1864年7月19日，湘军掘地道轰塌太平门城垣，蜂拥抢入太平天国都城天京(今南京)。太平军与敌人展开巷战，至21日城内太平军将士万余人，全部壮烈牺牲，无一降者。数百名官员与家属，集体自焚。历14年、席卷18省的太平天国运动就这样被扼杀了。
然而，湘军的到来，带给南京的不是和平和重新，而是杀戮。湘军开始大肆屠城，无论老幼，秦淮长河，尸首如麻，50余万人在此次事件中丧生。
湘军进入天京(今南京)后，见人就杀，见屋就烧，见财物与女子就抢。直杀得天京城内血流成河，尸体涌进长江，几乎使江水不流。据曾国藩记载，湘军“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河，尸首如麻”，“城内自伪宫逆府以及民房悉付一炷”，“万室焚烧，百物荡尽，而贡院幸存”， “自五代以来，生灵涂炭，殆无愈于今日。” 这次屠杀，是历来南京灾难中最惨烈的一次。屠城、焚烧城后，南京连一棵完整的树都找不到了。
曾国藩的幕僚赵烈文在《能静居日记》记载：“沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀，数十刀”。 清人记载：“金陵之役，伏尸百万，秦淮尽赤;号哭之声，震动四野。”所谓伏尸百万，除了战死者，就是曾国藩在城内外屠杀的平民。“皖南及江宁各属，市人肉以相食，或数十里野无耕种，村无炊烟。”
太平天国强盛时，南京城最多有100万人。可到光绪登极的1875年，人口还不到50万。由此南京在这场浩劫中就有50万人丧生。
其实，太平天国在11年前，一样犯进行过屠杀。 1853年洪秀全太平军攻下南京。按照上帝教的教义，属于“妖孽”的满人必被杀死，于是八旗连满族妇女“俱登城佐守”。太平军“屠驻防婴孺无遗，复驱隐匿之妇女出聚宝各门尽于桥上杀之，河水皆赤”。《金陵省难纪略》记载为：“数百万生灵，城初破死者盖已不下数十万矣。”
