五行学说认为，宇宙间的一切事物都是由木、火、土、金、水这五种基本物质所构成，自然界一切事物和现象的发展变化，都是这五种物质不断运动和相互作用的结果。五行学说在中医学领域中的应用有很多，对于五脏(肝、心、脾、肺、肾)，主要是运用五行的特性来分析和归纳人体的脏腑、经络、形体、官窍等组织器官和精神情志等各种机能活动，构建以五脏为中心的生理病理系统，并与自然环境相联系，建立天人一体的五脏系统。
五行学说将人体的内脏分别归属于五行，采用“取象比类”的方法以五行的特性来说明五脏的部分生理功能。如：木有生长、升发、舒畅、条达的特性，用以类比肝喜条达而恶抑郁，疏通气机的生理机能，故肝属木；火有温热、向上、光明的特性，用以类比心阳对人体的温煦作用，心所主的血液在心阳的温煦下循行全身，故心属火；土性敦厚，有生化万物的特性，用以类比脾运化水谷，化生精微以营养脏腑形体，为气血生化之源，故脾属土；金性清肃、收敛、清洁，用此来类比肺以清肃下降为顺，清除废物，故肺属金；水具有滋润、下行、闭藏的特性，用以类比肾具有藏精、主水液的功能，故肾属水。
中医学在五行与五脏对应关系的基础上，根据脏腑组织的性能、特点，将人体的组织结构分属于五行，以五脏(肝、心、脾、肺、肾)为中心，以六腑(实际上是五腑：胃、小肠、大肠、膀胱、胆)为配合，支配五体(筋、脉、肉、皮毛、骨)，开窍于五官(目、舌、口、鼻、耳)，外荣于体表组织(爪、面、唇、毛、发)等，形成了以五脏为中心的脏腑组织的结构系统，从而为脏象学说奠定了理论基础。
除了将人体的脏腑组织结构分别归属于五行外，同时也将自然界的有关事物和现象与五行之间进行了归属。例如，人体的五脏、六腑、五体、五官等，与自然界的五方、五气、五味、五色等相应，这样就把人与自然环境统一起来。这种归类方法，不仅说明了人体内在脏腑的整体统一，而且也反映出人体与自然界的协调统一。如春应东方，风气主令，故气候温和，气主生发，万物滋生。人体肝气与之相应，肝气旺于春。这样就将人体肝系统和自然春木之气统一起来，从而反映出人体内外环境统一的整体观念，构建出天人一体的藏象系统。
中医五行学说对五脏五行的分属，不仅阐明了五脏的功能和特性，而且还运用五行生克制化的理论，来说明脏腑生理功能的内在联系。五脏之间既有相互滋生的关系，又有相互制约的关系。
如木生火，即肝木济心火，肝藏血，心主血脉，肝藏血的功能正常可助心行血。火生土，即心火温脾土，心阳温煦脾土，助脾运化。土生金，即脾土助肺金，脾能益气，化生气血，转输精微以充肺，促进肺主气的功能，使之宣肃正常。金生水，即肺金养肾水，肺主清肃，肾主藏精，肺气肃降有助于肾藏精、纳气、主水之功。水生木，即肾水滋肝木，肾藏精，肝藏血，肾精可化肝血，以助肝功能的正常发挥。这种五脏之间的相互滋生的关系，就是用五行相生理论来阐明的。
如水克火，即肾水能制约心火，如肾水上济于心，可以防止心火之亢烈。火克金，即心火能制约肺金，如心火之阳热，可抑制肺气清肃之太过。金克木，即肺金能制约肝木，如肺气清肃，可抑制肝阳的上亢。木克土，即肝木能制约脾土，如肝气条达，可疏泄脾气之壅滞。土克水，即脾土能制约肾水，如脾土的运化，能防止肾水的泛滥。这种五脏之间的相互制约关系，就是用五行相克理论来说明的。
五脏中每一脏都具有生我、我生、克我、我克的关系：
五脏之间的生克制化，说明每一脏在功能上有他脏的资助，不致于虚损，又能克制另外的脏器，使其不致过亢。本脏之气太盛，则有他脏之气制约；本脏之气虚损，则又可由他脏之气补之。如脾(土)之气，其虚，则有心(火)生之；其亢，则有肝木克之；肺(金)气不足，土可生之；肾(水)气过亢，土可克之。这种生克关系把五脏紧紧联系成一个整体，从而保证了人体内环境的对立统一。
五脏功能多样，其相互间的关系也非常复杂，五行理论本身有其局限性，并不能完全解释五脏的所有功能及五脏之间复杂的内在联系。
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