南宋第二代皇帝——宋孝宗赵眘，其实并不是宋高宗赵构的亲生儿子。当初，高宗在躲避金军追击、四处逃亡的时侯，因意外而失去了生育能力，同时，他唯一的儿子赵旉也在三岁时不幸夭折，而高宗在世的父兄叔伯侄子们几乎都被金军一网打尽，除了他之外，根本没有第二个活着到达江南的宗室近支男性，所以，高宗之后的南宋皇室有绝嗣的危险。
为了延续帝系、传承大统，同时也是凝聚人心，高宗决定在南渡的宗室远支中选择嗣子承袭帝系。他放弃了在南渡的太宗后裔中挑选嗣子，而是在绍兴二年（1132年）和六年（1136年）的时候，于太祖后裔中挑选了两个太祖七世孙（高宗是太祖之弟太宗的六世孙），作为养子收入宫中，准备择其中品行优秀者立为皇嗣。其中叫做赵伯玖的孩子由当时还是才人的吴皇后抚养，改名赵璩；叫做赵伯琮的孩子交张贤妃抚养，改名赵瑷。而赵瑷，就是后来的宋孝宗。
赵瑷，是宋太祖幼子、秦康惠王赵德芳的后裔（六世孙），他的曾祖赵世将封华阴侯，是赵德芳的曾孙。赵世将也是赵瑷最后一位有爵位的祖先，赵瑷的祖父赵令譮、父亲赵子偁，都是平民，虽然在皇家族谱内有名，不过一个形式而已，没什么额外的待遇。直到赵瑷改名赵眘、承袭了帝位之后，赵令譮和赵子偁父子才因此而被尊崇，分别追封为庆国公、秀王。
赵瑷入宫时不过才六岁，由张贤妃抚养。不久后张贤妃去世，于是赵瑷被交给吴皇后，和后来进宫的高宗另一养子赵璩一同照看。但吴皇后对两个养子并没有因先来后到而亲疏有别，均一视同仁，不分彼此。
赵瑷居住宫中时恭俭勤敏、聪慧好学，又恪尽孝道，对养父母高宗和吴皇后恭敬有加、安守本分，对名义上的兄弟赵璩也友爱忠悌，和睦相处，所以逐渐得到了高宗的青睐，倾向于立其为嗣子。
绍兴十二年（1142年）正月，高宗晋封十六岁的赵瑷为普安郡王。养子封王后，吴皇后高兴地对高宗说：“普安，其天日之表也。”高宗本来就有立赵瑷为嗣之意，在吴皇后的进言下更是心意已决，决定立赵瑷为皇太子。
绍兴十五年（1145年），高宗另一养子赵璩被晋封为恩平郡王，但封王的同时高宗就让他出宫，到外宅居住。绍兴二十二年（1152年），高宗进一步“加恩”给赵璩，让他可以自称“皇侄”，这其实表明他的“皇帝养子”身份已经被取消。因此，普安郡王赵瑷成为高宗唯一的养子、和唯一的皇储人选。
绍兴三十年（1160年）二月，三十三岁赵瑗获得了皇子身份，并改名为赵玮。绍兴三十二年（1162年）五月，高宗正式立皇子赵玮为皇太子，改名赵眘。一个月后，五十六岁的宋高宗以“倦勤”为名将皇位禅让给三十六岁的皇太子赵昚，自称太上皇帝，退居德寿宫。赵昚即南宋第二代皇帝——宋孝宗。
孝宗继位之后，立即平反了岳飞等人的冤案，并起用主战派大臣，决心收复中原故土。在治理朝政上他加强中央集权，整顿地方吏治，裁汰冗官冗吏，惩治不法官员，重视百姓生产。虽然他主持的“隆兴北伐”以失败告终，被迫与金国达成了苛刻的“隆兴和议”，但和议之后，宋、金两国之间保持了四十多年的和平，使得南宋外部环境趋于平稳，孝宗得以将更多的精力用于内政上来。
在他本人亲自带头勤俭治国的态度下，南宋民生逐渐富庶、百姓安居乐业、社会一片繁荣。孝宗极度重视生产，不厌其烦地劝课农桑，并兴修水利，南宋经济发展迅速，地方上民和俗静，家给人足，天下康宁。史书上称孝宗统治时期为“乾淳之治”，孝宗本人也被赞誉为“卓然南渡诸帝之首”。
和题目中所说的“宋孝宗有三个儿子”的论述有差别的是：孝宗其实是有四个亲生儿子，分别为：长子赵愭、次子赵恺、三子赵惇、四子赵恪。但是第四子赵恪在孝宗还是高宗养子的时候就年幼夭折，没有后代，所以说孝宗只有三个儿子也不算错。
孝宗的长子赵愭，生母是孝宗皇后郭氏（成穆皇后），他也是孝宗的嫡长子。所以孝宗即位后不久便在乾道元年（1165年）立其为皇太子，以承宗庙。但是赵愭在乾道三年（1167年）秋罹患疾病，被庸医误用错药，导致病情加剧。赵愭病危时，太上皇（即高宗）与孝宗父子俩亲自去探望他的病情，流泪不止，并为此大赦天下。但赵愭没有因此转危为安，三天后还是去世了，年仅二十四岁。孝宗哀痛不已，追谥长子为“庄文太子”。
赵愭有一个独子赵挺，这也是孝宗的嫡长孙，本来有希望可以被立为皇太孙。但孝宗出于“国赖长君”的目的，没有立过于幼小的孙子为皇储，而是想在剩下的儿子们中间挑选合适者入继大统。所以，嫡皇孙赵挺只被封为荣国公、左千牛卫大将军。更加可惜的是，乾道九年(1173年)，荣国公赵挺也因病夭折了，没有后代，孝宗长子庄文太子一系由此绝嗣。
孝宗次子赵恺，是庄文太子同母弟，同样由成穆皇后所生，按理说在兄长庄文太子不幸去世后，应该就是由他继任太子。但孝宗考虑到赵恺为人过于忠厚温和，性格太温吞，不适合当皇帝，所以奏请太上皇同意后放弃立赵恺为皇太子，而改为立其弟、第三子赵惇为皇太子（不过还是观察了赵惇几年，没有立即立他为皇太子）。
赵恺失去继承权后丝毫不以为意，也不怨天忧人，依旧安静地生活，乾道七年（1171年），赵恺被晋封魏王，兼判宁国府，淳熙元年（1174年），改判明州。在宁国、明州的时候，赵恺精心吏治，心系黎民，亲自主持修复农田水利设施，并开办地方学堂，重视教育，作为皇室子弟，能够有这样的恤民之举，实在是难能可贵。
淳熙七年（1180年），三十五岁的赵恺在明州去世，孝宗闻报后身穿素服、居于别殿，为儿子致哀，追谥其为“魏惠宪王”。赵恺有两个儿子赵摅、赵抦，其中赵摅早夭，赵抦成年后受封耀州观察使、昭庆军节度使、嘉国公，最后晋封吴兴郡王。开禧二年（1206年），赵抦去世，追谥“沂靖惠王”，而他的独子赵垓则在三岁时就夭折了，所以，孝宗次子魏惠宪王赵恺一脉最终也是绝嗣。
孝宗第三子赵惇，也是由成穆皇后所生，同样是嫡子，先后受封为镇洮军节度使、开府仪同三司，并晋封恭王，名义上的封地在恭州。在长兄庄文太子去世后，他经过父亲孝宗的长期考察，于乾道七年（1171年）被正式册立为皇太子。
淳熙十六年（1189年），因为两年前太上皇高宗驾崩而悲痛欲绝的孝宗对对治理国政逐渐心生倦怠，于是准备效法高宗内禅，以便继续守孝。这一年，孝宗将皇位禅让给皇太子赵惇，自己退位为太上皇，赵惇于是登基，即南宋第三代皇帝——宋光宗。
赵惇登基后，因为自己受封为恭王时的封地是恭州，然后以此身份先成为皇太子、又受禅成为皇帝，实在是喜庆再加喜庆之事，于是便把当年的封地恭州御赐新名、升格为“重庆府”，这就是今天“重庆”地名的由来。
光宗一生只有两个儿子，长子赵梃很小时候就去世了，没留下后代，次子赵扩，光宗为皇太子时先后封英国公、平阳郡王；光宗即位后，晋封嘉王。
光宗只有赵扩一个成年儿子，所以他受禅即位后立其为皇太子是理所当然的事，但是太上皇孝宗认为赵扩性格懦弱、处事庸碌，不宜继承皇位，而自己另一个孙子嘉国公赵抦（孝宗次子魏惠宪王赵恺次子）天性聪慧、干练果决，比较合适入继大统，而当年自己越过了次子赵恺，把皇位传给三子赵惇，内心实在对赵抦抱有愧疚感。于是孝宗想让光宗立赵抦为皇储。
光宗虽然在后世有昏聩庸碌的评价、确实不怎么聪明，但总归是正常人，怎么可能舍弃亲子而立侄子为嗣君，所以对孝宗的提议一口回绝，并由此产生了对父亲孝宗的猜忌和恐惧之心，生怕太上皇会对自己的皇位产生威胁，甚至直接废黜自己。
而光宗的皇后李氏，生性妒悍，有强烈的权力欲望，对孝宗干预立储之事极度不满，因此不断离间挑拨光宗和孝宗父子之间的关系。久而久之，光宗的心理和精神压力越来越大，出现了无端猜疑和极度偏执的精神病症状。他视孝宗居住的重华宫为畏途，不愿定期前去问安，尽可能躲避父亲孝宗。
绍熙五年（1194年）正月，太上皇孝宗患病，病势日渐沉重，群臣都劝光宗尽快前往重华宫探望太上皇。而光宗由于自己病情严重、再加上皇后李氏的唆使，一直没有前去探视父亲，导致孝宗直到当年五月驾崩时，都没能见到自己的儿子。
孝宗驾崩后的入殓举哀等仪式，都需要作为儿子的光宗出面主持，但是光宗以自己有病为由，就是不出面，导致孝宗的葬礼大典几乎都无法完成，最后还是高宗吴皇后（孝宗养母）出面，才勉强完成了仪式。
对于光宗如此不孝之举，群臣忍无可忍，于是决定让这个“疯皇”退休，赶紧禅位。绍熙五年（1194）七月，宗室、枢密使赵汝愚和外戚、知閤门事韩侂胄等人在太皇太后吴氏（即高宗吴皇后）的支持下，发动宫廷政变，让光宗“禅位”给嘉王赵扩，然后拥立嘉王登基，尊光宗为太上皇，退居泰安宫。赵扩即南宋第四代皇帝——宋宁宗。
虽然群臣奉光宗为太上皇，准备让他退居泰安宫颐养天年，但是光宗得知自己“被退休”之后愤怒不已，就是不搬出皇宫，并拒绝儿子宁宗的朝觐。这样的日子，一直延续到庆元六年（1200年）八月，他病重驾崩时为止。
宁宗继位称帝前后，曾经有过九个儿子，分别是：赵埈、赵坦、赵增、赵觌、赵埛、赵圻、赵墌、赵垍、赵坁，但他们都在很小的时候夭折了，连名字也是追赠的。而宁宗虽然有三个堂兄弟：赵挺、赵摅、赵抦，一个亲兄弟：赵梃；但是赵挺、赵摅、赵梃都是年幼夭折，没有后代，赵抦虽然在世，但是独子赵垓也是年幼夭折，没有后裔。
所以，宁宗的祖父孝宗虽然有四个儿子、五个孙子、曾孙超过十人，但是到了宁宗这一辈，孝宗居然只剩两个没有后嗣的孙子（宁宗赵扩、吴兴郡王赵抦）还在世，其他子孙不是夭折就是早早离世，断绝了后嗣。南宋皇帝中最有作为、最富进取之心的孝宗居然在三代之后血脉断绝了，这对于孝宗来说是最残忍的事情，虽然他本人生前并不知道自己会绝嗣。
所以，在庆元四年（1198年）的时候，实在从近支宗室内找不到嗣子的宁宗不得不效仿（名义上的）曾祖父高宗，从宗室子弟中选取了太祖长子燕懿王赵德昭九世孙、六岁的赵与愿入宫，作为嗣子加以抚养，以便日后承袭皇位。同时，他给唯一成年的同祖兄弟、沂靖惠王赵抦（赵抦去世后追谥沂靖惠王）也选取了太祖幼子秦康惠王赵德芳的九世孙赵贵和为嗣子，承袭世系。
所以说，不是宁宗不从堂兄弟们的后代里面挑选嗣子入继大统，实在是没得挑了，不是早夭就是无后，祖父孝宗一系到了他这一辈就血脉断绝、传不下去了，所以不得不效仿名义上的曾祖父高宗的做法，从太祖后裔中去挑选合适者承袭皇统。
其实孝宗一脉虽然绝嗣，但是孝宗的本生父、秀安僖王赵子偁却是有后裔存世，而且数量还不少。赵子偁的长子、也就是孝宗实际上的兄长赵伯圭，在孝宗即位后被授予知台州、知明州、沿海制置使、显谟阁学士、龙图阁学士等职。绍熙元年（1190年），赵伯圭被实际上的侄子光宗加封为嗣秀王（光宗本生祖父赵子偁因儿子孝宗被立为皇太子，由高宗追封为秀王），成为宋朝第三家世袭王爵，并兼判大宗正事、封太师、崇信军节度使，地位崇高无比。
赵伯圭一共有九个儿子，还有数量更多的孙子、曾孙，和孝宗一脉相比，那是人丁兴旺（后世著名的书法家赵孟頫，就是他的后代）。而且赵伯圭一家和其他宗室相比，与南宋皇室血脉最为接近，如果宁宗要择嗣子而立，嗣秀王一脉岂不是更加合适么？但为什么最后宁宗宁愿从太祖其他远支后裔中为自己和堂弟赵抦去挑选嗣子，也不从血缘最近的嗣秀王一系中挑选呢?
其实,还是因为嗣秀王一脉太过于兴旺、又势力庞大，如果从中选了嗣子入继大统，那么很可能又是一个“濮议”的结局，如果真的是这样，南宋皇室从高宗以下诸位皇帝，恐怕都要被日后的嗣皇帝在宗法法度、礼制典仪上挤到一边，给自己的亲生父祖腾出位置了。而挑选血脉遥远、地位低下的宗室子弟入继的话，嗣子因为感激皇帝养父的恩德，自然会对养父感恩戴德、恭敬尊崇、奉养无虞（孝宗就是最好的例子）。所以宁宗才会舍近求远，放弃血缘最近的嗣秀王一脉,而从远支宗室中去寻找嗣子人选。
这里还有一个后续——宁宗选择赵与愿为嗣子后，给他改名为赵曮。开禧元年(1205年)，赵曮被正式立为皇太子，更名赵询。但是赵询命中注定无福继承皇位，成为皇太子十六年后，在嘉定十三年(1220年)去世，年二十八岁，没有子嗣，谥号“景献太子”。
宁宗好不容易培养了十多年的皇太子就这么没了，一时抓瞎，于是又把当年自己给堂弟沂靖惠王赵抦挑选的嗣子赵均（即赵贵和、入继沂靖惠王后改名赵均）接到宫中作为皇子抚养，并于嘉定十四年（1221年）正式立为皇太子，改名赵竑。
而赵竑被宁宗夺过去当了养子后，沂靖惠王便没有了嗣子，世系就要中断，于是宁宗再次给堂弟挑选嗣子，选中了燕懿王赵德昭九世孙、山阴县尉赵希瓐的长子赵与莒为沂靖惠王第二任嗣子，改名赵贵诚，明确为皇侄，并承袭沂靖惠王世系。
嘉定十七年（1224年），宁宗病重，即将驾崩，而宰相史弥远因为和皇太子赵竑关系恶劣，害怕日后皇太子登基后自己会被清算，于是联合了同样和皇太子关系不佳的宁宗杨皇后，趁宁宗驾崩之时矫诏，废黜了皇太子赵竑，改立皇侄、嗣沂王赵贵诚为宁宗嗣子、皇太子，并拥立其为皇帝。赵贵诚登基之后更名赵昀，这就是南宋第五代皇帝——宋理宗。
不过在宁宗生前，从来没有将赵昀当做嗣子对待过，他除了早夭的九个儿子外，只有两个养子：早逝的景献太子赵询、被史弥远阴谋废黜的废太子赵竑。承袭他皇位的理宗赵昀，只不过是权相史弥远和杨皇后在他驾崩后硬塞给他的嗣子而已。
