西医在慢性疾病和亚健康上的无力促进了功能医学诞生。
医疗费用日益高涨、对慢性病缺乏有效对策、大多数处方药都有副作用、以及现今医疗对某些疾病(如癌症、心脏病、糖尿病、慢性疲劳症等)的无力感，导致无数的美国人转而寻求另类疗法,近来已有超过40%的美国民众寻求另类医疗。 过去十年来，愈来愈多美国民众追求顺势疗法、自然疗法、整脊、针灸、草药、按摩、及营养医学来解决他们的慢性健康问题，如今这些另类疗法成为健康的主流。
而功能医学包含这些所有疗法，功能医学不同于这些疗法之处在于其所着重的是建立及维护健康的功能或过程。为了达到这样的目标，功能医学整合跨越不同领域的知识，包括生化学，草药医学、临床生态学、内分泌学、环境毒物学、胃肠学、基因学、肝脏学、免疫学、免疫毒物学、自然医学、神经学、神经毒物学、营养学、生理学、神经心理内分泌学、及神经心理免疫等。
每个人都想健康，可是为什么看到大家的健康都变得不好？为什么患疾病的人越来越多？看看我们现在的健康和医疗体系，是让我们的健康越来越好？还是越来越糟？看看周围的人，患上癌症的人是不是越来越多？过劳死是不是常出现在新闻？你接触的人是不是常常疲劳，身体酸痛，还有许多说不出疾病和不舒服？
2000年Dr.Starfield在权威杂志《美国医学会期刊》（JAMA）发表了一篇极具震撼的论文，统计显示每年美国12,000件不适当手术，20,000件院内错误作业，8,000件院内感染，10万6千件非错误用药但发生不良反应，造成高达二十余万件的“医源性”死亡病例！
如果把这个计算到十大死亡原因的话，则排名仅次于心脏病与癌症而高居第三，换句话说，原来是要帮助找回健康的医疗作业，竟然成为第三大杀手！对许多人而言，简直是匪夷所思吧！事实上，此统计没有包括非住院病人及只有产生伤残而无死亡的个案。
主流医学的“潘多拉宝盒”被打开了，这是发生在全世界医疗支出最高的国家，现代主流医学的“鼻祖”身上！而中国医护人员水平和素养，整体医疗条件都远远不如美国，完全可以推测我们远远比美国要严重得多！
现代人的健康如果真要完全交给西医，除了要冒上面提到的第三号杀手的风险，还有包含前两大死亡病：心脏病与癌症的高发生率。因为现代西医的逻辑是治病，不是治人！当人的健康发生异常，在进入疾病前，西医几乎是束手无策的，即使进入西医能够诊断出疾病的阶段，治疗的功效往往也只是着眼于疾病现象的消除，而不是真正的恢复健康。
这一部分，在美国早已经在1950年代觉醒了，而台湾最近也看到有些人的努力与贡献，但整体而言，大多还是如同在温水中即将被煮熟的青蛙，不知跳离背离健康的危险。这就是上述提到，现代人无法脱离不健康的原因：错误或不当的健康观念根深蒂固，对于形成的危险趋势视若无赌，健康的新趋势无法接受，或信心不强，无法全然自我改变，看不到危险，或者对新方法的质疑，无法放开旧树藤的手，跳上健康的树上，始终摇摆震荡来回在生病的老树上。
在上世纪七十年代，一批美国医学家意识到这个问题，意识到现代医疗肯定在某些地方出了问题，开始寻找出路。首先他们认为身体不适和慢性疾病发生，可以从分子水平来矫正，因为人体是由有机分子构成，从而发展出了“分子矫正学”，期望使用正性分子来治疗我们退化性疾病；后来认识到作为生命的基本单位的细胞功能如果良好，身体就该健康；疾病的根本原因是细胞功能减退或丧失，如果我们能滋养好细胞，疾病肯定会消除，身体会恢复健康，于是出现了“细胞营养学”，进而出现“基因营养学”，透过改变基因环境治愈疾病恢复年轻。
在临床实践中，“细胞营养学”或“基因营养学”在健康领域、慢性疾病领域和抗衰老领域取得巨大成功，促进了营养保健品行业极大繁荣和发展，自从上世纪70年代开始，人类进入了“营养素时代”，营养素几乎成了生活必需品。
但是，“细胞营养学”或“基因营养学”仍有其局限，从生命基本单位考量，忽视了细胞组成生命的整体和系统的内在联系和功能分工，只有在细胞营养学基础上全面而系统的分析生命整体，以平衡为核心，才能真正认识生命的本源。
所以，一批医学专家在分子矫正学、细胞营养学和西医的基础上，结合现代分子生物学、预防医学、免疫学、营养学、抗衰老医学和遗传学，考虑外界环境对人体的影响，全面、系统认识人体内在及内外平衡，发展出新的一门临床医学------功能医学。
功能医学是一种完整性并具有科学基础的医学，是融合分子医学和现代营养医学为基础的临床医学。除了治疗疾病外，它更提倡健康的维护，利用各种特殊功能性检查来了解和系统分析我们身体各系统功能下降原因，再依其结果设计一套【量身订做】式的营养治疗建议、生活方式指导等，帮助预防疾病，改善亚健康症状及慢性疾病的辅助治疗，享受更优质的生活。
功能医学的应用
（1）健康检测要包含功能性检测
（2）调整生活方式来保障健康
（3）养成使用功能性营养素食品的习惯
（4）对于慢性病和治疗困难的疾病从功能上找原因
功能医学的评价
功能医学是评估我们人体营养状况，慢性疾病的原因，代谢调控机制等问题的新突破。
------郭礼和博士（分子生物学家，中国生命科学院生化与细胞研究所）
功能医学可以帮助我们让好基因勤劳，让坏基因懒惰，不但能预防严重疾病，而且能在这些疾病早期确诊阶段治好它。
-------Tetsuo Shioi教授（日本京都大学医学院）
功能医学是帮助我们寻找健康，而不是疾病，相信他定能为我们更多人揭开长期健康困扰的迷思。
-------Jeffrey Bland （美国功能医学之父）
中国功能医学研究院河南省分院
西医是循证医学，关注病人现有症状，不能整体研究疾病根源；
中医是经验医学，关注病人自身感受，不能量化身体指标变化
功能医学是循源医学，关注病人整体状况，探求病源做到标本兼治。
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