRISPR基因敲除的高通量筛选平台，对调控人类肠内分泌细胞（EEC）谱系分化的转录因子（TF）进行系统性无偏鉴定；② 发现ZNF800是在内分泌谱系定向分化中起主导作用的转录抑制因子；③ ZNF800直接抑制内分泌TF调控网络（其靶基因包括该网络中的核心TF：INSM1、SOX4、NEUROG3等），从而抑制肠干细胞向EEC分化；④ ZNF800还直接抑制PAX4，PAX4通过抑制ARX来抑制其他EEC亚型的分化，驱动偏向肠嗜铬细胞的分化轨迹。
Unbiased transcription factor CRISPR screen identifies ZNF800 as master repressor of enteroendocrine differentiation
10-26, doi: 10.1126/science.adi2246
【主编评语】肠内分泌细胞（EEC）位于胃肠道上皮，产生各种参与代谢调控的激素。不同EEC谱系的分化是由专门的转录因子网络控制的。然而，由于从成体干细胞分化EEC的效率很低，很难搞清这个调控网络的组成和机制。Science最新发表的一项研究，利用人肠道类器官和CRISPR基因敲除筛选系统，对调控成人EEC谱系分化的转录因子进行了大规模无偏鉴定，发现一个此前功能未知的锌指蛋白转录因子ZNF800，在EEC谱系分化中发挥主导作用，处于内分泌转录因子网络的上游位置。这项工作展示了优化人类类器官在基于CRISPR的功能筛选中的价值潜力，为鉴定人类肠道生理学和病生理学中的其他调节因子铺平了道路。（@mildbreeze）
Science[IF:56.9]
① 噬菌体疗法可抑制特定菌株（如肺炎克雷伯菌），有望用于治疗非传染性疾病（如炎症性肠病）；② 使用噬菌体疗法的方法包括活体口服、活噬菌体引导的纳米系统和使用提纯的噬菌体作用蛋白；③ 共同培养噬菌体和患者的靶向菌株可加快个体噬菌体疗法的发展；④ 研究非传染性疾病的噬菌体疗法仍处于探索阶段，面临噬菌体分离、临床设计选择和噬菌体安全有效使用的挑战；⑤ 现有的药物上市规定需根据噬菌体疗法自身的特点进一步更新。
Phage therapy in noncommunicable diseases
10-19, doi: 10.1126/science.adh2718
【主编评语】噬菌体是一种可裂解细菌的病毒。因其针对细菌的特异性，即不影响真核细胞，被认为是继抗生素之后又一有效的治疗细菌感染的手段。近年来随着微生物在非传染性疾病（包括炎症性肠病、神经系统紊乱、自身免疫疾病、心脏病、糖尿病、癌症和肥胖）的重要角色，噬菌体有望成为精准干预相关菌群的重要手段。Science的这篇综述介绍了噬菌体疗法在治疗非传染性疾病的研究进展，并提出了噬菌体疗法面临的挑战。（@陈绮翎）
British Medical Journal[IF:105.7]
① 肠道微生物的代谢产物与心血管代谢疾病的发生密切相关；② 肠道微生物组可以通过饮食和补充剂干预进行调节，包括益生菌、益生元和合生元；③ 超过70％的临床干预研究发现，这些干预措施使心脏代谢特征（例如血糖水平和胆固醇水平）有了显著改善；④ 这些研究中只有63％报告了肠道微生物组的变化，益生元干预最有可能导致肠道微生物组发生变化，其次是饮食干预，然后是益生菌干预；⑤ 单株益生菌、多株益生菌联用及合生制剂效果并无显著差异。
Evidence for clinical interventions targeting the gut microbiome in cardiometabolic disease
10-09, doi: 10.1136/bmj-2023-075180
【主编评语】心脏代谢疾病是西方国家和中低收入国家中主要的疾病和死亡原因之一。过去的研究已经指出肠道菌群在心脏代谢疾病的发展中起着重要作用，但目前尚不清楚哪些针对肠道菌群的干预措施可以真正促进心脏代谢健康。一篇发表在British Medical Journal上的观点文章评估了人体研究中针对肠道菌群的临床干预措施对心脏代谢结果的影响，并强调特定治疗方案在通过改变肠道菌群来降低心脏代谢疾病风险方面的相关性。（@EADGBE）
British Medical Journal[IF:105.7]
① 超加工食品（UPF）富含生物利用度更高的精制碳水化合物和添加脂肪，以及改善风味和质地的添加剂，可能具有较高成瘾性；② UPF成瘾尚无正式定义，但部分人符合物质使用障碍的标准，研究中常用耶鲁食物成瘾量表评估并显示约14%的成年人和12%的儿童UPF成瘾，表现出成瘾的生物心理机制及临床问题；③ 考虑UPF对部分低收入人群生存的必要性，其成瘾性与社会公平有关；④ 进一步加强UPF成瘾机制和风险研究，可能有助于社会政策和临床管理的改进。
Social, clinical, and policy implications of ultra-processed food addiction
10-09, doi: 10.1136/bmj-2023-075354
【主编评语】超加工食品（UPF）是经一系列复杂工业加工而成的食品和饮料，通常富含精致碳水化合物和添加脂肪，并添加食品添加剂以增加口感、看起来更诱人、闻起来更美味。已有的流行病学证据表明，UPF摄入与多种疾病风险相关。近日，发表于British Medical Journal的“Food for Thought 2023”系列文章中的这篇观点文章指出，与其他加工程度较低的食物相比，UPF可能具有更高的成瘾性，部分人群可能表现出与药物滥用等相似的成瘾行为。文章认为有必要关注UPF成瘾性的机制与风险，通过制定合理的公共政策减少UPF的全球健康风险。（@芥末）
British Medical Journal[IF:105.7]
① 非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是一个与肥胖和代谢紊乱密切相关的公共卫生问题；② 不良饮食促进NAFLD的发展，而适当的营养有助于预防NAFLD；③ 超加工食品、含糖饮料和饱和脂肪摄入过多是NAFLD的主要贡献因素，而健康饮食模式如地中海饮食，可能是最好的预防措施；④ 通过避免肥胖来预防NAFLD是一项具有挑战性的任务，需要所有利益相关者的参与，从政府到家长、教师、社交媒体、食品行业和医疗保健专业人员。
Nutrition could prevent or promote non-alcoholic fatty liver disease: an opportunity for intervention
10-09, doi: 10.1136/bmj-2023-075179
【主编评语】非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的特点是少饮酒或不饮酒的人肝细胞中脂肪堆积，与肥胖、2型糖尿病、血脂异常和动脉高血压等代谢紊乱密切相关。NAFLD的全球患病率逐年增加，目前已达到成年人口的30%以上，估计年增长率为0.7%。NAFLD是一种复杂、异质性和动态的疾病，大约10-15%的NAFLD患者会进展为纤维化（肝脏瘢痕），部分患者还可发展为肝癌。近期发表于British Medical Journal的“Food for Thought 2023”系列文章中，Manuel Romero-Gómez及其同事讨论了饮食和其他可改变因素如何帮助预防非酒精性脂肪性肝病，以及通过意识、教育和政策改变让全社会参与的重要性。（@注册营养师陈彬林）
British Medical Journal[IF:105.7]
① 非糖甜味剂被广泛使用，通常用于替代饮食中的添加糖；② 关于非糖甜味剂摄入的建议经常是不确定的和相互矛盾的，因为缺乏关于长期影响的证据；③ 有几个因素导致了非糖类甜味剂摄入对健康的影响的结论不确定性，特别是在研究设计、方法和对研究结果的解释方面的差异；④ 需要更多的研究来提供支持或反对使用非糖类甜味剂的结论性建议；⑤ 非糖甜味剂使用指南应考虑个别类型的甜味剂和特定的人群亚群，如儿童、孕妇和哺乳期妇女以及糖尿病患者。
Non-sugar sweeteners: helpful or harmful? The challenge of developing intake recommendations with the available research
10-09, doi: 10.1136/bmj-2023-075293
【主编评语】非糖甜味剂通常被用作添加糖的替代品，无论是在普通人群中，还是在肥胖和糖尿病患者中。由于有关部门不断努力降低人们摄入添加糖，非糖甜味剂作为替代品在全球食品供应中无处不在。全球非糖甜味剂市场预计将增长，预计到2032年市场价值将超过4080亿美元，10年内增长7.2%。尽管它们的使用广泛而且不断增加，但它们对健康的影响仍不确定，这导致了支持或反对食用它们的建议通常也是不确定和模棱两可的。近期British Medical Journal杂志的“Food for Thought 2023”专题系列文章介绍了使用非糖甜味剂的争议现状，Valisa Hedrick和他的同事认为：“目前关于非糖甜味剂摄入的证据是不充分的，需要进一步的研究来确定个别非糖甜味剂对健康的影响，特别是在特定的人群亚群中”。（@注册营养师陈彬林）
British Medical Journal[IF:105.7]
① 越来越多流行病学证据表明，超加工食品（UPF）消费与较差的心脏代谢健康（高血压、肥胖、糖尿病、心血管疾病等）有关；② UPF的成分、营养质量、添加剂、加工或包装相关污染物可能是风险来源，其机制可能与消化动力学、营养素生物利用、肠道菌群等相关；③ 现有证据已足够支持立即采取公共卫生行动，帮助民众识别UPF并减少摄入；④ UPF的多样性、具体成分的风险贡献、流行病学研究中的混淆因素等依然影响UPF安全性风险评估和政策制定。
Ultra-processed foods and cardiometabolic health: public health policies to reduce consumption cannot wait
10-09, doi: 10.1136/bmj-2023-075294
【主编评语】食物营养及饮食模式与健康息息相关，但近来人们越发关注食物的加工程度对健康的影响。超加工食品（UPF）通常经过充分的物理或化学加工，并含有多种食品添加剂及其他工业成分。越来越多的流行病学研究表明，食用UPF与体重增加和各种疾病风险增加相关，尤其是心脏代谢疾病。近日，发表于British Medical Journal的“Food for Thought 2023”系列文章中的这篇观点文章，讨论了UPF与心脏代谢疾病的关系，从公共卫生的角度探讨制定针对UPF的政策面临的挑战，指出让消费者认识到UPF的潜在风险是十分必要的。（@芥末）
Nature Medicine[IF:82.9]
① 纳入10名造血干细胞移植（HCT）患者纵向分析表明，HCT患者服用抗性马铃薯淀粉（RPS）作为饮食干预是安全可行且耐受的；② 服用RPS后患者粪便中丁酸含量明显高于未服用时，但由于样本数量有限，菌群α多样性和产丁酸菌群相较对照组均无显著区别；③ RPS组患者血浆中的丁酸、丙酸和乙酸的含量均无变化，与对照组也无显著区别；④ 与基线相比，HCT短期内改变了82种血浆代谢物，虽然3个月后会缓解，但与对照组相比，RPS组的缓解速度更快更好。
Feasibility of a dietary intervention to modify gut microbial metabolism in patients with hematopoietic stem cell transplantation
10-19, doi: 10.1038/s41591-023-02587-y
【主编评语】目前在饮食干预对肠道菌群及其代谢影响的研究领域，还没有针对造血干细胞移植患者的研究。Nature Medicine的这篇临床研究通过对10名患者进行抗性马铃薯淀粉摄入的研究，初步得出该饮食干预的可行性，并计划在此基础上在第二阶段纳入50名患者进行安全性和有效性的研究。（@陈绮翎）
NATURE REVIEWS CHEMISTRY[IF:36.3]
① 特定肠道微生物代谢产物与疾病高度相关；② 饮食、益生菌/元、抗生素、噬菌体、粪菌移植等可调节肠道菌群；③ 小分子抑制剂具有短时、可逆作用和特异性高等优点，可靶向微生态中细菌的特定生理活动，如瘤胃中的甲烷生成、环境中的硫酸盐还原和土壤中的消化作用；④ 也可靶向肠道微生物代谢，如抑制肠道细菌葡萄糖醛酸酶活性、厌氧细菌的胆碱代谢及抑制胆盐水解酶、氨基酸脱羧酶和钼酶等；⑤ 某些针对宿主的药物能与肠道微生物酶发生相互作用。
Targeting the human gut microbiome with small-molecule inhibitors
04-18, doi: 10.1038/s41570-023-00471-4
【主编评语】人类肠道微生物组是一个复杂的微生物群落，与宿主健康和疾病密切相关。然而，这些微生物对宿主生物学影响的详细分子机制在很大程度上仍不明确。开发针对特定微生物活性的非致命小分子抑制剂成为一种强大但未充分利用的方法，也被视为一种具有前景的治疗策略。一篇发表在Nature Reviews Chemistry上的综述文章讨论了小分子抑制剂在微生物生态学中的应用以及面临的挑战。这篇文章有望加深我们对宿主-微生物组相互作用的理解，并可能改变预防和治疗人类疾病的策略。（@EADGBE）
Cell Host and Microbe[IF:30.3]
① 结肠黏液的主要成分是糖蛋白MUC2（80%为O-聚糖），有助于将管腔细菌与宿主上皮分离，形成屏障；② 杯状细胞负责控制糖基化和制造黏液，与潘氏细胞分泌的抗菌物质共同阻挡细菌与小肠上皮细胞的直接接触；③ 共生细菌通过编码多种蛋白质降解和利用粘蛋白和O-聚糖，聚糖也反过来影响共生细菌的肠道定植；④ 共生细菌与黏液层的正常相互作用对于维持人体健康至关重要；⑤ 聚糖降解酶的表征、共生细菌的粘附选择性及其代谢机制仍需要进一步研究。
Intestinal mucus and their glycans: A habitat for thriving microbiota
07-12, doi: 10.1016/j.chom.2023.05.026
【主编评语】人类肠道中寄生着数量庞大的微生物群落，这些微生物对人类的健康起着至关重要的作用。最近发表在Cell Host & Microbe期刊上的一篇综述文章主要探讨了肠道微生物群落与肠道黏液之间的相互作用，以及这种相互作用如何影响人类的健康和疾病。这篇综述为我们更好地理解肠道微生物群落的功能和其对宿主的影响提供了重要的见解。此外，对肠道黏液的组成和结构的了解对于开发新的治疗策略和预防措施也具有重要意义。（@EADGBE）
Cancer Cell[IF:50.3]
① 纳入101名接受放化疗宫颈癌患者分析其瘤内细菌与不良反应间关系，与靶向培养结合以识别与耐药性相关的肿瘤菌群；② 瘤内专性产L-乳酸的乳酸菌，惰性乳杆菌与患者生存率降低有关，会在宫颈癌细胞中诱导化疗和放射耐药并导致肿瘤中代谢重新连线或多种代谢途径改变；③ 与其他身体部位共生的基因组相似产L-乳酸的乳酸菌也与结直肠癌、肺癌、头颈癌和皮肤癌等低生存率相关；④ 瘤内微环境中乳酸菌会改变肿瘤代谢和乳酸信号通路引起治疗耐药性。
Tumor-resident Lactobacillus iners confer chemoradiation resistance through lactate-induced metabolic rewiring
10-19, doi: 10.1016/j.ccell.2023.09.012
【主编评语】肿瘤微生物群可以产生影响肿瘤和免疫细胞信号、代谢和增殖的活性代谢物。近日，得克萨斯大学安德森癌症中心研究人员在Cancer Cell发表最新研究，纳入101名接受放化疗的宫颈癌患者，分析其瘤内细菌耐药情况以及与不良反应间关系，发现产生乳酸的肿瘤内细菌会对放化治疗产生耐药性，值得关注。（@九卿臣）
Nature Biotechnology[IF:46.9]
① 靶向厌氧菌的切除前抗生素干预可显著提高结直肠癌（CRC）患者的存活率；② 开发载有抗生素银替硝唑复合物LipoAgTNZ的脂质体递送系统，消除原发肿瘤和肝转移瘤中的肿瘤相关细菌，但不引起肠道菌群失调；③ 促肿瘤具核梭杆菌或益生大肠杆菌尼氏菌定植的CRC小鼠对LipoAgTNZ治疗有反应，且长期存活率大于70%；④ 抗生素治疗产生微生物新抗原，引发抗肿瘤CD8+ T细胞；⑤ 异源和同源细菌表位增强免疫原性，启动T细胞识别感染和未感染的肿瘤。
Killing tumor-associated bacteria with a liposomal antibiotic generates neoantigens that induce anti-tumor immune responses
09-25, doi: 10.1038/s41587-023-01957-8
【主编评语】肿瘤菌群是影响癌症进展的因素之一。近日，发表在Nature Biotechnology上的这篇文章，成功开发既能杀死肿瘤相关细菌又能诱导抗肿瘤免疫反应新抗原产生的新型脂质体抗生素，为菌群免疫治疗干预措施提供策略。（@圆圈儿）
Lancet Microbe[IF:38.2]
① 纳入161名尼日尔门诊治疗的严重急性营养不良儿童分别接受阿莫西林和安慰剂，随访12周（35名随访2年），还纳入38名无严重急性营养不良儿童和6名年龄相仿的严重急性营养不良儿童，收集粪便样本测序；② 随访12周，发现阿莫西林会导致肠道菌群丰富度下降，且从基线到第1周，抗生素耐药基因丰度增加，但在3周后可恢复到基线；③ 相比安慰剂组，阿莫西林治疗两年后的儿童菌群更加多样化和丰富，且微生物组已经成熟与年龄相仿的健康儿童相近。
Effect of amoxicillin on the gut microbiome of children with severe acute malnutrition in Madarounfa, Niger: a retrospective metagenomic analysis of a placebo-controlled trial
10-19, doi: 10.1016/S2666-5247(23)00213-6
【主编评语】营养不良是由于供给不足或食物不能充分吸收利用，造成能量及蛋白质缺乏，使身体不能持续正常代谢，迫使机体消耗自身的组织，从而出现体重不增或减轻、生长发育停滞、脂肪逐渐消失、肌肉萎缩等症状的一种疾病。近日，华盛顿大学医学院研究人员在Lancet Microbe发表最新研究，发现在接受严重急性营养不良治疗期间，服用抗生素的儿童体重会增加。进一步随访和采集粪便样本分析发现，对营养不良儿童进行抗生素治疗可以改善肠道微生物群的发育，但也不可忽视抗生素耐药基因在前期的累积，值得关注。（@九卿臣）
Gastroenterology[IF:29.4]
① 2种结直肠癌（CRC）小鼠模型中，混合高纤维饮食可促肿瘤发生，抗生素和粪菌移植实验表明肠道菌菌群参与其中；② 可溶性纤维（菊粉和瓜尔豆胶）是该饮食中的促CRC成分，而不是不溶性纤维（纤维素）；③ 过量可溶性纤维诱发肠道菌群失调，单形拟杆菌富集、假长双歧杆菌耗竭，伴随粪便丁酸和血清胆汁酸增加、肌苷减少，部分介导了促CRC作用；④ 菊粉的作用呈剂量依赖性，移植高菊粉饮食小鼠粪便会增加无菌小鼠结肠细胞增殖和致癌基因表达。
High soluble fiber promotes colorectal tumorigenesis through modulating gut microbiota and metabolites in mice
10-17, doi: 10.1053/j.gastro.2023.10.012
【主编评语】香港中文大学于君、陆军军医大学魏泓和王勇及团队在Gastroenterology，在结直肠癌（CRC）模型小鼠中，探究了不同类型膳食纤维对肿瘤发生发展的影响，首次发现过量的可溶性膳食纤维（在饲料中占20%）通过引发肠道菌群失调，改变影响肿瘤发生的代谢物水平，从而呈现促肿瘤作用。结合此前在Cell发表的研究（https://www.chinagut.cn/papers/read/1035997294），这些发现提示，虽然适量摄入可溶性膳食纤维对改善菌群和健康有积极作用，但要警惕过量补充时可能带来的健康风险。（@mildbreeze）
Cell Host and Microbe[IF:30.3]
① 益生元果胶低聚糖（pec-oligo）在小鼠小肠中诱导高水平的免疫球蛋白A（IgA）；② 高水平的IgA在停止益生元治疗后仍保留，且益生元重塑的菌群以水平或垂直方式传递高水平的IgA ；③ 高水平的IgA主要由小肠中的CD4+ T细胞驱动；④ 整个益生元细菌群落中富集的细菌类群与同一群落中IgA包被的微生物不同；⑤ 毛螺菌科细菌A2在高IgA小鼠体内富集，并驱动高水平的IgA。
Select symbionts drive high IgA levels in the mouse intestine
09-29, doi: 10.1016/j.chom.2023.09.001
【主编评语】免疫球蛋白A（IgA）是维持粘膜表面稳态的重要因素，但肠腔内IgA水平差异很大。近日，发表在Cell Host and Microbe上的这篇文章，证明益生元果胶低聚糖（pec-oligo）通过富集有限数量的微生物来提高肠道中的IgA水平。（@圆圈儿）
Cell Host and Microbe[IF:30.3]
① 生命早期阶段同时暴露于抗生素和高脂饮食会导致早发性和持久性的肥胖和代谢功能障碍；② 抗生素处理和高脂饮食通过降低小鼠小肠中鼠联合乳杆菌（L. murinus）的丰度和使肠道脂质代谢失调，从而促进肥胖；③ 抗生素处理和高脂饮食通过降低肠道上皮细胞PPAR-γ受体的活性以加剧肥胖；④ 乳杆菌衍生的代谢产物苯乳酸通过上调肠道上皮细胞中PPAR-γ的功能，保护小鼠免受早期暴露于抗生素和高脂饮食引起的代谢功能障碍。
An early-life microbiota metabolite protects against obesity by regulating intestinal lipid metabolism
10-03, doi: 10.1016/j.chom.2023.09.002
【主编评语】生命早期菌群保护儿童免受肥胖环境因素的机制尚不清楚。近日，发表在Cell Host and Microbe上的这篇文章，研究生命早期菌群失调如何促进高脂饮食引起的肥胖，发现微生物代谢物苯乳酸（PLA）可激活小肠上皮中的保护途径，调节肠道脂质代谢并预防生命早期与抗生素相关的肥胖。（@圆圈儿）
Cell Metabolism[IF:29]
① 结肠巨噬细胞位于小鼠隐窝上皮细胞附近，以雷帕霉素复合物1（mTORC1）依赖性方式代谢支持上皮细胞增殖；② 巨噬细胞中结节性硬化症复合体 2（Tsc2）激活mTORC1信号传导，从而防止结肠炎引起的肠道损伤，并诱导多胺亚精胺和精胺的合成；③ 结肠上皮细胞会吸收由mTORC激活的巨噬细胞产生的外部多胺，重构细胞代谢，以增强和保障细胞增殖；④ 对巨噬细胞中多胺产生的遗传干扰会改变结肠中整体多胺水平并影响上皮细胞增殖。
Metabolic support by macrophages sustains colonic epithelial homeostasis
10-06, doi: 10.1016/j.cmet.2023.09.010
【主编评语】肠道上皮细胞层作为一道屏障，分隔开肠腔内容物和身体的其他部分。当上皮细胞自我更新功能出现紊乱、肠道菌群或免疫功能失调时，可能会导致炎症性疾病。近日，维也纳医科大学研究人员在Cell metabolism发表最新研究，发现结肠中的巨噬细胞与上皮隐窝细胞紧密接触，并通过mTORC1信号通路为其提供代谢支持。特别当肠道上皮细胞面临增殖压力（如炎症性肠炎）。巨噬细胞产生的多胺会被上皮细胞摄取，进而优化其细胞代谢，以最大化增殖和防御功能，值得关注。（@九卿臣）
Gut[IF:24.5]
① 一项随机对照交叉试验，59名超重成人进行14天益生元（菊粉30g/天）和安慰剂干预，探究益生元对食物决策相关大脑活动的影响；② 益生元降低了受试者面对高热量食物刺激时大脑腹侧被盖区和右侧眶额皮层（奖赏相关决策区域）的活动；③ 益生元改变了肠道菌群，产短链脂肪酸（SCFA）的双歧杆菌增多，69个菌群功能通路改变；④ 鉴定出与脑活动变化相关的菌群变化特征，如放线菌丰度和产SCFA相关功能通路（如ABC转运体代谢）的上调等。
Prebiotic diet changes neural correlates of food decision-making in overweight adults: a randomised controlled within-subject cross-over trial
10-04, doi: 10.1136/gutjnl-2023-330365
【主编评语】肠道菌群通过调节肠-脑轴，对进食行为有潜在影响。Gut近期发表的一项研究，通过人体试验表明，短期高剂量补充特定益生元，能在超重成年人中减弱食物决策过程中与奖赏相关的大脑活动，这些变化伴随着肠道菌群的改变。这些发现有助于开发新的策略，以促进人们的健康饮食行为。（@mildbreeze）
Cell Metabolism[IF:29]
① 构建节食+压力诱导的过度进食障碍（OD）小鼠模型，发现肠道菌群的变化是过度进食的一个驱动因素；② OD小鼠的肠道菌群组成和代谢物改变，如乳杆菌和瘤胃球菌减少、犬尿酸（KYNA）降低，伴随着肠迷走神经-孤束核-丘脑室旁核环路的过度兴奋，从而驱动小鼠过度进食；③ 临床神经性贪食症患者中也有相似的肠道菌群和KYNA的变化；④ 补充普氏粪杆菌（属于瘤胃球菌科）或KYNA能改善OD小鼠症状。
Microbiota-gut-brain axis drives overeating disorders
10-03, doi: 10.1016/j.cmet.2023.09.005
【主编评语】中国科学技术大学熊伟、上海精神卫生中心陈珏、安徽医科大学李敏与团队，近期在 Cell metabolism发表研究，探究了暴饮暴食症（OD）中过度摄入美味食物背后的菌群-肠-脑轴机制，发现压力+节食可改变肠道微环境，肠道菌群的变化和特定代谢物（如：犬尿酸）的减少，使得肠迷走神经-孤束核-丘脑室旁核环路的过度激活，导致小鼠出现对可口食物的过度偏好和暴饮暴食行为。该研究揭示了菌群-肠-脑轴如何介导进食调节和能量平衡，并为OD提供了新的治疗策略。（@mildbreeze）
Nature Microbiology[IF:28.3]
① 纳入262例急性/慢性肝病患者，共采集847份粪便样本进行宏基因组测序和靶向代谢组学分析；② 肝病住院患者的微生物组多样性降低，其生物活性代谢物（如影响免疫防御和肠上皮屏障完整性的短链脂肪酸和胆酸衍生物）缺乏；③ 接受口服但不可吸收的二糖乳果糖治疗的患者肠道双歧杆菌丰度增加，全身感染发生率和死亡率降低；④ 双歧杆菌可代谢乳果糖产生高浓度乙酸，使人类和小鼠肠道变酸，两者相结合可降低耐万古霉素的粪肠球菌等耐药菌的生长。
Bifidobacteria metabolize lactulose to optimize gut metabolites and prevent systemic infection in patients with liver disease
10-16, doi: 10.1038/s41564-023-01493-w
【主编评语】慢性肝病的进展是由肝细胞丧失、炎症和纤维化引起的。这一过程会导致关键肝功能的丧失，增加发病率和感染风险。治疗肝功能衰竭并发症的医疗干预措施，包括对全身性感染的抗生素治疗和对肝性脑病的乳果糖治疗，可影响肠道微生物组的组成和代谢物的产生。近日，芝加哥大学研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，通过体外、动物和人群试验证实乳果糖和双歧杆菌可作为一种合生制剂，有效降低严重肝病患者的感染率，值得关注。（@九卿臣）
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