国有土地房屋征收与补偿中达成的补偿协议发生争议应适用何种诉讼程序解决，是所谓诉讼性质。
一、关于诉讼性质的认识经历了三个阶段，第一个阶段是没有行政裁决的争议适用民事程序解决，有最高人民法院在 1996年7月24日颁布的《关于受理房屋拆迁、补偿、安置等案件问题的批复》为证。第二阶段，达成协议的适用民事程序，其他则适用行政程序。有《最高人民法院关于当事人达不成拆迁补偿安置协议就补偿安置争议提起民事诉讼人民法院应否受理问题的批复》为证。第三阶段，则争议不管有无达成协议均适用行政程序解决。有修正的行政诉讼法为证。
二、诉讼性质演变的原因
1、以为没有行政裁决便没有具体的行政行为，起诉相关行政机关没有法律依据，故最高法有了第一阶段的规定。
2、第二阶段，有拆迁人这一主体出生，对拆迁人国家有严格的管理要求，当拆迁单位被市县人民政府发给了拆迁许可证后，则成为了拆迁人，而这时对房屋拆迁产生补偿，是发生在拆迁人与被拆迁人之间的平等民事关系，如果协商一致，则双方都应遵守协议，不然则可以提起民事诉讼。当补偿协议未能达成之际，应当由房屋管理部门裁决，双方对裁决不服可以提起行政诉讼。
3、第三阶段，拆迁人从行政法规的规定灭失，取而代之的是房屋征收部门，该部门属行政机关性质，由此与被拆迁人达成的补偿协议，属于行政管理中产生的协议，该协议属行政协议。依据2015年行政诉讼法第十二第第十一项的规定房屋征收部门不履行该协议，被拆迁人（被征收人）可以提起行政诉讼。但是在此需要着重指出的国有土地上房屋征收与补偿条例第二十五条第二款“补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。”与此相悖，一个协议要么是行政协议要么是民事协议，如果被征收人提起的行政诉讼，那么房屋征收部门在被征收人不履行协议时，亦应当提起行政诉讼，这是于法无据的行为，不能得到法律支持。如果提起民事诉讼，明显有悖于2015年行政诉讼法的相关规定。按照 立法法的相关规定该条例的如此规定，应当不再适用。还有一个问题应当予以说明，在被征收人未履行协议搬迁房屋时，房屋征收部门可以在依据协议履行完义务后，申请人民法院强制执行。关于此点未有明确法律规定，依据法理而得，因为一个可以提起诉讼的行政协议当然具有可执行性，不然，没有必要提起诉讼。
三，拆迁协议签订在2015年5月1日前争议处理途径。
2015年5月1日修订的行政诉讼法行效，从此房屋征收与补偿协议纳入行政诉讼的范畴。此前签订关于此的条例，如果是拆迁人与被拆迁人签订的协议应当属于民事法律关系，自然通过民事诉讼程序解决，但是，当时房屋管理部门为促成拆迁，动用行政权力，指使属于自己管理的二级法人与被拆迁人签订的补偿协议，应当视为房屋管理部门委托二级法人签订了房屋补偿协议，该协议当然具有行政管理性质，由此发生的争议应当通过行政程序解决。
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