通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能

结构域是在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区，一条多肽链在这个域范围内来回折叠，但相邻的域常被一个或两个多肽片段连结。通常由 50-300个氨基酸残基组成，其特点是在三维空间可以明显区分和相对独立，并且具有一定的生物功能如结合小分子。模体或基序（motif）是结构域的亚 单位，通常由2～3二级结构单位组成，一般为α螺旋、β折叠和环（loop）。
对那些较小的球状蛋白质分子或亚基来说,结构域和三级结构是一个意思,也就是说这些蛋白质或亚基是单结构域的如红氧还蛋白等；较大的蛋白质分子或亚基其三 级结构一般含有两个以上的结构域，即多结构域的,其间以柔性的铰链（hinge）相连，以便相对运动。结构域有时也指功能域。一般,功能域是蛋白质分子中 能独立存在的功能单位,它可以是一个结构域也可以是由两个或两个以上结构域组成。 

结构域的基本类型有全平行α螺旋结构域,平行或混合型β折叠片结构域,反平行β折叠片结构域和富含金属或二硫键结构域等4种。

domain：指蛋白质超二级结构中一些氨基酸残基序列组成的具体特定构型的空间结构，它的含义较广些。它是受体与配体结合的结构基础之一
Motif指Domain中那些与核酸结合的结构,如亮氨酸拉链等。这种结构多存在于反式转录因子中

PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/ 是专门搜索蛋白质Motif的数据

库，其中signature seqs是最重要的motif信息

B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Doma

in之间通常像串珠一样相连。

Pfam: http://www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。

这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号。

CDD: NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看

到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息，则可进入Blink链接，

再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http://www.ebi.ac.uk/interp

ro/ 上进行搜索查看。