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二、房地产预缴税款设计，避免了与房地产营业税纳税义务时间不同所形成的重大影响
《营业税暂行条例实施细则》规定，销售不动产收到预收款的纳税义务发生时间为收到预收款的当天；而根据《营业税改征增值税试点实施办法》第四十五条规定，只有建筑企业和提供租赁服务，纳税义务发生时间为收到预收款的当天，收到预收款的当天不是房地产企业销售不动产的纳税义务发生时间，政策发生了重大变化。保留预缴增值税政策，既考虑了营改增后的抵扣政策上的差异，又避免了与营业税纳税义务时间不同所致的项目不同期间的税负差异。
参考如下部分省市国税局的解释：
“财政部和国家税务总局之所以这样规定，是因为房地产开发企业采取预售制度，在收到预收款时，大部分进项税额尚未取得，如果规定收到预收款就要全额按照11%计提销项营改增，可能会发生进项和销项不匹配的“错配”问题，导致房地产开发企业一方面缴纳了大量税款，另一方面大量的留抵税额得不到抵扣。为了解决这个问题，《营业税改征增值税试点实施办法》将销售不动产的纳税义务发生时间后移，收到预收款的当天不再是销售不动产的纳税义务发生时间。同时，为了保证财政收入的均衡入库，又规定了对预收款按照3%预征税款的配套政策。”
因此，房地产开发企业保留预售预缴增值税政策，是一项特殊政策，可以保证房地产开发企业在项目开发期的税款均衡入库，避免了时间上的错位；同时将预缴征收率设为3%，也较营改增之前的5%降低了2个百分点，让房地产开发企业部分税款推迟了纳税义务时间。这也是营改增政策给房地产开发企业所带来的红利。
如果将项目尚未完工、预售所缴的增值税，用于抵减其他完工项目应缴的增值税，从效果上等同于未实施或未完全施行预缴增值税政策，房地产开发企业的流转税政策实质产生巨大变化，这与营改增设计初衷并不一致；也易促使房地产开发企业做出推迟交房、推迟纳税义务时间的逆向选择。
三、增值税纳税申报表“预缴税额”填报说明存在区别
【文件依据】
《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点后增值税纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第13号）
（四十二）第28栏“①分次预缴税额”：填写纳税人本期已缴纳的准予在本期增值税应纳税额中抵减的税额。
“营业税改征增值税的纳税人，分以下几种情况填写：
1.服务、不动产和无形资产按规定汇总计算缴纳增值税的总机构，其可以从本期增值税应纳税额中抵减的分支机构已缴纳的税款，按当期实际可抵减数填入本栏，不足抵减部分结转下期继续抵减。
2.销售建筑服务并按规定预缴增值税的纳税人，其可以从本期增值税应纳税额中抵减的已缴纳的税款，按当期实际可抵减数填入本栏，不足抵减部分结转下期继续抵减。
3.销售不动产并按规定预缴增值税的纳税人，其可以从本期增值税应纳税额中抵减的已缴纳的税款，按当期实际可抵减数填入本栏，不足抵减部分结转下期继续抵减。
（注：销售不动产与建筑服务相同，预缴仍是平衡不动产所在地和纳税人住所地税负）
4.出租不动产并按规定预缴增值税的纳税人，其可以从本期增值税应纳税额中抵减的已缴纳的税款，按当期实际可抵减数填入本栏，不足抵减部分结转下期继续抵减。”
增值税纳税申报表填写说明中，当期实际可抵减数并未包括房地产企业所有预缴增值税；也说明房地产预缴增值税的抵减，与上述其他情形并不完全一致。
综上，房地产开发企业预售款所预缴的增值税，在相关项目未至纳税义务期、即约定的交房日期或实际办理住房移交之前，不宜用于抵减当期应缴增值税。
以上摘自《连财：营改增全面推开与拥抱》
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