袁崇焕二次镇守辽东争议比较大的就是私斩毛文龙。
毛文龙（1576年2月10日—1629年7月24日），字振南，一名毛伯龙，浙江杭州府钱塘县（今浙江省杭州市上城区）人。1605年（万历三十三年春），其舅沈光祚推荐到宁远伯李成梁帐下，开始了在辽东的军事生涯。同年九月，参加了辽东的武举考试，“列名第六”，被任命为安山百户，不久又升千总，1608年（万历三十六年），升叆阳守备。
辽东失陷后，带兵攻取镇江（今丹东），被王化贞赏识，授职为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内陆一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，今属朝鲜，改名椴岛。
在登莱巡抚袁可立的支持下，毛文龙孤悬海外，不时侵扰后金的后方，牵制后金。在宁远之战和宁锦之战过程中主动出击，攻打沈阳、辽阳等地，使后金首尾不能相顾，事后也得到了袁崇焕的承认，并上报朝廷。
天启二年（1622年）八月，毛文龙攻克樱桃涡、涡站。
天启二年（1622年）九月，毛文龙的部队攻克满浦、昌城。
天启二年（1622年）十月，毛文龙部攻克永宁等堡。
天启二年（1622年）十月，毛文龙与后金军在凉马佃大战，双方都付出了重大伤亡。
天启三年（1623年）春，后金反攻旅顺毛文龙部被击溃。
天启三年（1623年）毛文龙不断派人深入后金，进行“煽惑”，致使大批辽民“叛去”，投向明朝。后金的许多贝勒大臣都认为：“毛文龙之患，当速灭耳！文龙一日不灭，则奸叛一日不息，良民一日不宁。”
天启四年（1624年）四月，毛文龙沿鸭绿江秘密北上，进入长白山区，在高岭、沙松牌大战中大败后金，后金仅军官就有16人被俘。
天启四年（1624年）七月，毛文龙又于把骨寨、骨皮宏、分水岭三场大战，三战三胜。
天启五年（1625年），海州（辽宁海城）所属张屯的汉人秘密联络明将毛文龙派兵，袭击本屯的满人（《清太祖武皇帝实录》，卷4，8页），同时在这一年，镇江、凤城、岫岩、长岛、双山、平顶山、海州、鞍山、首山、彰义等十余处掀起了反抗后金的武装斗争。
天启六年（1626年）努尔哈赤攻宁远时毛文龙袭击永宁，后金被迫回师。
天启六年（1626年）宁远之战后努儿哈赤于四月亲率大军征蒙古喀尔喀，毛文龙随即进攻鞍山，因后方吃紧努尔哈赤被迫回师。
天启七年（1627年）正月至四月，后金以空虚沈阳为代价精锐尽出，以重兵对毛文龙的东江镇和朝鲜发动了“丁卯之役”，毛文龙奋起反抗在铁山、瓶山、昌城、鸭绿江取得的“五战而五胜”，但终因袁大人两次抗命、拒绝策应、最终敷衍了事而贻误了抄袭沈阳的战机，致使关宁军在四个月的时间里未能有效策应朝鲜和东江镇，导致朝鲜和后金结为“兄弟之盟”，毛帅被朝鲜驱逐而退守皮岛。
天启七年（1627年）六月，皇太极攻“宁、锦”时毛文龙袭击昌城、辽阳，迫使了后金再次回师。袁大人在“宁锦大战”以后还特为毛帅请功：“孰知毛文龙径袭辽阳，旋兵相应，使非毛帅捣虚，锦宁又受敌矣！毛帅虽被创兵折，然数年牵制之功，此为最烈！” （《三朝辽事实录》卷十八，天启七年八月，辽东巡抚袁崇焕奏言；《两朝从信录》卷三十一，天启七年八月，辽东巡抚袁崇焕上言。）
毛文龙虽然牵敌有功，但是朝廷之内对其争议不断，擅自开市，杀降冒功，等等一系列行为让袁崇焕觉得无法节制，据说袁崇焕出关之际，钱龙锡就与其商量：“文龙可用则用之，不可用则处之“。
袁崇焕开始着手准备降服毛文龙的工作。
首先，奏请朝廷监理皮岛粮饷，把帐管起来。
其次，改变朝鲜贡道，把原经登州的贡道改为经宁远到北京，切断朝鲜与毛文龙的联系，切断来自朝鲜的财路。
再次，提请兵部登、莱实行海禁，不许片帆入海。
最要命的是发往东江的粮饷须由山海关运往宁远觉华岛，经蓟辽督师衙门清点后再运往东江，一改以往由登、莱直接运往东江的惯例。
毛文龙无可奈何，大叫道：“拦喉切我一刀，必定立死。”对此，袁崇焕总结：“自去年十二月，臣安排已定，文龙有死无生矣。”
毛文龙被逼无奈，上奏：“臣抱敕印进登州候旨，逮臣进京，悉听公议，治臣以罪，完臣一生名节，免误封疆大事。”他带兵前往登州莱州游行示威，前往闹饷。
袁崇焕不得已发十船粮食往东江，又以金银、猪羊酒等犒劳安抚毛文龙的部下，并手书书信将毛文龙邀至宁远进行安抚。一心想杀毛文龙的袁崇焕并未在宁远动手，而是考虑到：“屠诸宁远，而其下不共闻，且恐有负故窟为梗者。”为避免在宁远杀毛文龙其手下生变，袁崇焕决定孤身登岛，解决毛文龙。
崇祯二年五月二十二日，袁崇焕就以阅兵为名，先到达清江，对将士进行慰问、检阅。
二十六日乘船到达双岛，检阅兵船，后一路巡视沿途小岛，二十八日到双岛，拜龙王庙。
直到六月初一，毛文龙姗姗来迟，登岛前来会面。
袁崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，毛文龙没有觉察袁崇焕的意思。袁崇焕同他商量更改营制，设立监司，毛文龙很不高兴。袁崇焕用离职返乡劝说他，毛文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”袁崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请毛文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。毛文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。袁崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。袁崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。毛文龙说：“这些人都是我的孙子。”袁崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
袁崇焕话锋一转，诘问毛文龙几桩违令的事情，毛文龙做了对抗性的辩解。袁崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕历数了毛文龙的十二罪状：
1.祖制，大将在外，必命文臣监，尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩；
2.....尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩；
3.....尔奏有牧马登州取南京如反掌语，大逆不道，三当斩；
4.每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗又半，侵盗军粮，四当斩；
5.擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩；
6.部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千...，六当斩；
7.剽掠商船，自为盗贼，七当斩；
8.强取民间子女...八当斩；
9.驱难民远窃人参，不从则饿死...九当斩；
10. 拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩；
11. 铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩；
12. 开镇八年，不能复寸土，观望养敌，十二当斩！
宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。袁崇焕召他的部将来说：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道毛文龙数年劳苦的，袁崇焕训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀毛文龙一个人，其他人都没有罪。
于是命棺敛文龙。明日具牲醴拜奠曰：“昨斩尔，朝廷大法；今祭尔，僚友私情。”
袁崇焕斩杀毛文龙争议非常大，有认为毛文龙妨碍袁崇焕与后金议和，也有认为他整理了辽东军事管理，节制了东江军。
事后，崇祯帝勉强认可了他的斩将行为，不过也成为他日后被杀的罪名。
袁崇焕斩毛文龙后，可说是为后金长驱南下解除了后顾之忧，三个月后就发生了后金兵临北京城下的“己巳之变”——后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京
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