1944年在昆明国立艺专时，为了弥补国画系无人讲授治印的缺陷，他利用课余时间凭记忆撰写了3万余字的《治印丛谈》作为教材，并亲自讲授。该书“计分源流、别派、名称、选材、分类、体制、参谱、明篆、布置、着墨、运刀、具款、濡朱、工具、余论”，从印章的流派、称谓、选材、分类、体制、印谱到具体的操作，都作了详细而明晰的介绍，此书一方面补了无人授课的缺陷，另一方面对古代篆刻艺术进行了系统的整理和研究，成为这领域较有价值的参考文献。综合而论，潘天寿的印学思想的主导方面是印宗秦汉，延续了元明以来印章观念的优良传统，其他的方面皆围绕这一中心论题而展开。
1、印宗秦汉
马国权《近代印人传 —潘天寿》云：“刻印不宗一家，往往挹取汉金趣味以入印。苍古刚劲，与书画风致相同。”此话一语中的，对潘天寿的印学思想与创作实践可谓知之深者。
治文须广搜博采，远近无遗，方不囿于偏狭，从事治印亦然。吾国周秦各代印学至为辉煌，足资楷则。宋元以来各名家印语，亦须详加参考。并谨慎选择性之所近者以为模范，否则每易误入歧途，古人断代学文亦此意耳。
潘天寿认为“周秦各代印学至为辉煌，足资楷则”，是后人学习篆刻必须师法的对象，而宋元以来各名家印，只能作为参考，而且要“谨慎选择性之所近者以为模范”，否则“每易误入歧途”。这段话非常明确的表达了印宗秦汉的审美思想。而秦汉古印足资师法的关键原因，是因为布置自然，“或疏或密，皆有姿致”：
布置第一须求自然。秦汉古印或疏或密，皆有姿致，最足取法。缪篆虽以小篆为根本，顾为适宜之布置计每略为改易。如故为增损，远离六义，虽工亦匠。
印宗秦汉的思想，潘天寿的印论语言中重视之极，处处可见其闪光，兹再举数例：
学浙派须细审其与汉印有合处，去其过方、过正、过雕凿处，自是正途，赵撝叔专神其变，《二金蝶堂印谱》中朱文“赵之谦印”，白文“写金石文字”长方印等，力矫浙派之失，深得秦汉铸凿之法，为继浙派而辟新园地者，足为从事印学者楷模。
吴缶庐全从秦汉入手，并以封泥之制入印，但其中年所作，稍近扬州。
原吾国印学自晋以后，衰废太久古法全亡。时势限人亦固然矣，文三桥、何雪渔辈亦属墨守宋元而误者也。
潘天寿认为要学习浙派，必须要有选择的眼光，要“细审其与汉印有合”者而学之，否则容易误入歧途。赵撝叔之所以取得较高的印学成就，是因为“力矫浙派之失，深得秦汉铸凿之法”，所以可以成为我们学习的楷模。吴昌硕亦因“全从秦汉入手”，故也成就斐然。至于文彭、何震之辈，则“属墨守宋元而误者也”。
基于这样的审美思维，潘天寿对于古人的某些理论也提出了质疑。西泠名家丁敬有一首著名的论印诗：“古人篆刻思离群，舒卷浑同岭上云。看到六朝唐宋妙，何曾墨守汉家文？”潘天寿就认为“看到六朝唐宋妙”一句，“似感于史实未合”，因为“唐宋无人研习印学，是印学的衰颓时期”。其敏捷的思维、独到的见解，的确振聋发聩，对于后来者确实起到警示和模范作用，让人钦佩。
2、“印之所贵者文”
潘天寿云：“印之所贵者文，学者不究心于篆而工意于刀，惑也。”潘天寿在篆刻的刀笔关系上，与明清文人篆刻的优秀传统观念是一致的，重视篆文的学习、安排、统筹与处理，而不必一味地究心于刀，则会容易落入工匠之列。此点潘天寿有清醒地认识，其对古代篆刻大家的评价，也多从此点出发：“有清乾嘉之世，印学大兴，名家辈出，然非篆隶书工渊邃，虽毕生锤凿，精工亦匠，终不能参上乘禅也。”
在“准绳古印”的基础上，必须“明辨六文八体”，才能使印章的布置得以灵活多变，并“一气贯穿而不悖”：“布置欲臻其妙，须准绳古印，明辨六文八体，字之多寡，文之朱白，印之大小方圆，画之刚柔稀密，挪让取巧，当本乎正，使相依顾而有情势，一气贯穿而不悖，始得之矣。”如此作印，才能有笔有墨又有刀：“作印须有笔有墨，有墨者谓其具有篆笔之致也。”也只有在熟悉篆文、精研六书的基础上，才能够随意运刀，游刃有余：“运刀之要，贵在随字所适。治印须随字画之方圆曲折以运刀，断不可因刀而害笔。”当然，习篆也要有取舍，又有这方面的专业见识：“凡习篆须以《说文》为根本，能通《说文》则写不差矣。切不可看《六书通》，以致讹字误人不浅。”在刀笔关系上，潘天寿更加重视篆文的重要性，这从下面要说的他的印品论更可以得到清晰的印证。
3、印品论
潘天寿对于印章的美有十分独到地认识，尤其是受到文人画观念的影响，认为印章在中国画中的作用十分重要：“中国印章的朱红色，沉着、鲜明、热闹而有刺激力，在画面题款下用一方或两方的名号章，往往能使全幅的精神提起。起首章、压角章，也与名号章一样，可以起到使画面上色彩变化呼应，画材与画材承接契机以及补足空虚、破除平板、稳正平衡等等效用。这都是画材以外的辅助品，却能使画面更丰富，更具有独特的形式美。”当然，这主要是从形式上而言，潘天寿对于印章的审美很有创见，其印品论曰：
刀笔浑融，无迹可寻，神品也；有笔无刀，妙品也；有刀无笔，能品也；刀笔之外另有别致，逸品也；有刀锋旁若锯齿、末若燕尾者，拙工也；肥若墨猪、硬若铁线者，庸工也。
潘天寿从刀笔关系的角度来品评印章，可见他把篆文的重要性放在相当关键的位置。唯刀笔浑融，或刀笔之外另有别致，方为印章的最高境界；至于那些笔硬刀浊者，则为庸俗之徒也。“刻印有作篆极工依法刻之不差毫发者，有以刀法见长者，或不露刀法多浑厚精致，或见刀法多疏朴峭野者。”有刀有笔、刀笔浑融者，方能见其精神、臻于境界。
潘天寿又云：“朱文宜秀雅清丽，白文宜庄重浑融。曲则婉转而有筋脉，直则刚健而有精神。”这种刚健精神从何而来呢？那就是人品要高，治印要先作人：“沈启南论画云：‘人品不高，落墨无法。’治印亦然。”这里潘天寿又将印品论上升到一个更高的层次，实在是智者之言。
4、胸有成印
如何才能够得到像上述文中所说的一样的高品质的印章作品呢？在方法论问题上，潘天寿也不乏精妙的阐论，最典型最精彩的当然就是“胸有成印”说：
文与可画竹，胸中先有成竹，治印亦须胸中先有成印。
唯胸有成印，方能够做到疏密相宜，恰到好处：“治印如作画，画之佳者疏密浓淡洽臻其妙。治印至精能处亦当如此。”古代印章值得后人借鉴学习的一个重要理由，就是其疏密肥瘦等关系处理得精确到位，让人拍案叫绝：“古玺常有疏处极疏，密处极密。包世臣氏所谓疏处可令走马，密处不使通风是也。”而潘天寿最为欣赏的，不是均匀分布、平均用力者，而是看似不均匀、细看却十分巧妙的印作：“古印字画疏密肥瘦均匀者多，不均匀者，其斟酌尽美处也。不均匀乃其所以为均匀也。”
显然，与书法审美一样，在潘天寿的心里深处，尽管崇尚秦汉印章的高古之美，但他最为心仪的还是继古以创新，并非拘泥于古法、受制于人：“白文宜粗，朱文宜细，此为一般通论，便利于初学者耳。然汉白文印有极细者，秦朱文印有极粗者，信手拈来即臻妙诣。原书画与治印诸学，均在无法而无处无法耳。”无法并非真正的无法，而是在古法基础上的涅磐，由技进道，在熟谙古代技法的基础上，上升到随心所欲而不逾矩的更高境界，如此便“无处无法”耳。
通过上面论述，可以清晰地看出潘天寿在印宗秦汉思想的统领之下，在印章学习的方法论上亦有精深的理解与体悟，对于后来者应有很好的启迪。潘先生的这种高妙理论，在下面这段话中可以很清楚地看出来：“印章上所用之文字，以篆书为主，亦间隶楷，故冶印学者，须先攻文字之学与夫篆隶楷草之书写。其次须研习分朱布白与字体纵横交错之配置。其三须熟习切勒锤凿之功能，如庖丁解牛，游刃有余、无所滞碍。其四须得印面上气势之迂回，神情之朴茂，风格之高华等。与书法、绘画之原理原则全同，与诗之意趣，亦互相会通也。”
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