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谢邀。题主已经在说明里大体列出了各个系统的主要却别。我尝试说明下我所认知的各个支付系统之间的区别吧。有不周到的地方，欢迎指正和讨论。
二代支付系统是一个很庞大的系统，题主所列举出的这些系统都包涵在二代支付系统里。前段时间升级的二代支付系统，主要是解决小额系统的批量定时问题以及清算中心迁移问题，其中还包括由于一代支付系统建成时间长了以后不能应对现在业务需求以及接口紧张的问题等等。具体情况可以看为什么央行要在国庆期间暂停个人跨行转账汇款？有可以替代的解决方案吗？这个问题下我的答案。基本说清楚了支付系统的构成。下面再补充一下。
这三张图应该能够说明这些系统之间的关系了。
其次，大小额系统之间的业务区别主要是限额和处理方式。举个栗子。
你打100块给另外一张银行卡，如果通过大额支付系统的话，就是实时到账，小额的话，就需要等待打包，等到这一批集齐5w之后统一发送报文。我们之所以会觉得小额也是实时到账，是多种原因造成的。一方面是因为业务量变大了，另外一方面是实时到账的概念是指清算，就是说你从A行打了100块到B行的银行卡，银行间的结算是要定是批量的。小额7x24小时的运行是分时段的，每天夜间产生的业务都是记在暂付、暂收上第二天早晨再结算的。
网上支付跨行清算系统可以看成是小额支付系统的辅助或者延伸。在10年之前，跨行清算手续繁琐，因为各个银行和金融机构之间缺乏统一有效的清算平台和接口，很多清算手续繁琐还要人工干预，随着电子商务的发展，使得业务量变大，清算效率低下，网上支付跨行清算系统提供了统一的接口和操作平台，大大提升了工作效率。
超级网银的话，不单单是网上支付跨行清算系统，我个人理解应该是大小额支付系统以及网上支付跨行清算系统和各个银行行内系统联同工作的一种结果吧。
以上。希望有所帮助。
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