根据本周发表在《自然》上的一篇论文Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations，有着人类肠道菌群的小鼠如果饮食中缺乏膳食纤维，其肠道菌群中微生物的多样性会下降。研究还发现，仅仅转变为富含膳食纤维的饮食结构在多代中并不能恢复菌群的原本状态。这意味着饮食干预可能并不足以应对由肠道菌群组成改变引起的疾病。
如今的狩猎采集者和其他保持着农业社会生活方式的人肠道菌群的多样性要高于那些生活在工业化世界中的人。西式饮食中缺乏膳食纤维的特征可能是解释这种差异的一种可能。
美国斯坦福大学Justin Sonnenburg和他的研究团队检查缺乏可供菌群使用的碳水化合物（microbiota-accessible carbohydrates, MACs)的饮食是否会导致肠道菌群的类群减少。可供菌群使用的碳水化合物存在于膳食纤维中，也是肠道微生物的主要能量来源。研究者给年轻的小鼠种植了人类肠道微生物，并且研究改变小鼠饮食中可供菌群使用的碳水化合物的影响。
他们发现在一代中，摄入可供菌群使用的碳水化合物含量低的小鼠肠道菌群的变化可以通过回到可供菌群使用的碳水化合物含量高的饮食基本逆转。然而，当小鼠连续四代都摄入可供菌群使用的碳水化合物含量低的饮食后，肠道菌群的多样性不断降低，在这种情况下，只有移植失去的微生物群体加上摄入富含可供菌群使用的碳水化合物才能恢复肠道菌群的多样性。
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