显性和隐性来自于遗传学的概念。在遗传学上，把具有一对相对性状的纯种杂交一代所显现出来的亲本性状，称为显性性状，控制显性性状的基因，称为显性基因；把未显现出来的那个亲本性状，称为隐性性状，控制隐性性状的基因，称为隐性基因。对于被巡察党组织来说，问题也有显性和隐性之分。
显性问题，就是那些浮在表面的、组织内部的人轻易就能知晓的一般性问题，也很容易被巡察发现。这些问题大多属于共性问题，大量存在于被巡察单位的自查报告中，或者台账资料中、谈话中。具体说，哪些问题属于显性问题呢？如巡视巡察反馈整改中的敷衍整改、整改措施不实、虚假整改、选择性整改、以“下不为例”代替整改等问题；党内政治生活不规范、不严肃、标准不高的问题；干部选拔任用违反程序、干部“三龄两历”造假问题；违反“中央八项规定”精神的公车私用、私车公养、公款旅游、公款吃喝、滥发奖金补贴、重大事项不报告、大操大办红白事敛财、办公用房超标、新建楼堂馆所等问题；“三重一大”事项不经过集体研究、招投标违反规定问题；等等。诸如此类问题，在工作汇报中、普通谈话中、座谈中、资料台账中，都能够发现。
哪什么是隐性问题呢？隐性问题就是隐藏在事物内部，被一些表象所包裹，不容易被发现的问题。隐性问题的特征是潜在的、异化的和新生的，采用一般的方式方法很难发现，而是要从大量的、表象的、数据的、凌乱的事件、案例、谈话或故事中，进行去粗取精、由表及里的综合分析研判，透过现象看本质加以揭示。如被巡察单位领导干部不讲政治、团团伙伙问题；落实上级重大决策部署阳奉阴违问题；领导干部插手工程项目和招投标收受好处问题；领导干部亲属利用权力影响力受贿问题；变异的公款吃喝和“小金库”问题；领导干部违规经商办企业问题；行政执法中的以案谋私问题；执法办案中的通风报信、泄露案情问题等等。
显而易见，巡察要揭示这些隐性问题是很难的。最为关键的，揭示这些隐性问题，就是看到了被巡察单位的本质问题之所在，所以不仅需要能力水平和经验，更需要敢于担当的勇气。
揭示隐性问题，巡察干部会有顾虑或感到困难，一是揭示隐性问题需要极大的勇气。隐性问题大多为被巡察单位最为突出的、最为重大的关键问题，有的问题还可能成为问题线索。所以对巡察干部来说，压力是相当大的，必须有足够的勇气。二是揭示隐性问题需要足够的能力支撑。隐性问题的揭示非一般方法能做到，对于巡察干部来说，是严峻的考验，没有足够的能力储备，很难做得到，做得好。三是揭示隐性问题需要耗费大量的时间精力。每一轮巡察都有固定的程序安排和时间限制，要做的事情很多，一旦投入人力、时间和精力去揭示隐性问题，有可能影响正常工作的开展。
那么，如何才能揭示隐性问题呢？一要能够见微知著。要能够洞察秋毫，从细枝末节中感知问题，从蛛丝马迹中洞悉问题，从习以为常的观念中观照问题，从寻常人无法察觉、不容易察觉的表象中揭示问题。如过分敏感的同事关系中隐藏的团团伙伙、亲亲疏疏、不团结问题，下属敢怒不敢言的一把手独断专行、家长作风问题，等等。二要善于分析研判。隐性问题有时隐藏在被巡察单位的成绩和经验做法之中，如大量投入之后的使用率不高、造成严重浪费问题，万无一失的过分要求导致的效率不高问题，等等。隐性问题有时隐藏在谈话人欲言又止的弦外之音中，如领导干部插手工程项目问题，领导干部干预司法办案问题，领导干部变形地违反“八项规定”精神问题，等。三要运用辩证思维。隐性问题的潜在性，发现很困难。必须运用辩证思维，用联系的、发展的、历史的眼光加以审视。有些隐性问题在一段时期内，不被大众所认识，也许不认为是问题，但本质上是已知问题，或显性问题的变种，过了一定阶段，隐性问题就可能转化为显性问题。如以疗养为名的公款旅游问题，公款吃喝的“一桌餐”问题，搭车奖励问题，等等。
发现显性问题是巡察干部的本分，揭示隐性问题是巡察工作的高标准、严要求，是对巡察干部能力、素质的更高考验。
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