（一）弘光政权

北京陷落，留守南京的明朝官员拥立福王朱由崧监国，朱由崧即皇帝位，改年号为弘光。这时的南明还占据半壁江山，可惜派系斗争导致内部分裂，接连又发生“大悲案”、“太子案”和“童妃案”，进一步削弱了弘光政权的凝聚力。

弘光元年（1645年），清军平定李自成的大顺政权后，开始对南明用兵。南明内部政令不通，主帅无法调动兵力，清军一路攻破徐州、扬州、镇江等重镇，直逼南京。弘光帝朱由崧逃奔芜湖，留守南京的官员献城投降。清军接着挥师芜湖，弘光帝被俘，弘光政权垮台。

（二）隆武政权

1645年，盘踞在福建一带的郑芝龙等人拥立唐王朱聿键在福州称帝，年号隆武。隆武帝虽有才华，但在郑芝龙的控制下，难以施展抱负。

隆武元年（1645年），隆武帝派兵出仙霞关与清兵交战，失利。

隆武二年（1646年），清军兵分两路进军福建，郑芝龙按兵不动，隆武帝被俘绝食而死，隆武政权灭亡。郑芝龙不顾郑成功的苦劝投降清军，郑成功率军退守福建、广东沿海城市继续反抗。

隆武帝被害后，唐王朱聿鐭在广州自立，年号绍武。40多天后，清军攻破广州城，俘虏绍武帝。绍武帝趁看守不备自缢而亡，绍武政权覆灭。

隆武帝被害后，桂王朱由榔监国称帝，年号永历。永历政权联合大顺军残部抗击清军，一度收复广西、湖南等省。

永历政权内部不统一，各政治派别互相攻讦，导致军心不稳，纷纷投降清军。1659年，永历帝朱由榔见大势已去逃往缅北，永历政权名存实亡。

1662年，吴三桂在昆明绞杀永历帝朱由榔，永历政权灭亡。

（五）明郑时期

1661年，郑成功率军围攻荷兰殖民者设在台湾的基地。次年，荷兰殖民者向郑成功投降，台湾成郑成功抗清的根据地。

1683年，郑成功后人降清，清朝正式统一全国。

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