合伙企业涉及到的税收问题模糊（或者说有争议）地带较多，虽然合伙作为“税收透明体”已经没有什么争议，但是具体怎么个“透明”法还有许多问题有待明确。还是只说三点，供各位参考。
一、最初的“透明”——先分后税。
财税[2008]159号确立了“先分后税”的原则，即以合伙人为纳税人，合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。这样合伙企业本身就成为了“税收透明体”，所得税对其视而不见，直接穿透到合伙人，以合伙人为纳税人。当然得注意这个“透明”只是针对所得税，其他税该怎么交还怎么交。
二、给力的“透明”——创业投资优惠。
既然合伙人是纳税人，那么按说合伙人要享受优惠就得本身符合条件，但是如果合伙人和合伙企业各符合一半条件怎么办呢？财税[2015]116号将给予企业的创业投资优惠和合伙的“税收透明体”理论结合起来，回答了这个问题（当然这个文件是扩围）。文件原文是“自2015年10月1日起，全国范围内的有限合伙制创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业满2年(24个月)的，该有限合伙制创业投资企业的法人合伙人可按照其对未上市中小高新技术企业投资额的70%抵扣该法人合伙人从该有限合伙制创业投资企业分得的应纳税所得额，当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。”
啥意思呢？举个例子，本来这个优惠只有这样才能享受，即A是创投企业，然后直接投资了B（未上市的中小高新技术企业），A满两年就可以享受这个抵扣税额的优惠；现在又增加了一种情况，就是A企业先投资了C（有限合伙制创业投资企业），C又投资了B，因为C是“透明”的，所以A也可以享受（即使A本身不是创投企业），这样就把合伙和合伙人两者的身份都用上了。
三、待解决的不“透明”——若干。
比如既然合伙是“透明体”，那么除了纳税人认定上穿透以外，按说所得性质的认定也应该穿透，比如合伙企业取得了股息红利，那合伙人也按股息红利交税，合伙企业取得了股权转让所得，合伙人也按股权转让所得交税……，这种穿透对企业所得税这种“一锅炖”算所得的税种倒是没什么，对个人所得税影响可就大了，因为所得不同税率不一样啊。不过目前明确的是“股息红利”所得性质可以穿透，其他的就没明确说可以了。
还有就是优惠的穿透问题，比如争议比较大的这个：企业合伙人从合伙企业取得的穿透过来的“股息红利”性质的所得能否享受免税优惠？比如A企业投资了B合伙，B合伙投资了C企业，现在C企业给B合伙分红，然后A能不能按投资于居民企业的股息红利享受免税？实务中的案例倾向是否定的。
当然还有像合伙企业的合伙人又是个合伙，怎么个“透明”法，也有争议的地方，篇幅所限，不多说了。
半句话点评：
个人所得税改革到位了，可能以上问题就解决了，我们拭目以待吧。
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